Aus den Erwägungen:
II. Veranlagung
a) Gemäss Art. 18 DBG sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit steuerbar (Abs. 1). Zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen (Abs. 2 Satz 1). Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Abs. 2 Satz 3). Demgegenüber sind die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen steuerfrei (Art. 16 Abs. 3 DBG). Einkünfte aus immateriellen Gütern sind als Vermögensertrag steuerbar (vgl. Art. 20 Abs. 1 lit. f DBG).
Immaterielle Güter sind nicht nur die rechtlich geschützten Vermögenswerte wie die Rechte an Werken der Literatur, Musik und Kunst, an Patenten, Muster und Modellen sowie an Marken, sondern auch an rechtlich nicht geschützten Werten wie nicht patentierten Erfindungen, Verfahren und Rezepten (Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, 2.Aufl., Basel 2008, N 123 zu Art. 20 DBG, auch zum Folgenden). Wenn und insoweit, als die immateriellen Güter im Privatvermögen gehalten werden, bildet das Entgelt für die Gebrauchs- oder Nutzungsüberlassung unkörperlicher Sachen an Dritte Vermögensertrag aus immateriellen Gütern im Sinn von Art. 20 Abs. 1 lit. f DBG.
Fliessen dem Schöpfer von Immaterialgütern aus deren Nutzungsüberlassung Einkünfte zu, lässt er sich seine schöpferische Arbeitsleistung abgelten. Die Nutzungsentgelte stellen für ihn deshalb keine Einkünfte aus privatem Vermögen dar, sondern bilden Vermögenszugänge aus selbständiger Erwerbstätigkeit gemäss Art. 18 Abs. 1 DBG (vgl. StE 1985 B 23.1 Nr. 5, StE 1989 B 23.6 Nr. 2, StE 1995 B 23.2 Nr. 14 E. 2c/cc, StE 2007 B 23.2 Nr. 34 E. 2a; Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, I. Teil, Therwil/Basel 2001, N 172 zu Art. 20 DBG; Reich, a.a.O., N 124 zu Art. 20 DBG). Die selbst geschaffenen immateriellen Güter zählen gewöhnlich zum Geschäftsvermögen (Reich, a.a.O.). Entscheidet sich der Inhaber des Rechts, der das immaterielle Gut selber geschaffen hat, für dessen Veräusserung, bildet der Veräusserungserlös dementsprechend selbständiges Erwerbseinkommen (vgl. StE 1985 B 23.1 Nr. 5).
b) Der Beschwerdeführer schuf die Voraussetzungen für die ab Herbst 2001 vermarktete TV-Programmzeitschrift C, indem er im Wesentlichen die eingangs erwähnten Wortmarken eintragen und die Domain-Namen registrieren liess. Sodann begründete er das Titel- und Verlagsrecht an der Programmzeitschrift C, die in der Folge nach Massgabe des von ihm geschaffenen Konzepts und Designs von der von ihm gegründeten F GmbH vertrieben wurde. Die F GmbH galt dem Beschwerdeführer die Nutzung der Marke C, des Titel- und Verlagsrechts für die Programmzeitschrift und deren Konzept und Design von 2001 an mit einer Lizenzentschädigung ab. Obwohl der Beschwerdeführer seine Immaterialgüterrechte stets als Privatvermögen und die Lizenzeinnahmen als sog. weitere Einkünfte deklarieren liess, ist unbestritten, dass er die Immaterialgüter, deren Nutzung mit den Lizenzentschädigungen abgegolten wurde, selber geschaffen hat und er originärer Lizenzgeber ist. Nach ständiger steuerlicher Praxis sind Lizenzeinnahmen unter solchen Umständen als Einkommen des Lizenzgebers aus selbständigem Erwerb zu qualifizieren, zumal er als Angestellter der F GmbH weitere persönliche Leistungen für die Vermarktung und Verwertung der von ihm geschaffenen Immaterialgüter erbrachte (vgl. StE 2007 B 23.2 Nr. 34 E. 2a, mit Hinweisen). Die vom Beschwerdeführer geschaffenen Immaterialgüter gründen auf seinen Fachkenntnissen und seinem Beziehungsnetz. Sie entstanden somit nicht zufällig, sondern stellen eigentliches Ergebnis der beruflichen Tätigkeit des Beschwerdeführers dar. Das heisst, dass im vorliegenden Fall sogar eine besonders enge Beziehung zwischen der Person des Bezügers der Lizenzeinnahmen und deren erwerblichen Betätigung besteht (vgl. zu Bedeutung dieser Beziehung im Sozialversicherungsbeitragsrecht BGE 97 V 28). Zu Recht erfasste deshalb die Steuerkommission die Lizenzeinnahmen als steuerbares Einkommen aus Erwerb.
