Aus den Erwägungen:
6.- a) In BGE 122 V 185 ff. hat das Eidgenössische Versicherungsgericht in Änderung seiner bisherigen Praxis ein Mitverschulden der Ausgleichskasse als Herabsetzungsgrund bei der Schadenersatzpflicht eines Arbeitgebers anerkannt. Voraussetzung ist, dass sich die Verwaltung einer groben Pflichtverletzung bezüglich der Entstehung oder Verschlimmerung des Schadens schuldig gemacht hat. Für die Zulassung von Herabsetzungsgründen sprachen verfassungsrechtliche Gründe. Namentlich die Grundsätze der Rechtsgleichheit und das Legalitätsprinzip verlangen, dass der Staat nicht nur bei seiner Aussenhaftung gegenüber einer Privatperson (Art. 3 VG) ein schadenerhöhendes Mitverschulden des Geschädigten, sondern als Geschädigter auch das Mitverschulden eines seiner Organe berücksichtige. Aus diesem Grunde ist eine Herabsetzung der Schadenersatzpflicht wegen Mitverschuldens der Verwaltung zulässig, was namentlich dann der Fall ist, wenn sie elementare Vorschriften der Beitragsveranlagung und des Beitragsbezugs missachtet hat. Des Weiteren ist vorausgesetzt, dass zwischen dem rechtswidrigen Verhalten und dem Schaden ein adäquater Kausalzusammenhang besteht (BGE 122 V 188 f.). Eine solche grobe Pflichtverletzung wurde bei einer Ausgleichskasse bejaht, die einem Arbeitgeber ein zweites Mal einen Zahlungsaufschub gewährt hatte, obwohl er nicht einmal den ersten Tilgungsplan eingehalten, noch die laufenden Beiträge entrichtet hatte, für welche weitere Betreibungen hängig waren. Im konkreten Fall wurde der Schadensbetrag um die Hälfte herabgesetzt (Pra 1997 [86] S. 250).
b) (...)
c) Der Verein war seit dem 17. Mai 1966 bis zur Konkurseröffnung im Jahre 1998 der Ausgleichskasse als abrechnungspflichtiges Unternehmen angeschlossen. Wie bereits erwähnt, geht aus dem Revisorenbericht hervor, dass es sich bei der Arbeitgeberkontrolle vom 3. April 1998 um die erste Kontrolle gehandelt hat. Die Ausgleichskasse hat somit über eine Zeitspanne von 32 Jahren hinweg eine einzige Kontrolle und erst noch nach der Konkurseröffnung durchgeführt. Soweit die Klägerin zu ihrer Entlastung auf Rz. 2002 des Kreisschreibens an die Ausgleichskassen über die Kontrolle der Arbeitgeber (KAA) verweist, ist ihr Rz. 2005 KAA entgegen zu halten, die «als Regel» die Anweisung enthält, dass die Arbeitgeberkontrolle alle vier Jahre durchgeführt werden muss. Eine solche Kontrollpflicht statuiert denn auch Art. 162 Abs. 1 AHVV, der lautet: «Die Arbeitgeber sind periodisch, in der Regel alle vier Jahre, sowie bei Kassenwechsel und bei Auflösung des Unternehmens an Ort und Stelle durch eine Revisionsstelle im Sinne von Art. 68 Absätze 2 und 3 AHVG zu kontrollieren.» Der Kassenleiter ist verantwortlich für die Anordnung der Kontrollen an Ort und Stelle und für die Einhaltung der Kontrollperioden. Er hat die Kontrolle in jedem Fall derart anzusetzen, dass Nachzahlungs- und Rückerstattungsansprüche nicht verjähren. In der Regel ist dem Arbeitgeber die Kontrolle rechtzeitig anzukündigen (Art. 162 Abs. 3 AHVV).
