Aus den Erwägungen:
Zwischen den Parteien ist unbestritten, dass die Krankenkasse A die dem Beschwerdeführer gewährten Vorschussleistungen als Kollektivtaggeldversicherer gemäss VVG im Rahmen eines privatrechtlichen Vertrages erbracht hat. Dies ergibt sich im Übrigen auch aus dem von der Krankenkasse A ausgestellten Formular «Verrechnung von Nachzahlungen der AHV/IV» vom 21. März 2000.
b) Ansprüche auf Renten der Invalidenversicherung können grundsätzlich nicht abgetreten werden (Art. 20 Abs. 1 AHVG in Verbindung mit Art. 50 Abs. 1 IVG). Abweichend von diesem Grundsatz hält Art. 20 Abs. 2 lit. c AHVG fest, dass u.a. Rückforderungen von Krankenkassen mit fälligen Versicherungsleistungen verrechnet werden können. Diese Bestimmung gilt jedoch nur für Rückforderungen von Leistungen, die eine Krankenkasse im Rahmen des KVG, und damit als Sozialversicherungsträger, erbracht hat (vgl. auch nicht publiziertes EVG-Urteil K. vom 10.5.2000; SZS 2000 S. 379 f.). Die von der Krankenkasse A dem Beschwerdeführer auf privatrechtlicher Basis ausgerichteten Krankentaggelder können daher nicht gestützt auf Art. 20 Abs. 2 lit. c AHVG mit den Rentennachzahlungen der Invalidenversicherung verrechnet werden.
Aus den Akten geht hervor, und ist zudem unbestritten, dass auch die Voraussetzungen für eine Drittauszahlung zur Abwendung der Gefahr unzweckmässiger Leistungsverwendung (Art. 45 AHVG in Verbindung mit Art. 50 Abs. 1 IVG; Art. 76 AHVV in Verbindung mit Art. 84 IVV; vgl. auch BGE 118 V 88) nicht erfüllt sind.
Nach Art. 50 Abs. 2 IVG können in Abweichung von Art. 20 Abs. 1 AHVG auch Nachzahlungen von Leistungen an Drittpersonen oder Dritte, welche im Hinblick auf die Leistung der Invalidenversicherung Vorschussleistungen erbracht haben, ausgerichtet werden. Der Bundesrat regelt das Verfahren sowie die Voraussetzungen der Auszahlung an Dritte. Die entsprechende Konkretisierung erfolgte in Art. 85bis IVV, wobei diese Bestimmung bereits am 1. Januar 1994 in Kraft getreten ist. Art. 85bis IVV ist verfassungs- und gesetzeskonform (BGE 123 V 30 Erw. 4). Zu prüfen bleibt damit, ob die von der IV-Stelle verfügte Drittauszahlung an die Krankenkasse A gestützt auf Art. 85bis IVV zulässig war.
Laut Art. 85bis Abs. 2 IVV gelten als Vorschussleistungen einerseits freiwillige Leistungen, sofern die versicherte Person zu deren Rückerstattung verpflichtet ist und sie der Auszahlung der Rentennachzahlung an die bevorschussende Stelle schriftlich zugestimmt hat (lit. a), und andererseits die vertraglich oder aufgrund eines Gesetzes erbrachten Leistungen, soweit aus dem Vertrag oder aus dem Gesetz ein eindeutiges Rückforderungsrecht infolge der Rentennachzahlung abgeleitet werden kann (lit. b). Als vertraglich erbrachte Leistungen im Sinne von Art. 85bis Abs. 2 lit. b IVV gelten insbesondere auch die von einer Krankenkasse auf privatrechtlicher Grundlage erbrachten Taggeldleistungen (vgl. auch EVG-Urteil K. vom 10.5.2000; SZS 2000 S. 379 f.).
