Aus den Erwägungen:
4.- Dass die Beschwerdeführer auf dem Grundstück bauliche Änderungen ohne Baubewilligung vorgenommen haben und diese Änderungen baubewilligungsbedürftig wären (Art. 22 Abs. 1 lit. a RPG und § 184 Abs. 1 PBG), ist nicht strittig. Ausserdem steht fest, dass mindestens in absehbarer Zeit nicht damit zu rechnen ist, dass ein allfälliges nachträgliches Baugesuch von allen Mitgliedern der Erbengemeinschaft unterzeichnet würde, da unter letzteren diesbezüglich Uneinigkeit herrscht. Die baulichen Massnahmen sind daher formell baurechtswidrig (Ruoss Fierz, Massnahmen gegen illegales Bauen - unter besonderer Berücksichtigung des zürcherischen Rechts, Diss. Zürich 1999, S. 20 ff.). Nach einhelliger Lehre und Rechtsprechung hat die Baubehörde, wenn sie Kenntnis von einem ohne Baubewilligung erstellten Bauwerk erhält, als erste Massnahme ein nachträgliches Baubewilligungsverfahren durchzuführen und zu prüfen, ob die bereits erstellten Bauteile bewilligungsfähig sind oder nicht (Ruoss Fierz, a.a.O., S. 107, mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung; BGE 123 II 252 Erw. 3a/bb). Dabei entspricht es bei Identität von Bauherr- und Grundeigentümerschaft gefestigter Praxis des Luzerner Verwaltungsgerichts, dass die Baubewilligungsbehörde ein nachträgliches Baubewilligungsverfahren gegebenenfalls von Amtes wegen einzuleiten hat (Urteile S. vom 27.7.2001 [V 01 52] und Q. vom 28.1.2002 [V 01 25]). Dementsprechend ist vor dem Erlass einer Abbruchverfügung zu prüfen, ob die formell rechtswidrige Baute in der bestehenden Form öffentlich-rechtlichen Vorschriften entspricht (LGVE 1997 II Nr. 14 Erw. 6). Eine solche Prüfung hat die Vorinstanz unterlassen mit der Begründung, es mangle am Erfordernis der Unterzeichnung des Baugesuchs durch sämtliche Grundeigentümer bzw. sie könnte auf ein entsprechendes Baugesuch - wenn es denn tatsächlich eingereicht worden wäre - mangels Einhaltung der Formvorschriften gar nicht eintreten. Somit würden die Voraussetzungen für eine allfällige nachträgliche Baubewilligung fehlen. Die Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands dränge sich daher auf.
a) Gemäss § 188 Abs. 2 PBG in der seit 1. Januar 2002 in Kraft stehender Fassung ist das Baugesuch von der Bauherrschaft und den Grundeigentümern zu unterzeichnen. Bei gemeinschaftlichem Eigentum bedarf es der nach Massgabe des Zivilrechts erforderlichen Zustimmung durch die Gesamt-, Mit- oder Stockwerkeigentümer. Mit der Einreichung des Baugesuchs nehmen die Grundeigentümer am Baubewilligungsverfahren teil und geben ihr Einverständnis zu Eigentumsbeschränkungen, die zur Sicherung von Auflagen verfügt werden (§ 188 Abs. 4 PBG). Nach § 192 lit. b PBG hat der Gemeinderat oder die von ihm bezeichnete Stelle zu prüfen, ob das Baugesuch mit den Beilagen den Anforderungen für eine Prüfung und Beurteilung des Bauvorhabens entspricht (...); ist dies nicht der Fall, verlangt der Gemeinderat oder die von ihm bezeichnete Stelle die Behebung der Mängel innert gesetzter Frist mit der Androhung, dass die Baubewilligungsbehörde andernfalls auf das Baugesuch nicht eintreten werde. Die Unterschrift des Grundeigentümers bzw. der mehreren Grundeigentümer ist nach Luzerner Praxis Gültigkeitserfordernis (LGVE 1998 II Nr. 12 Erw. 4a).
Da das von den baulichen Massnahmen betroffene Grundstück sich unbestrittenermassen im Eigentum der Erbengemeinschaft A befindet, müsste ein Baugesuch - wie die Vorinstanz richtigerweise ausführt - grundsätzlich auch von allen Mitgliedern der Erbengemeinschaft unterzeichnet sein. Denn diese sind Gesamteigentümer der fraglichen Liegenschaft, sodass sie darüber nur gemeinsam aufgrund eines einstimmigen Beschlusses verfügen können (Art. 602 Abs. 1 und 2, 652 - 654 ZGB; zum Ganzen auch: Schaufelberger, N 9 ff. zu Art. 602 ZGB, in: Basler Kommentar ZGB II, Honsell/Vogt/Geiser (Hrsg.), Basel, 2. Aufl. 2003).
