Aus den Erwägungen:
Das Verwaltungsgericht sprach sich mit Urteil vom 14. Oktober 1997 in Sachen P. (A 97 136) über das Verhältnis zwischen dem vereinbarten Erwerbspreis einerseits und der (höheren) Katasterschatzung andererseits aus. Gemäss diesem Urteil betrachtet der Gesetzgeber den Verkehrswert als den massgeblichen Handänderungswert. Der im Schatzungsgesetz definierte Verkehrswert ist als Bezugsgrösse geeignet, um festzustellen, ob ein vereinbarter Handänderungswert vom Verkehrswert abweicht oder nicht (vgl. LGVE 1989 II Nr. 25). Die Erhebung von Steuern aufgrund pauschaler, in der Regel einfach und praktisch handhabbarer Bemessungsgrundsätze ist grundsätzlich zulässig. Der Steuerpflichtige hat somit Abweichungen zwischen Steuerwert (Handänderungswert) und vereinbartem Erwerbspreis hinzunehmen, wenn diese auf der Anwendung der gesetzlichen Ordnung beruhen und der Gesetzgeber die schematischen Steuerveranlagungen durch die Wahl der Bemessungsmethode bewusst in Kauf genommen hat. Nur wenn die Rechtsgleichheit in krasser Weise verletzt wird oder die Steuerfolgen besonders stossend sind, ist die «generalisierende Steuerfestlegung» unzulässig. Aus dem Wortlaut von § 7 Abs. 2 HStG geht wiederum unmissverständlich hervor, dass die Handänderungssteuer vom Katasterwert zu berechnen ist, wenn der Kaufpreis kleiner als dieser Ersatzwert ist. Zusätzlicher Voraussetzungen bedarf es dazu gemäss der gesetzlichen Bestimmung nicht; Einschränkungen hat der Gesetzgeber keine erlassen. Diese wörtliche Auslegung der Bestimmung entspricht auch dem nach dem Willen des Gesetzgebers ermittelten Sinn (Urteil P. vom 14.10.1997).
In dem Sachverhalt, der dem Urteil P. vom 14. Oktober 1997 zugrunde lag, war der Erwerbspreis deshalb tiefer vereinbart worden als der dannzumal gültige Katasterwert, weil das Grundstück mit einem Wohnrecht belastet war, dieses Wohnrecht jedoch gestützt auf die gesetzlichen Vorgaben in der Schatzungsverordnung bei der Festsetzung des Katasterwertes nicht berücksichtigt worden war. In jenem Fall konnte der Katasterwert somit gar nicht die Funktion des Verkehrswertes haben. Das Gericht erwog im Hinblick auf diesen Fall, dass der Gesetzgeber mit der Regelung gemäss § 7 Abs. 2 HStG einen Auffangtatbestand für all jene Fälle geschaffen habe, in denen das Grundeigentum rechtlich oder wirtschaftlich unter seinem objektiven Wert die Hand wechselt. In diesen Fällen diene der von den Schatzungsbehörden ermittelte Wert «als Korrektiv nach oben», sofern der Katasterwert - bezogen auf den Gegenstand der Handänderung - den tatsächlichen Verkehrswert wiedergibt. Liege aber der Katasterwert weit über jenem Preis, der für den Gegenstand der Handänderung vernünftigerweise erzielt werden kann, verliere der Katasterwert seine Funktion als Hilfselement für die Bestimmung eines objektiv richtigen Handänderungswertes. In diesem Fall sei eben auf den vereinbarten Erwerbspreis abzustellen (Urteil P. vom 14.10.1997 Erw. 3d).
Das Verwaltungsgericht war sich bei Erlass des erwähnten Urteils darüber im Klaren, dass ein besonderes (Schätzungs-)Verfahren, um den jeweils massgebenden Handänderungswert zu ermitteln, mit der berechtigten, und vom Gesetzgeber akzeptierten Forderung der Behörden nach einfacher Handhabung des Handänderungssteuerrechts nicht vereinbar ist. Ein solches Verfahren würde zudem in keiner Weise jenen Steuerpflichtigen dienen, die im Voraus den mutmasslichen Steuerbetrag berechnen wollen. Bei dieser Sachlage drängt sich - solange keine Anhaltspunkte für eine Steuerumgehung auszumachen sind - die Lösung auf, jeweils auf den bezahlten Erwerbspreis allein abzustellen. Sind keine besonderen Beziehungen zwischen den Vertragsparteien ersichtlich, die auf eine Bevorzugung (Freundschaftspreis) oder eine gemischte Schenkung schliessen lassen, so besteht die (widerlegbare) Vermutung, der bezahlte Preis entspreche in etwa jenem Preis, welcher der Markt für den konkreten Gegenstand zu bezahlen bereit ist.