Die Nachzahlung darf der bevorschussenden Stelle höchstens im Betrag der Vorschussleistungen und für den Zeitraum, in welchem diese erbracht worden ist, ausbezahlt werden (Art. 85bis Abs. 3 IVV).
b) aa) Es ist unbestritten, dass in Bezug auf den geltend gemachten Verrechnungsanspruch keine unterschriftliche Zustimmung des Beschwerdeführers vorliegt. Der Rückerstattungsanspruch ergibt sich auch nicht aufgrund einer gesetzlichen Bestimmung. Die IV-Stelle, wie auch die beigeladene Krankenkasse A, machen denn auch ein «eindeutiges Rückforderungsrecht» gestützt auf eine vertragliche Vereinbarung geltend. Die Krankenkasse A verweist dabei insbesondere auf Artikel 23 und 24 ihrer allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) für die FIRMA Kollektiv-Taggeldversicherungen, Ausgabe vom 1. Januar 1997.
bb) Art. 23 AVB hält unter dem Titel «Subsidiarität und Leistungen Dritter» Folgendes fest:
23.1 Sämtliche Leistungen gemäss den vorliegenden Allgemeinen Versicherungsbedingungen werden jeweils im Nachgang zu den Leistungen ausländischer oder inländischer sozialer und privater Versicherer erbracht. Die Krankenkasse A ergänzt die Leistungen bis zur Höhe des versicherten Taggeldes.
23.2 Bei mehreren leistungspflichtigen Versicherern leistet die Krankenkasse A anteilsmässig.
23.3 Sind für die Folgen von Krankheit oder Unfall haftpflichtige Dritte leistungspflichtig, gewährt die Krankenkasse A ihre Leistungen vorbehaltlich Art. 24 AVB nur, wenn die Dritten ihre Leistungen erbracht haben und nur in dem Masse, als unter Berücksichtigung der Leistungen Dritter den Versicherten kein Gewinn erwächst.
Weiter wird in den allgemeinen Versicherungsbedingungen unter Art. 24 «Vorleistung und Regressrecht « ausgeführt:
24.1 Die Krankenkasse A kann vorschussweise Leistungen unter der Bedingung entrichten, dass ihr die Versicherungsnehmer und die versicherten Personen ihre Ansprüche gegenüber leistungspflichtigen Dritten bis zur Höhe der von ihr erbrachten Leistungen abtreten und sich verpflichten, nichts zu unternehmen, was der Geltendmachung eines allfälligen Rückgriffsrechts gegenüber Dritten entgegenstünde.
24.2 Treffen Versicherungsnehmer oder versicherte Personen mit leistungspflichtigen Dritten ohne Einwilligung der Krankenkasse A eine Vereinbarung, in welcher sie teilweise oder gänzlich auf Versicherungs- oder Schadenersatzleistungen verzichten, fällt der Leistungsanspruch gegenüber der Krankenkasse A dahin.
Ausserdem steht in Art. 28 AVB unter «Überentschädigung/Versicherungsgewinn»:
28.1 Anspruch auf Taggeldleistungen besteht nur in dem Masse, als der versicherten Person kein Versicherungsgewinn erwächst.
28.2 Als Versicherungsgewinn gelten alle Leistungen, welche volle Deckung des Erwerbsausfalles der versicherten Person übersteigen.
28.3 Die versicherte Person hat den Nachweis von ungedecktem Einkommensausfall zu erbringen, ansonsten kein Anspruch auf Taggeldleistungen besteht.
cc) Im bereits erwähnten, nicht zur Publikation bestimmten Urteil K. vom 10. Mai 2000 (I 282/99) hat das Eidgenössische Versicherungsgericht festgehalten, der Anspruch auf die in Art. 85bis IVV vorgesehene Drittauszahlung gehe weit über den blossen Rückerstattungsanspruch hinaus, welcher einem Versicherungsträger wegen unrechtmässigen Leistungsbezugs - etwa aus Gründen der Überversicherung - gegenüber dem Versicherten zustehe. Die Drittauszahlung setze nicht nur die materiellrechtliche Begründetheit der Rückforderung und die Rückkommensvoraussetzungen voraus, sondern gehe mit einem Schuldner- und Gläubigerwechsel einher, welcher die Verrechnung von Nachzahlung und Rückforderung erst möglich mache. Es sei daher zu verlangen, dass ein gegenüber der Invalidenversicherung bestehender direkter Rückerstattungsanspruch normativ festgehalten sein müsse, damit von einem eindeutigen Rückforderungsrecht gesprochen werden könne. Was für öffentlich-rechtliche Leistungen mit Vorschusscharakter gelte, sei auch für privatrechtliche Vorschussleistungen massgebend. Ein direktes Rückforderungsrecht gegenüber der nachträglich leistenden Invalidenversicherung müsse in den vertraglichen Grundlagen, etwa in den AVB, festgehalten werden.
