Die Einwohnergemeinde X erhob von der Pensionskasse des Bundes Publica eine Liegenschaftssteuer. Die Pensionskasse bestritt vor Verwaltungsgericht ihre Steuerpflicht.
Aus den Erwägungen:
1.- a) Gemäss § 241 StG erheben die Einwohnergemeinden ausser den in den Spezialgesetzen vorgesehenen Steuern und Abgaben auf den in ihrem Gebiet gelegenen Grundstücken eine Liegenschaftssteuer. Diese Liegenschaftssteuer ist jährlich von allen natürlichen und juristischen Personen zu entrichten, die am 1. Januar Eigentümerinnen oder Eigentümer oder Nutzniesserinnen oder Nutzniesser des Grundstücks sind (§ 242 Abs. 1 StG). (...)
2.- a) § 243 StG führt in lit. a bis d in Bezug auf die Liegenschaftssteuer die Steuerbefreiungstatbestände auf. Gemäss lit. a sind die Grundstücke des Bundes, soweit das Bundesrecht die Besteuerung ausschliesst, von der Liegenschaftssteuer des Kantons Luzern befreit. (...)
b) Die Publica beruft sich auf lit. a von § 243 StG und macht geltend, der Begriff "Bund" umfasse gemäss den Weisungen der Kantonalen Steuerverwaltung auch seine Anstalten, Betriebe und unselbständigen Stiftungen. Die Post sei gemäss den Weisungen zu § 243 lit. a StG für die Grundstücke, die unmittelbar dem öffentlichen Zweck dienten, von der Steuer befreit. Zudem werde ausdrücklich auf die Weisungen zum GGStG verwiesen, wonach die Veräusserung von Grundstücken durch den Bund, seine Anstalten und Betriebe und unselbständigen Stiftungen von der Besteuerung befreit seien. Die Publica sei gleich wie die Post und die SUVA, für die ebenso auf die Weisungen zum GGStG verwiesen werde, eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes. Dies zeige, dass die Anstalten des Bundes auch gemäss Auslegung der Luzerner Steuerbehörden von § 243 lit. a StG erfasst würden.
c) Dem ist zuzustimmen. Zwar befreit § 243 lit. a StG (...) gemäss Wortlaut lediglich den Bund bzw. die Grundstücke des Bundes von der Besteuerung und erwähnt nicht die Anstalten. Aufgrund der Materialien und des Verweises auf die Bundesgesetzgebung ergibt sich jedoch, dass (...) auch die Anstalten des Bundes von der Steuerbefreiung gemäss § 243 lit. a StG erfasst werden (GR 2/1999, S. 536). Dies wird auch von der Vorinstanz nicht bestritten. (...) Die Grundstücke des Bundes und seiner Anstalten sind jedoch nicht per se, sondern lediglich soweit das Bundesrecht die Besteuerung ausschliesst, von der Liegenschaftssteuer befreit.
3.- a) Gemäss Art. 62d des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes (RVOG; SR Nr. 172.010) sind die Eidgenossenschaft und ihre Anstalten, Betriebe und unselbständigen Stiftungen von jeder Besteuerung durch die Kantone und Gemeinden befreit; ausgenommen sind Liegenschaften, die nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen. Art. 62d RVOG wurde mit Inkrafttreten des Parlamentsgesetzes vom 13. Dezember 2002 am 1. Dezember 2003 eingefügt und ersetzt Art. 10 des Bundesgesetzes über die politischen und polizeilichen Garantien zugunsten der Eidgenossenschaft (Garantiegesetz, GarG, BBl 2001 3615).
b) Die Publica ist eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes mit eigener Rechtspersönlichkeit (Art. 8 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Pensionskasse des Bundes; PKB-Gesetz SR 172.222.0). Die Vorinstanz stellt vorab in Frage, ob Art. 62d RVOG die Publica als Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit überhaupt erfasst oder lediglich auf unselbständige Anstalten des Bundes anwendbar ist. Zwar bestehen bezüglich der Anwendung von Art. 62d RVOG bzw. Art. 10 GarG auf Anstalten mit eigener Rechtspersönlichkeit unterschiedliche Auffassungen (Kuster, Zürcher Studien zum öffentlichen Recht, Band 121, Steuerbefreiung von Institutionen mit öffentlichen Zwecken, Zürich 1998, S. 133f.; a.M. Pierre Moor, Des personnes morales de droit public, in: Festschrift für Ulrich Häfelin zum 65. Geburtstag, Zürich 1989, S. 533, Fn 55), das Bundesgericht jedoch hat bei Anwendung von Art. 10 GarG und Art. 62d RVOG nie zwischen selbständigen und unselbständigen Anstalten unterschieden und die Steuerbefreiungsbestimmung auch in Bezug auf die Steuerpflicht von selbständigen öffentlich-rechtlichen Anstalten zitiert (BGE 127 II 7 Erw. 4, 121 II 140 Erw. 2a), wobei es jedoch die spezielle Bestimmung (¿) als massgebend erachtete (BGE 121 II 140 Erw. 2a). Die Beschwerdeführerin könnte somit auch als selbständige Anstalt des öffentlichen Rechts grundsätzlich von der Steuerbefreiungsnorm von Art. 62d RVOG erfasst werden.
c) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 10 GarG bzw. Art. 62d RVOG ist der Bund unter Einschluss der Schweizerischen Bundesbahnen generell von den allgemeinen Einkommens-, Vermögens-, Ertrags- und Gewinnsteuern befreit, auch wenn es sich um Einkünfte aus Liegenschaftsbesitz handelt, und zwar unabhängig davon, ob die Liegenschaften mittelbar oder unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen. Als unzulässig gelten ebenso Grundstückgewinnsteuern und Handänderungsabgaben, weil damit nicht die Liegenschaft selber oder ein Recht daran besteuert wird, sondern der bei der Veräusserung erzielte Gewinn bzw. ein Verkehrsvorgang. Die in der Vorschrift von Art. 62d RVOG getroffene Unterscheidung nach der Zweckbestimmung bezieht sich lediglich auf besondere Objektsteuern. Zulässig sind, sofern die Grundstücke nicht unmittelbar öffentlichen Zwecken dienen, namentlich Grund- oder Liegenschaftssteuern, welche zur Deckung der durch die Liegenschaft verursachten öffentlichen Lasten beitragen sollen. Die Steuerbefreiung wird somit vom Objekt her eingegrenzt (BG-Urteil 2P.283/1999 vom 13.6.2000 Erw. 4b, BGE 127 II 6 Erw. 3b, 111 Ib 9 Erw. 4c; Kuster, a.a.O., S. 135).
4.- a) Die Vorinstanz ist der Ansicht, anwendbar sei vorliegend auch Art. 80 Abs. 3 BVG, wonach die mit Rechtspersönlichkeit ausgestatteten Vorsorgeeinrichtungen des öffentlichen Rechts nicht von der Liegenschaftssteuer befreit seien. Es werde dabei nicht unterschieden, ob die Liegenschaften dem Vorsorgezweck dienen oder nicht. Mit Art. 80 Abs. 3 BVG bestehe somit eine spezialgesetzliche Regelung, welche die weitergehende Steuerbefreiung von Art. 62d RVOG einschränke. Art. 8 Abs. 3 PKB-Gesetz erkläre die zwingenden Bestimmungen des BVG auch auf die Pensionskasse des Bundes anwendbar.
b) Die Beschwerdeführerin hingegen bestreitet die Anwendbarkeit von Art. 80 Abs. 3 BVG. Gemäss Art. 8 Abs. 3 PKB-Gesetz seien nicht die Bestimmungen des BVG zwingend, sondern die zwingenden Bestimmungen des BVG anwendbar. Dies stelle sprachlich und inhaltlich einen wesentlichen Unterschied dar. Art. 80 Abs. 3 BVG sei nicht zwingend, sondern stelle eine harmonisierungsrechtliche Kann-Vorschrift dar, die nicht unmittelbar anwendbar sei.
c) Nach Art. 80 Abs. 2 BVG sind die mit Rechtspersönlichkeit ausgestatteten Vorsorgeeinrichtungen des privaten und des öffentlichen Rechts, soweit ihre Einkünfte und Vermögenswerte ausschliesslich der beruflichen Vorsorge dienen, von den direkten Steuern des Bundes, der Kantone und der Gemeinden und von Erbschafts- und Schenkungssteuern der Kantone und Gemeinden befreit. Die Steuerbefreiungsbestimmung ist somit grundsätzlich auch auf Vorsorgeinrichtungen des öffentlichen Rechts anwendbar. Demgegenüber dürfen Liegenschaften mit Grundsteuern, insbesondere Liegenschaftssteuern vom Bruttowert der Liegenschaft und Handänderungssteuern belastet werden (Art. 80 Abs. 3 BVG). Nach Art. 8 Abs. 3 des PKB-Gesetzes führt die Pensionskasse des Bundes für ihre Mitglieder die berufliche Vorsorge nach diesem Gesetz (PKB-Gesetz) durch. Sie ist an die zwingenden Bestimmungen des BVG und des Freizügigkeitsgesetzes vom 17. Dezember 1993 gebunden und im Register für die berufliche Vorsorge eingetragen. Gemäss der Botschaft des Bundesrates sind jedoch nicht nur die zwingenden Bestimmungen des BVG auf die Beschwerdeführerin anwendbar. Das BVG gilt subsidiär zum PKB-Gesetz. Die zwingenden Bestimmungen des BVG gelten jedoch in jedem Fall (BBl 1999 S. 5265). Sieht das PKB-Gesetz somit keine Bestimmung über die Steuerbefreiung der Publica vor, ist Art. 80 BVG subsidiär anwendbar. Die Beschwerdeführerin als öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes und dem BVG subsidiär unterstellte Vorsorgeeinrichtung fällt somit sowohl unter die Steuerbefreiungsnorm von Art. 62d RVOG als auch von Art. 80 BVG. Wie die Vorinstanz richtig anbringt, geht dabei die Steuerbefreiung gemäss Art. 80 BVG weniger weit als Art. 62d RVOG dies vorsieht. Anders als Art. 62d RVOG erlaubt Art. 80 Abs. 3 BVG den Kantonen nämlich, Liegenschaften von Vorsorgeeinrichtungen mit Grundsteuern zu belasten, insbesondere mit Liegenschaftssteuern, und zwar unabhängig davon, ob das Grundstück unmittelbar dem Vorsorgezweck oder einem öffentlichen Zweck dient. Ob die von der Beschwerdeführerin geltend gemachte öffentliche Zweckbestimmung der Liegenschaften für die Beurteilung der Steuerbefreiung überhaupt relevant ist, beurteilt sich somit danach, in welchem Verhältnis die beiden Steuerbefreiungsnormen stehen.