Insoweit, als die selbst geschaffenen Immaterialgüter Grundlage des Erwerbseinkommens aus Lizenzeinnahmen bilden, sind sie ohne weiteres als Geschäftsvermögen im Sinn von Art. 18 Abs. 2 DBG zu qualifizieren. Ein Gewinn aus dem Verkauf des Titel- und Verlagsrechts an C inklusive das Recht am Konzept und Design sowie der Markenrechte C und E ist deshalb zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinn von Art. 18 Abs. 2 DBG zu zählen.
c) Bislang erzielte der Beschwerdeführer seinen eigenen Angaben zufolge keine Nutzungsentgelte aus den Marken A und B und aus den Domain-Namen www.C.com und www.D.com. Er schliesst daraus, dass der auf diese Markenrechte und die Domain-Namensrechte entfallende Verkaufserlös einkommenssteuerfrei bleiben müsse.
Der Urheber eines Immaterialgutes hat - wird von der einkommenssteuerlich in der Regel nicht zu erfassenden Eigennutzung abgesehen (Reich, a.a.O., N 123 zu Art. 20 DBG) - mit Blick auf dessen wirtschaftliche Verwertung die Wahl, entweder an seinem Immaterialgut Nutzungsrechte einzuräumen oder das Recht am immateriellen Gut zu veräussern. Entscheidet er sich für die Veräusserung des Rechts am immateriellen Gut, stellt der Veräusserungserlös Erwerbseinkommen dar, handelt es sich doch um ein Entgelt für die schöpferische Arbeit des Urhebers (vgl. StE 1985 B 23.1 Nr. 5 E. 2, mit Hinweis, auch zum Folgenden). Für die Qualifizierung als Erwerbseinkommen macht es somit keinen Unterschied, ob dieses Einkommen sukzessive (durch laufende Lizenzeinnahmen) oder durch eine einmalige Zahlung (Verkaufspreis) realisiert wird.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es sodann für die steuerliche Beurteilung nicht von Bedeutung, ob ein Immaterialgut vor seiner Veräusserung bereits vermarktet wurde oder nicht. Selbst wenn die Markenrechte an A und B sowie die Domain-Namen bislang nicht wie im Fall von C im Rahmen einer Programmzeitschrift mit entsprechendem Konzept und Design eingesetzt wurden, liess sich der Beschwerdeführer für seine schöpferische Arbeitsleistung und das mit den Markenrechten und den Domain-Namen verbundene wirtschaftliche Potential beim Verkauf in der Form einer einmaligen Abgeltung bezahlen. Genauso wie bei den Markenrechten an C/E, den Titel- und Verlagsrechten an der Programmzeitschrift und den Urheberrechten an Konzept und Design gründen die Markenrechte an B und A sowie die Rechte an den Domain-Namen auf den einschlägigen Fachkenntnissen des Beschwerdeführers und seinem Beziehungsnetz. Auch sie entstanden somit nicht zufällig, sondern stellen Ergebnis der beruflichen Tätigkeit des Beschwerdeführers dar. Realisierte der Beschwerdeführer den wirtschaftlichen Wert dieser Immaterialgüter durch deren Verkauf, so erzielte er damit nicht Vermögensertrag, sondern Erwerbseinkommen. Die Markenrechte an A und B sowie die Domain-Namen www.C.com und www.D.com bildeten als selbst geschaffene Immaterialgüter Grundlage dieses Einkommens, weshalb sie ebenso wie die übrigen an die G AG veräusserten Immaterialgüter als Geschäftsvermögen im Sinn von Art. 18 Abs. 2 DBG zu qualifizieren sind. Der Gewinn aus dem Verkauf der Marken A/B sowie aus dem Verkauf der Domain-Namen ist deshalb zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit im Sinn von Art. 18 Abs. 2 DBG zu zählen.
d) Nach alledem erfasste die Vorinstanz den Verkaufserlös gemäss Kaufvertrag mit der G AG vom 6. August 2004 jedenfalls insoweit zu Recht als Einkommen aus selbständigem Erwerb, als dieser Immaterialgüterrechte des Beschwerdeführers zum Gegenstand hat. Zu Recht beantragte die Steuerkommission jedoch mit ihrer Vernehmlassung, dass der Erlös von Fr. 250000.- aus dem Verkauf des Abonnenten-Stammes an die G AG in Abzug zu bringen sei, weil dieser bei der F GmbH erfasst wurde. Ebenfalls ist ihr Antrag, die versäumte Rückstellung für die auf dem verbleibenden Verkaufserlös geschuldeten Sozialversicherungsbeiträge nachzuholen, berechtigt.
Diese Erwägungen führen zur teilweisen Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer. (...)
(Das Bundesgericht ist auf die dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten am 6. Februar 2009 nicht eingetreten).