Die erwähnten Art. 23, 24 und 28 der allgemeinen Versicherungsbedingungen enthalten allesamt Regeln für den Fall, dass mehrere Versicherer leistungspflichtig sind. Ein ausdrückliches Rückforderungsrecht an den erwarteten Leistungen der Invalidenversicherung zu Gunsten der vorleistenden Krankenversicherung geht aus ihnen jedoch nicht hervor. Ein derartiges (direktes) Rückforderungsrecht lässt sich insbesondere nicht aus Art. 23 AVB herleiten. In dieser Bestimmung ist wohl die Subsidiarität der privatrechtlichen Versicherungsansprüche im Verhältnis zu den Sozialversicherungsleistungen vereinbart. Darüber hinaus wird aber ein direkter Anspruch gegenüber dem vorleistungspflichtigen Sozialversicherer weder ausdrücklich noch stillschweigend eingeräumt. Art. 24 AVB erwähnt zwar allgemein ein Regressrecht gegenüber Dritten. Diese Bestimmung richtet sich indessen ausdrücklich gegen den Versicherten selbst und nicht gegen den ebenfalls Leistungen erbringenden Sozialversicherungsträger. Zudem wird festgehalten, dass vorschussweise Leistungen der Krankenkasse die Abtretung der Ansprüche gegenüber den leistungspflichtigen Dritten voraussetzen würden.
Die Voraussetzungen für eine Verrechnung der Rentennachzahlungen mit den Vorschussleistungen sind damit nicht erfüllt. Mithin durfte die IV-Stelle in ihrer Verfügung vom 5. Juli 2000 keine Verrechnung mit dem Rückforderungsanspruch der Krankenkasse A in der Höhe von total Fr. 17032.- vornehmen. Die IV-Stelle hat daher dem Beschwerdeführer die gesetzlichen Leistungen der Invalidenversicherung ungekürzt auszurichten. In diesem Sinne erweist sich die Beschwerde als begründet und ist gutzuheissen. Auf den Einwand des Beschwerdeführers, die allgemeinen Versicherungsbedingungen würden für ihn gar keine Rechtswirkung entfalten, ist nicht mehr einzugehen.
Aus Art. 69 IVG in Verbindung mit Art. 85 AHVG in Verbindung mit § 13 Abs. 1 des Gesetzes über die Einführung des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (EGIVG, SRL Nr. 882) ergibt sich, dass gegen Verfügungen, welche gestützt auf das IVG bzw. der IVV ergangen sind, Beschwerde an das Verwaltungsgericht erhoben werden kann. Da die IV-Stelle mit Verfügung vom 5. Juli 2000 eine Verrechnung ihrer Nachzahlungen mit den zivilrechtlichen Ansprüchen der Krankenkasse nur gestützt auf Art. 85bis IVV verfügen konnte, hat der Beschwerdeführer zu Recht gegen die IV-Stelle beim Verwaltungsgericht Beschwerde erhoben. Er kann nicht auf den zivilprozessualen Weg verwiesen werden, um eine sozialversicherungsrechtlich vorgenommene Verrechnung anzufechten. Insbesondere musste er die Beschwerde nicht gegenüber dem bevorschussenden Dritten erheben (vgl. auch Rz. 10067.2 1/99 der Wegleitung über die Renten in der Eidgenössischen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung [lRWL]).
Anzufügen bleibt, dass es im vorliegenden verwaltungsrechtlichen Verfahren nur darum geht, ob die Voraussetzungen zur Verrechnung gemäss Art. 85bis IVV gegeben sind. Über Bestand und Höhe der von der Krankenkasse A geltend gemachten Rückforderung, beides privatrechtlicher Natur, hat das Verwaltungsgericht nicht zu befinden. Die Invalidenversicherung hat allenfalls einen an die Krankenkasse A bereits überwiesenen Betrag von dieser zurückzufordern. Die Krankenkasse A ihrerseits hat eine Rückforderung allenfalls zuviel bezahlter Versicherungsleistungen auf dem ordentlichen Zivilweg gegen den Beschwerdeführer geltend zu machen.