c) Die Kantonale Steuerverwaltung hat das erwähnte Urteil zum Anlass genommen, seine Weisungen betreffend die Anwendung und Auslegung von § 7 Abs. 2 HStG anzupassen. Ohne den konkret beurteilten Sachverhalt zu erwähnen, enthalten die Weisungen den Grundsatz, dass entgegen dem Gesetzeswortlaut nicht auf den (höheren) subsidiären Handänderungswert (Katasterwert), sondern auf den Erwerbspreis als vermutlichen Verkehrswert abzustellen ist. Nur wenn Anzeichen dafür vorhanden seien, dass der Erwerbspreis offensichtlich nicht dem Verkehrswert entspreche, sei der Katasterwert als Handänderungswert heranzuziehen. Wenn die Erhebung des Verkehrswertes mangels Erfahrungs- und Vergleichszahlen erhebliche Schwierigkeiten bereiten würde, könne über den Rechtsdienst an das Schatzungsamt gelangt werden (Weisungen zum Handänderungssteuergesetz, N 10 zu § 7). Diese Weisung wurde als Korrektur einer bis anhin «rechtswidrigen» Praxis begrüsst und kommentiert (StR 54 [1999] S. 510f.).
Die Kantonale Steuerverwaltung erlässt nach den vom Finanzdepartement aufgestellten allgemeinen Richtlinien die für die richtige und einheitliche Anwendung des Handänderungssteuergesetzes erforderlichen Weisungen und Anordnungen (§ 26 Abs. 2 HStG). Weisungen und Verwaltungsverordnungen sind nicht direkt anfechtbar, haben aber auch keine unmittelbare verbindliche Wirkung für Rechtsmittelbehörden und Gerichte (BGE 122 II 76f.; Häfelin/Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl., Zürich 1998, Rz. 96 ff.). Dennoch macht der Erlass von Weisungen dort Sinn, wo die Behörden zahlreiche gleiche oder ähnlich gelagerte Fälle zu beurteilen haben. Weisungen bezwecken somit die rechtsgleiche Behandlung aller vom entsprechenden Gesetz betroffenen Personen und erleichtern den zuständigen Behörden die Anwendung des Gesetzes. Wo sich Richtlinien oder Weisungen als nützliche Werkzeuge für die Anwender erweisen und eine langjährige und bewährte Verwaltungsübung wiedergeben, ist gegen ihre Berücksichtigung in gerichtlichen Beschwerdeverfahren nichts einzuwenden. Solange sich Weisungen im gesetzlichen Rahmen bewegen und sich am Zweck des Erlasses orientieren, sind sie rechtmässig und folglich nicht ohne Not durch eine andere - wenn auch vielleicht ebenso vertretbare - Auslegung des Gesetzes «ausser Kraft zu setzen».
Im vorliegenden Fall berufen sich die Parteien wie die Steuerverwaltung zur Stützung ihres Standpunktes auf die erwähnten Weisungen. Laut gesetzlicher Umschreibung dienen sie - wie erwähnt - der richtigen und einheitlichen Anwendung des Handänderungssteuerrechts. Ob sie jedoch in dieser allgemeinen Form und in jeder Hinsicht durch die Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts abgedeckt sind, ist fraglich, kann jedoch offen bleiben. Denn die in den Weisungen genannten Kriterien stellen nur (aber immerhin) Entscheidungshilfen für die Veranlagungsbehörden dar, von welchen sie abzuweichen im konkreten Fall jedoch befugt sind. Zudem sind sich die Parteien und die Steuerverwaltung in dem Punkte einig, dass als Handänderungswert ausschliesslich der Verkehrswert der übereigneten Liegenschaft massgebend ist. In dieser Hinsicht stimmen sie mit dem Grundsatz des Gesetzgebers überein, der auch in den erwähnten Weisungen zum Ausdruck kommt.