Aus den Erwägungen:
a) Diesbezüglich bringt die Beschwerdeführerin vor, zur richtigen und vollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes wäre es unabdingbar gewesen, die einzelnen Erhebungen auf der Grundlage eines einheitlichen Fragebogens zu machen, welcher in der Folge von den Kontaktpersonen hätte unterzeichnet werden müssen.
Die öffentlichrechtliche Vergabestelle ist wie jede andere Verwaltungsbehörde verpflichtet, den rechtserheblichen Sachverhalt richtig und vollständig festzustellen. Dies ergibt sich schon aus § 30 Abs. 1 lit. a öBG, wonach die unrichtige oder unvollständige Sachverhaltsfeststellung einen Beschwerdegrund darstellt. Mit anderen Worten gilt auch im erstinstanzlichen Submissionsverfahren als nichtstreitigem Verwaltungsverfahren der Untersuchungsgrundsatz. Dieser Grundsatz gebietet der Behörde, nach der wirklichen Sachlage zu suchen; sie darf sich nur auf Sachumstände stützen, von deren Vorhandensein sie sich überzeugt hat (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, § 7 N 4). Allerdings ist zu beachten, dass es sich beim Beschaffungsverfahren naturgemäss um ein einfaches und rasches Verfahren handeln muss, so dass an die Sachverhaltsabklärungen keine übertriebenen Anforderungen gestellt werden dürfen.
Referenzen können etwa Klarheit über die Qualität der Arbeitsausführung, die Terminwahrung sowie über das Geschäftsgebaren eines Anbieters schaffen und dienen somit der Sachverhaltsermittlung. Referenzgeber sind in diesem Sinne Auskunftspersonen. Gemäss dem im Bund geltenden Verfahrensrecht sind Auskünfte/Amtsberichte schriftlich einzuholen (Art. 12 und 19 VwVG in Verbindung mit Art. 49 des Bundesgesetzes über den Bundeszivilprozess vom 4.12.1947 [BZP; SR 273]). Im kantonalen Recht ist eine solche Beschränkung auf schriftliche Auskünfte nicht vorgesehen. So darf die Behörde gestützt auf § 71 VRG von Privatpersonen schriftliche oder mündliche Beweisauskünfte einholen, wenn es die Umstände rechtfertigen. Diese Regelung kommt auch im Vergaberecht zur Anwendung, verweist doch § 35 Abs. 1 lit. c öBG ausdrücklich auf die §§ 54 sowie 60 bis 105 VRG. Im Übrigen entspricht die Zulassung von mündlichen Auskünften auch dem Wesen des Vergabeverfahrens. So haben die im öBG vorgesehenen Verfahrensregeln eine transparente, aber auch effiziente Vergabe bei öffentlichen Beschaffungen und die Vermeidung von unnötigem Verwaltungsaufwand und von ungebührlichen Verzögerungen beim Vollzug der Vergabeentscheide zum Ziel (Botschaft zum öBG vom 13.2.1998, in: Verhandlungen des Grossen Rates 2/1998 S. 310). Dass die Einholung von Referenzauskünften auf bloss mündlichem Weg von der Sache her unzulässig sein sollte, kann daher wenigstens für das einfache und rasche Verfahren des Vergaberechts nicht gesagt werden. Das Vorgehen der Beschwerdegegnerin, welche die Auskünfte telefonisch einholen und danach schriftlich festhalten liess, erscheint deshalb grundsätzlich als zulässig. Die von der Beschwerdeführerin befürwortete Beschränkung auf schriftlich eingeholte bzw. erteilte Referenzauskünfte geht zu weit und lässt sich weder aus dem Gehörsanspruch noch aus dem Gebot eines fairen und transparenten Submissionsverfahrens herleiten (AGVE 2000 S. 290 ff.). Es versteht sich, dass solche mündlichen Auskünfte in den Akten zu vermerken sind. In dieser Hinsicht bestehen gewisse Anforderungen, auf die noch einzugehen sein wird (Erw. 6, 7b).
b) (...)
c) (...)
Damit die Bewertung durch die Vergabebehörde transparent und nachvollziehbar erscheint, sollten solche Aktennotizen gewisse Mindestanforderungen erfüllen. So muss aus den Notizen klar hervorgehen, wer die Auskunft auf welche Weise (telefonisch usw.) eingeholt hat, wer die Auskunft erteilt hat und wann sie eingeholt worden ist. Ebenso muss die Funktion des Befragers (im Vergabeverfahren) sowie der Auskunftsperson aus den Notizen ersichtlich sein. Im hier vorliegenden Fall wurden die Unterkriterien beim Zuschlagskriterium Referenzen bereits in den Ausschreibungsunterlagen erwähnt, was nicht immer der Fall ist. In jedem Fall müssen die besprochenen Themenbereiche sowie die wesentlichen Aussagen dazu in den Aktennotizen festgehalten werden (AGVE 2000 S. 293). Es versteht sich von selbst, dass wie im vorliegenden Fall sämtliche Referenzpersonen zu den gleichen Themen befragt werden. Teilt die Auskunftsperson Ungefragtes mit, muss dies für die Vergabebehörde erkennbar so protokolliert werden. Die Aktennotizen müssen schlussendlich vom Befrager datiert und unterschrieben werden.