Aus den Erwägungen:
Der Beklagte bezichtigt die Gerichtspräsidenten X. und Y. der Befangenheit, weil sie in früheren, ihn betreffenden Zivilverfahren am gleichen Gericht mitgewirkt hätten und er gegen sie Strafanzeige eingereicht habe. Andere Gründe macht er nicht geltend. Es stellt sich vorab die Frage, ob auf das derart begründete Gesuch einzutreten ist.
a) Nach dem Wortlaut des Gesetzes darf ein Richter sein Amt u.a. nicht ausüben, wenn er Partei ist oder an der Sache sonstwie ein eigenes Interesse hat oder er aus einem andern Grund als befangen erscheint (§ 39 Abs. 1 lit. a und g ZPO). Art. 58 Abs. 1 BV gewährleistet - unabhängig vom anwendbaren Prozessrecht - eine unabhängige und unparteiische Rechtsprechung durch ein ordnungsgemäss besetztes Gericht. Nach konstanter Rechtsprechung genügen, um Zweifel an der Unparteilichkeit zu wecken, Umstände, welche objektiv gesehen geeignet sind, den Anschein von Voreingenommenheit und der Gefährdung der Unparteilichkeit eines Richters aufkommen zu lassen (Pra 81 [1992] Nr. 129 S. 457 f.). Solche Umstände können entweder in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters oder in gewissen äussern Gegebenheiten, wozu auch funktionelle oder organisatorische Aspekte gehören, begründet sein (BGE 115 Ia 36f.). Persönliche Befangenheit ist im Einzelfall schwer zu beweisen. Die Vermutung spricht für Unparteilichkeit, solange nicht das Gegenteil bewiesen ist (Miehsler/Vogler, Internationaler Komm. zur EMRK, 1. Lieferung 1986, N 304 zu Art. 6 EMRK). Für die Ablehnung eines Richters braucht allerdings nicht nachgewiesen zu werden, dass dieser tatsächlich befangen ist. Wie bereits gesagt, genügt es vielmehr, wenn Umstände vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Bei der Beurteilung des Anscheins der Befangenheit und der Gewichtung solcher Umstände kann nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abgestellt werden; das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen (BGE 115 Ia 37 mit Hinweis).
b) Nach diesen Beurteilungskriterien kann ein einzelner Richter lediglich wegen seiner früheren Mitwirkung an einem anderen Entscheid in der Sache des Gesuchstellers nicht als befangen abgelehnt werden (BGE 105 Ib 304). Ebensowenig kann die Einreichung einer Strafanzeige gegen ein Behördemitglied für sich allein einen Ausstandsgrund schaffen, liesse sich doch sonst jedes subjektiv missliebige Behördemitglied in den Ausstand zwingen (vgl. Entscheid Aufsichtsbehörde über die Rechtsanwälte des Kantons Luzern in S. Sch. vom 28.6.1994, bestätigt von der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts mit Urteil vom 12.10.1994). Die vom Beklagten behaupteten Gründe sind damit untauglich, um die Amtsgerichtspräsidenten X. und Y. in den Ausstand zu verlangen. Es müssten vielmehr zusätzliche Ausstandsgründe vorgebracht und im einzelnen begründet werden. Auf das Gesuch ist mithin nicht einzutreten (BGE 105 Ib 304; Max. XI Nr. 628).
c) In Fällen wie dem vorliegenden ist das derart begründete Ausstandsgesuch unzulässig, und es fehlt damit die Voraussetzung für die Durchführung eines Ausstandsverfahrens. Da keine Ermessensausübung durch den Richter erforderlich ist, um die Untauglichkeit der erwähnten Ausstandsgründe zu erkennen, genügt es in solchen Fällen, wenn ein Richter - in der Regel der in der Sache selbst zuständige - feststellt, dass keine nach Massgabe des Gesetzes geeigneten Ausstandsgründe geltend gemacht werden und dass damit die Eintretensvoraussetzung für ein Ausstandsverfahren fehlt. Dieser Entscheid kann von jenem Richter gefällt bzw. mitgefällt werden (wenn eine Gerichtsabteilung entscheidet), der von einem solchen Ausstandsbegehren betroffen ist (BGE 105 Ib 304).
d) Vorliegend handelt es sich um ein Befehlsverfahren. Es wäre der besonderen Natur dieses Rechtsbehelfs abträglich, betreffend das gestellte unzulässige Ausstandsgesuch einen verfahrensverzögernden Zwischenentscheid zu fällen. Der Nichteintretensentscheid über das Ausstandsgesuch kann daher zusammen mit dem das Hauptverfahren abschliessenden Entscheid erfolgen (vgl. auch LGVE 1991 I Nr. 32 E. 3).