5.- a) Die vorliegend strittige Frage, ob die Beschwerdeführerin Steuerbefreiung für die Liegenschaftssteuer beanspruchen kann, hatte auch das Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg mit Urteil vom 8. April 2005 zu beurteilen. Dabei kam es zum Schluss, dass Art. 80 BVG gegenüber Art. 62d RVOG eine lex spezialis darstelle und ihm deshalb der Vorrang zukomme. Da der am 1. Dezember 2003 in Kraft getretene Art. 62d RVOG wortgleich die Bestimmung Art. 10 GarG ersetze, die im Jahre 1977 geändert worden sei, sei Art. 80 BVG gegenüber der allgemeinen Steuerbefreiungsbestimmung des RVOG auch eine lex posterioris, da Art. 62d RVOG inhaltlich somit rund fünf Jahre vor dem Erlass des BVG vom 25. Juni 1982 eingeführt worden sei. In Anwendung von Art. 80 BVG und der darauf gestützten Bestimmung des kantonalen Steuergesetzes erachtete das Gericht die Erhebung einer Liegenschaftsteuer für die der Beschwerdeführerin gehörenden Grundstücke durch zwei Gemeinden des Kantons Freiburg als rechtens (Erw. 4a des zitierten Urteils).
b) Das Bundesgericht hatte sich bisher noch nie zum Verhältnis zwischen Art. 62d RVOG bzw. Art. 10 GarG und Art. 80 BVG zu äussern. In Bezug auf die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) - wie die Publica eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes - hatte das Bundesgericht die Praxis zu Art. 10 GarG zur Auslegung der spezialgesetzlichen Steuerbefreiungsvorschrift von Art. 67 Abs. 1 UVG (in der bis 31.12.2002 gültigen Fassung) herangezogen, wobei es festhielt, dem Grundsatz nach besagten Art. 67 Abs. 1 UVG und Art. 10 GarG dasselbe (BGE 121 II 140 Erw. 2a). Mit Inkrafttreten des ATSG wurde Art. 67 Abs.1 UVG aufgehoben und durch Art. 80 ATSG abgelöst, der im Gegensatz zu Art. 10 GarG bzw. Art. 62d RVOG und Art. 67 Abs. 1 UVG eine Einschränkung der Steuerbefreiung auf direkte Steuern vorsieht. In einem neueren Entscheid wies das Bundesgericht eine Beschwerde der SUVA gegen die Veranlagung einer Handänderungssteuer in Anwendung von Art. 80 ATSG ab und erklärte, der Gesetzgeber habe die SUVA der neuen Regelung des ATSG unterstellen wollen. Art. 62d RVOG, der gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung den Bund und seine Anstalten auch von der Handänderungssteuer als indirekte Steuer befreit (vgl. Erw. 3c), kam nun nicht mehr zur Anwendung, obwohl sich die SUVA in Bezug auf die Auslegung von Art. 80 ATSG auch darauf berief (BG-Urteil 2P.2002/2004 vom 8.8.2005, Erw. 3.1; BGE 131 I 394). Dies erhellt, dass auch nach Ansicht des Bundesgerichts Art. 62d RVOG hinter eine die Steuerbefreiung einschränkende spezialrechtliche Bestimmung zurück tritt (vgl. BGE 121 II 140 Erw. 2a in Bezug auf Art. 67 UVG [in der bis 31.12.2002 gültigen Fassung]). Nach dem Gesagten beurteilt sich demnach die Steuerbefreiung der Publica - wie dies auch das Verwaltungsgericht Freiburg entschieden hat - nicht nach Art. 62d RVOG, sondern nach der spezialgesetzlichen Regelung von Art. 80 BVG.
