Aus den Erwägungen:
b) Bis wann eine rechtzeitig eingeleitete Veranlagung abgeschlossen werden muss, sagt das Gesetz nicht. In LGVE 1989 II Nr. 28 hat das Verwaltungsgericht in Übereinstimmung mit der Rechtsprechung zur periodischen Einkommens- und Vermögenssteuer (LGVE 1987 II Nr. 12) festgehalten, dass es gegen Art. 4 BV verstosse, wenn ein Anspruch während der Dauer des Veranlagungsverfahrens jeglicher Verjährung entzogen wäre. Analog zur geltenden Regelung bei den periodischen Einkommens- und Vermögenssteuern hat es die relative Verjährungsfrist, innert welcher die Veranlagung unter dem Vorbehalt von Unterbrechungshandlungen durchgeführt werden muss, auf fünf Jahre festgelegt. Diese Frist beginnt mit jeder (nachweisbaren) Unterbrechungshandlung neu zu laufen. In einem späteren Entscheid hat das Gericht sodann erkannt, auch im Bereiche der Grundstückgewinnsteuer unterliege der Besteuerungsanspruch einer absoluten Verjährung. Das Verfahren müsse in diesem Sinne spätestens 10 Jahre nach der Einleitung mit einem rechtskräftigen Veranlagungsentscheid abgeschlossen sein (LGVE 1990 II Nr. 27). Zu Stillstand und Unterbrechung der Verjährungsfristen für die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer hatte sich das Verwaltungsgericht bislang nicht zu äussern. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Dauer und Beginn der Verjährungsfrist - und demzufolge auch die damit zusammenhängenden Hemmungs- und Unterbrechungshandlungen - für öffentlich-rechtliche Ansprüche beim Fehlen besonderer gesetzlicher Bestimmungen in Anlehnung an die Ordnung festzulegen, die der Gesetzgeber für verwandte Ansprüche aufgestellt hat (ASA 47,223; vgl. auch LGVE 1990 II Nr. 27, 1987 II Nr. 12). Für den Bereich der direkten Einkommens- und Vermögenssteuern wurden mit Revision des Steuergesetzes vom 15. Mai 1990 die Hemmungs- und Unterbrechungsgründe geregelt, indem die im Entwurf zu einem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer und zum Steuerharmonisierungsgesetz vorgesehenen Vorschriften übernommen wurden (Botschaft des Regierungsrates vom 11. Juli 1989, in: Verhandlungen des Grossen Rates 1989, S. 934). So steht nach § 78 Abs. 2 lit. a StG die Verjährungsfrist unter anderem während eines Einsprache- oder Beschwerdeverfahrens still. Dieser Hemmungsgrund ist in analogiam auch auf den Fristenlauf für die Verjährung der Grundstückgewinnsteuerveranlagung anzuwenden.
c) Wie den Akten zu entnehmen ist, wurde das Veranlagungsverfahren am 6. Oktober 1987 mit der Zustellung der Veranlagungsunterlagen eingeleitet, womit die Frist zur Veranlagungsverjährung zu laufen begann. Der Stadtrat von Z erliess am 12. April 1989 den Veranlagungsentscheid. Mit Erhebung der Einsprache stand die Verjährungsfrist ab dem 21. April 1989 erstmals still und begann mit Erlass des Einspracheentscheides vom 1. Dezember 1993 wieder zu laufen bis zum 6. Januar 1994, wo mit der Einreichung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein erneuter Friststillstand erfolgte. Demnach lief die Verjährungsfrist vom 6. Oktober 1987 bis 21. April 1989 und vom 1. Dezember 1993 bis 6. Januar 1994. Dies sind knapp 20 Monate, womit die relative Verjährungsfrist von fünf Jahren bei weitem nicht abgelaufen ist. Dasselbe gilt für die absolute, zehnjährige Verjährungsfrist mit Beginn am 6. Oktober 1987. Somit steht fest, dass der Besteuerungsanspruch für die besagte Handänderung weder in relativer noch in absoluter Hinsicht verjährt ist.
Soweit in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend gemacht wird, das jahrelange Liegenlassen der Einsprache und die damit verbundene späte Geltendmachung des Anspruches sei als rechtsmissbräuchlich zu qualifizieren und bedeute, dass der Anspruch auf Erhebung der Steuer verwirkt sei, kann dieser Auffassung nicht zugestimmt werden. Massgebend für den Untergang des Besteuerungsanspruches infolge Veranlagungsverjährung ist ausschliesslich der Zeitablauf, der sich nach den gesetzlich vorgesehenen Fristen richtet. Sind die massgeblichen Fristen eingehalten, besteht die rechtzeitig geltend gemachte Steuerforderung und kann von einem Untergang derselben keine Rede sein (im gleichen Sinn auch BVR 1995, S. 25f. Erw. 4). Hieran ändert auch eine allenfalls ungebührlich lange Behandlung der Einsprache nichts. Denn eine gesetzliche Grundlage, die für die Durchführung des Einspracheverfahrens eine bestimmte Zeit vorschreiben würde, fehlt ebenso wie für das Veranlagungsverfahren. Der Einwand der Beschwerdeführerin schliesslich, sie habe aus dem Schweigen des Stadtrates auf einen Verzicht der Besteuerung schliessen dürfen, begründet keine Vertrauensgrundlage, wurde doch das Einspracheverfahren erst mit Entscheid vom 1. Dezember 1993 abgeschlossen. Die Berufung auf Treu und Glauben geht daher fehl, da die Voraussetzungen im Sinn der Rechtsprechung nicht erfüllt sind (BGE 117 Ia 287 Erw. 2b). Selbst wenn die Dauer des Einspracheverfahrens von mehr als 41/2 Jahren als überaus lang erscheint und insoweit mit dem Verfahrensgrundsatz der Fairness nicht in Einklang zu bringen ist, vermag die Beschwerdeführerin daraus im Hinblick auf die hier zu beurteilenden Rechtsfragen nichts zu ihren Gunsten abzuleiten. Vielmehr hätte sie, wenn die Untätigkeit Anlass zu Beanstandungen gab, dies mittels Rechtsverzögerungsbeschwerde während des Einspracheverfahrens tun müssen. Nach Erlass des Entscheides fehlt ein diesbezügliches Rechtsschutzinteresse.