b) Im vorliegenden Fall steht fest, dass zufolge von Unstimmigkeiten und widerstreitenden Interessenlagen innerhalb der Erbengemeinschaft einstweilen nicht damit zu rechnen ist, dass ein allfälliges nachträgliches Baugesuch von sämtlichen Mitgliedern der Erbengemeinschaft unterzeichnet würde. Dennoch stellt sich die Frage, ob der Gemeinderat ein formelles nachträgliches Baubewilligungsverfahren trotz fehlender Zustimmung aller Grundeigentümer von Amtes wegen hätte einleiten müssen. Das Verwaltungsgericht hat in seiner bisherigen Rechtsprechung hierzu in einem Entscheid vom 15. April 1999 (V 98 253/261) festgehalten, gerade die Verpflichtung, Eingriffe in das Eigentum zu dulden, unterscheide die Voraussetzung der Zustimmung zum Baugesuch durch den Grundeigentümer nach § 188 PBG von einer blossen Ordnungsvorschrift. Der Grundeigentümer werde insoweit in das Baubewilligungsverfahren eingebunden. Solche zusätzlichen Eigentumsbeschränkungen könnten in jedem Baubewilligungsverfahren - mithin auch einem nachträglichen - verfügt werden. Deshalb dürfe auf ein nachträgliches Baubewilligungsgesuch bei fehlender Zustimmung durch den Grundeigentümer nicht von Amtes wegen eingetreten werden. Ansonsten liefe dieser Gefahr, dass einerseits Baumassnahmen bewilligt würden, denen er nie zugestimmt habe und ihm andererseits zur Sicherung einer solchen Bewilligung zusätzliche Eigentumsbeschränkungen auferlegt werden könnten. Schliesslich sei zu verhindern, dass ein nicht Alleinverfügungsberechtigter ein fait accompli schaffe, indem er baubewilligungspflichtige Massnahmen ohne Zustimmung des Grundeigentümers vornehme und diese anschliessend auf dem Wege eines nachträglichen Baubewilligungsverfahrens zumindest in öffentlich-rechtlicher Hinsicht legitimieren lasse (Urteil P. vom 15.4.1999 Erw. 2c, bestätigt in Urteil A. vom 11.3.2002 auch mit Bezug auf den seit 1. Januar 2002 geänderten Wortlaut von § 188 PBG).
c) Demgegenüber erwog das Bundesgericht in einem Fall aus dem Kanton St. Gallen, in dem es darüber zu befinden hatte, ob das kantonale Verwaltungsgericht zufolge fehlender Unterschrift des Miteigentümers zu Recht auf ein nachträglich eingereichtes Baugesuch nicht eingetreten sei, eine korrekte, willkürfreie Entscheidung über den Abbruch einer Baute setze voraus, dass deren materielle Rechtmässigkeit im dafür vorgesehenen rechtsstaatlichen Verfahren überprüft werde (Urteil B. vom 14.5.1996 [1P.693/1995], zit. in Heer, St. Gallisches Bau- und Planungsrecht, Bern 2003, Fn. 51 zu Rz. 881). Werde diese Prüfung aus formellen Gründen (fehlende Unterschrift des Miteigentümers) unterlassen, sei dies willkürlich und mit der Eigentumsgarantie nicht vereinbar. Die Baubehörden hätten sich auf die Prüfung der baurechtlichen Fragen zu beschränken und dabei zu verhindern, dass offensichtliche Eigentumsrechte Dritter verletzt werden, nicht aber die Rollen der Beteiligten in einer allfälligen zivilrechtlichen Auseinandersetzung mitzuberücksichtigen.
Zu diesen Dritten zählen neben gemeinschaftlichen Eigentümern auch allfällig betroffene Nachbarn. Um deren Interessenlagen umfassend ermitteln und beim Entscheid allenfalls sachgerecht einfliessen lassen zu können, ist im ordentlichen Baubewilligungsverfahren jeweils eine öffentliche Auflage mit der Möglichkeit zur Einsprache durchzuführen (§§ 193 ff. PBG in Verbindung mit §§ 62 ff. PBV). Allenfalls kann ein vereinfachtes Verfahren Platz greifen (§ 198 PBG). Derselbe Rechtsschutz muss für allfällige Drittbetroffene auch gewährleistet sein, wenn das zustimmungspflichtige Bauvorhaben bereits verwirklicht ist.