Wohl hat die Ausgleichskasse nach Eröffnung des Konkurses über den Verein vorschriftsgemäss eine Arbeitgeberkontrolle vorgenommen. Sie hat indessen während rund 30 Jahren auf eine solche Kontrolle verzichtet. Das ist als grobe Verletzung der in Art. 162 Abs. 1 AHVV statuierten Kontrollpflicht der Ausgleichskassen zu werten. Ein Untätigbleiben über so lange Zeit hinweg lässt sich mit den von der Klägerin angeführten Argumenten nicht rechtsgenüglich begründen und hat sich die Ausgleichskasse entgegenhalten zu lassen. Auch im Schrifttum wird zu Recht die Auffassung vertreten, dass als Herabsetzungsgründe für eine Schadenersatzpflicht eben gerade Pflichtverletzungen der vorliegenden Art beachtlich sind, so wenn die Ausgleichskasse während längerer Zeit keine Arbeitgeberkontrolle durchführt und aus diesem Grund Beiträge verwirkt sind oder erst nach Eröffnung des Konkurses über den Arbeitgeber geltend gemacht werden können und anzunehmen ist, der Schaden wäre geringer ausgefallen (Nussbaumer, Das Schadenersatzverfahren nach Art. 52 AHVG, in: Schaffhauser/Kieser, Aktuelle Fragen aus dem Beitragsrecht der AHV, Veröffentlichungen des Schweizerischen Instituts für Verwaltungskurse an der Universität St. Gallen, Neue Reihe, Bd. 44, S. 106). Ein Kausalzusammenhang zwischen dem rechtswidrigen Verhalten und dem hier eingeklagten Schaden ist zu bejahen. Denn hätte die Ausgleichskasse bereits in den 80er oder zumindest Anfang der 90er Jahre eine Arbeitgeberkontrolle veranlasst, hätte sie die Verletzung der Abrechnungspflicht des Vereins in Bezug auf die Auszahlungen an die Erstligaspieler früher feststellen und allfällige Beiträge nachfordern können. Bei der Arbeitgeberkontrolle hat die Revisionsstelle gerade eben zu prüfen, ob der Arbeitgeber die ihm obliegenden Aufgaben richtig erfüllt (Art. 163 Abs. 1 AHVV). Der Zweck der Arbeitgeberkontrolle liegt darin, möglichst frühzeitig allfällige Unregelmässigkeiten bei der Abrechnung und Zahlung der Beiträge zu erkennen. Damit lassen sich auch unrichtige Einschätzungen seitens des Arbeitgebers vermeiden. Wäre hier noch vor 1994 eine Arbeitgeberkontrolle angeordnet worden, hätten sowohl der Verein als auch der Beklagte gewusst, dass die Entschädigungen der Jahre 1994 und 1995 zumindest teilweise der Beitragspflicht unterliegen würden. Ferner hätte bei einer solchen Revision die Höhe der abzugsfähigen Spesen festgesetzt werden können.
Auch wenn sich die Auswirkungen des pflichtwidrigen Verhaltens der Ausgleichskasse auf den Schaden letztlich nicht im Einzelnen bestimmen lassen, ist mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass in Bezug auf die relevanten Beitragsjahre 1994 und 1995 kein Schaden eingetreten wäre, wenn die Ausgleichskasse alle vier Jahre periodisch den Verein kontrolliert und damit rechtzeitig die erforderlichen Massnahmen zum Beitragsbezug vorgenommen hätte. So hätte sie schon viel früher eine Nachzahlungsverfügung für nicht korrekt abgerechnete Beiträge erlassen können, oder aber eine solche wäre gar nicht mehr erforderlich gewesen. Die Einwände der Klägerin zu ihrer Entlastung überzeugen nicht und widersprechen klarerweise der in Art. 162 ff. AHVV statuierten periodischen Kontrollpflicht der Ausgleichskassen. Eine Schadenersatzpflicht des Beklagten ist mithin auch unter dem Gesichtspunkt der langjährigen, schuldhaften Unterlassung der Ausgleichskasse zu verneinen.