Mit Blick auf die zitierte höchstrichterliche Rechtsprechung und das eben Ausgeführte sieht sich das Verwaltungsgericht veranlasst, von der bisher vertretenen Rechtsauffassung abzurücken und die entsprechende Praxis mit Bezug auf bereits verwirklichte Bauten anzupassen. Demnach entbindet die fehlende Unterschrift eines Miteigentümers auf dem Baugesuch, also ein bloss formeller Mangel, die Baubewilligungsbehörden nicht von der Pflicht, die materielle Rechtmässigkeit der erstellten Baute oder Anlage im Rahmen eines allenfalls von Amtes wegen einzuleitenden nachträglichen Baubewilligungsverfahrens zu prüfen. Entgegen der bis anhin vertretenen Ansicht steht eine solche umfassende Prüfung mit § 188 Abs. 4 PBG und somit den Interessen der nicht zustimmenden Miteigentümer nämlich nicht im Widerspruch. Denn mit der Eröffnung eines formellen nachträglichen Baubewilligungsverfahrens trotz fehlender Unterschrift eines Miteigentümers erfolgt noch keine Präjudizierung bezüglich allfälliger späterer Nebenbestimmungen (Auflagen/Bedingungen). Nur darf die Baubewilligungsbehörde eine allfällige Rechtswidrigkeit in einem solchen Fall dann eben nicht mit Auflagen oder Bedingungen beseitigen, mit denen der Miteigentümer nicht einverstanden ist. Dies, obschon das Verhältnismässigkeitsprinzip grundsätzlich gebietet, eine Baubewilligung unter Auflagen und Bedingungen zu erteilen, statt sie gänzlich zu verweigern, wenn sich damit Mängel des Bauvorhabens ohne besondere Schwierigkeiten heilen lassen (vgl. § 195 Abs. 1 PBG). Einer allfälligen Geringfügigkeit des Mangels kann immerhin im Rahmen der Verhältnismässigkeitsprüfung betreffend eine allfällige Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands gebührend Rechnung getragen werden. Spätestens in diesem Zeitpunkt sind auch die betroffenen Miteigentümer ins Verfahren einzubeziehen.
d) Bezogen auf den konkreten Fall bedeutet dies Folgendes: Weil die Vorinstanz ein formelles nachträgliches Baubewilligungsverfahren mit Berufung auf den formellen Mangel der fehlenden Unterschriften der Gesamteigentümer nicht durchgeführt und im Übrigen eine sorgfältige, umfassende Prüfung der materiellen Baurechtskonformität überhaupt, also auch im Rahmen der Prüfung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterlassen hat, ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese hat von Amtes wegen ein formelles nachträgliches Baubewilligungsverfahren durchzuführen, um dabei die materielle Baurechtskonformität der bereits verwirklichten Bauvorhaben umfassend zu prüfen und nebst den Beschwerdeführern auch allfälligen Drittbetroffenen das rechtliche Gehör zu gewähren. Dabei wird auch die Zonenkonformität der Bauten zu untersuchen sein. Es kann nicht Aufgabe des Verwaltungsgerichts sein, durch Augenschein und Zeugenbefragung den fehlenden Sachverhalt zu ermitteln, wie dies die Beschwerdeführer beantragen. Diese Aufgabe ist der erstinstanzlichen Baubehörde vorbehalten. Freilich sind die Beschwerdeführer im Rahmen ihrer Mitwirkungspflicht gehalten, der Vorinstanz die erforderlichen Pläne und weiteren Bauunterlagen einzureichen (vgl. Urteil V. vom 23.4.2003 [V 01 229] Erw. 3). Sollten die Beschwerdeführer dieser Pflicht nicht nachkommen, ist die zwangsweise Durchsetzung mittels Ersatzvornahme ohne weiteres möglich (zum Ganzen: Ruoss Fierz, a.a.O., S. 121 ff.). Bleibt es bei der fehlenden Zustimmung der übrigen Gesamteigentümer, wird selbst bei materieller Rechtmässigkeit der ausgeführten Bauten die Baubewilligung verweigert werden müssen. Hingegen werden sich in diesem Fall Wiederherstellungsmassnahmen erübrigen. Sollten sich nebst dem formellen Mangel auch materielle Rechtswidrigkeiten ergeben, wird die Behörde darüber zu entscheiden haben, auf welche Weise sie den rechtmässigen Zustand wiederherstellen oder ob sie sich aus Gründen der Verhältnismässigkeit mit dem widerrechtlichen Zustand abfinden will. Sie wird dann mit andern Worten über einen allfälligen Abbruch der Bauten zu befinden haben. Wurden die hier betroffenen Miteigentümer nicht schon vorher ins Verfahren einbezogen, wird dies spätestens in diesem Zeitpunkt erfolgen müssen. Praktische Gründe (Vermeidung unnötigen Mehraufwands und von Verfahrensverzögerungen durch zwei Verfügungen) sprechen dafür, im Zuge der Beurteilung der materiellen Baurechtskonformität gleichzeitig auch über die Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands zu entscheiden und allfällige Vollstreckungsmassnahmen in den baurechtlichen Entscheid aufzunehmen (Urteil V. vom 23.4.2003 [V 01 229] Erw. 10c und Urteil A. und H. vom 29.1.2003 [V 02 150] Erw. 4c a.E.; Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, Diss. Zürich 1991, Rz. 657).