6.- a) Dies bestreitet auch die Beschwerdeführerin nicht ausdrücklich. Das Urteil des Verwaltungsgerichts Freiburg ist denn auch in Rechtskraft erwachsen. Die Beschwerdeführerin macht jedoch geltend, das Luzerner Steuerbuch verweise zu § 243 StG im Zusammenhang mit der Steuerbefreiung des Bundes ausdrücklich auf Art. 62d RVOG. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts Freiburg beruhe auf einer anderen gesetzlichen Grundlage. Im Gegensatz zum Kanton Luzern habe der Kanton Freiburg in Art. 2 Abs. 4 des Gemeindesteuergesetzes die Kann-Vorschrift von Art. 80 Abs. 3 BVG umgesetzt und die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge explizit der Liegenschaftssteuer unterstellt. Art. 80 Abs. 3 BVG sei eine harmonisierungsrechtliche Kann-Vorschrift, die nicht unmittelbar anwendbar sei und stelle daher keine genügende gesetzliche Grundlage dar.
b) Der Beschwerdeführerin ist zuzustimmen, dass die Steuerbefreiungsvorschriften von Art. 80 bis Art. 84 BVG nur als mittelbar anwendbare Norm betrachtet werden und von den Kantonen im Steuergesetz umgesetzt werden müssen (BGE 116 Ia 268ff., insb. 271 Erw. 3e; Kuster, a.a.O., S. 178f.). Entgegen der Ansicht der Publica hat der Kanton Luzern jedoch die Steuerbefreiungsnorm von Art. 80 BVG im kantonalen Steuergesetz umgesetzt. Nach § 70 Abs. 1 lit. e StG (in Kraft seit 1.1.2001) sind Einrichtungen der beruflichen Vorsorge von Unternehmen mit Wohnsitz, Sitz oder Betriebsstätte in der Schweiz und von ihnen nahe stehenden Unternehmen, sofern die Mittel der Einrichtung dauernd und ausschliesslich der Personalvorsorge dienen, von der Steuerpflicht befreit. Diese Bestimmung stimmt inhaltlich mit § 12 Abs. 1 Ziff. 7 aStG (in der bis 31.12.2000 gültigen Fassung) überein. § 12 Abs. 1 Ziff. 7 aStG wurde im Rahmen der Anpassung des Steuergesetzes an die Vorschriften des BVG neu umschrieben (GR 1985, S. 753). In Bezug auf die Liegenschaftssteuer sieht § 242 StG die Steuerpflicht für alle natürlichen und juristischen Personen vor. § 243 StG normiert sodann in einem Katalog abschliessend diejenigen Grundstücke bzw. Steuersubjekte, die von der Liegenschaftssteuer befreit sind. Eine Steuerbefreiung für Liegenschaften der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge sieht § 243 StG nicht vor. Indem der Luzernische Gesetzgeber in Bezug auf die Liegenschaftssteuer anders als bei der Gewinn- und Kapitalsteuer (§ 70 Abs. 1 lit. e StG) eine Steuerbefreiung der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge gerade nicht vorgesehen bzw. im Rahmen der Anpassung des StG an das BVG nicht eingeführt hat, hat er von seinem Recht gemäss Art. 80 Abs. 3 BVG, von den grundsätzlich steuerbefreiten Vorsorgeeinrichtungen eine Grundsteuer zu erheben, Gebrauch gemacht. Nach dem Grundsatz der Allgemeinheit der Besteuerung ist grundsätzlich jeder steuerpflichtig. Die Steuerpflicht eines Rechtssubjekts kann durch eine Rechtsnorm im Einzelfall aufgehoben werden (Greter, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2.Aufl., Zürich 2002, N 1 zu Art. 23 StHG). Eine Steuerbefreiung bedarf also einer ausdrücklichen gesetzlichen Regelung. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz bedarf es somit keiner expliziten Unterstellung der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge unter die Liegenschaftssteuer im Sinne einer positiven Anordnung der Steuerpflicht. Dies ergibt sich für den Kanton Luzern direkt aus dem Wortlaut von § 242 Abs. 1 StG, wonach die Liegenschaftssteuer von allen natürlichen und juristischen Personen geschuldet ist. Selbst wenn die Kantone verpflichtet wären, die beruflichen Vorsorgeeinrichtungen ausdrücklich mit einer positiven Anordnung - als Ausnahme von der Steuerbefreiung, wie dies der Kanton Freiburg vorgesehen hat - der Grundsteuer zu unterstellen, wenn sie von ihrem Recht gemäss Art. 80 Abs. 3 BVG Gebrauch machen wollen, würde es an einer gesetzlichen Grundlage für die Befreiung von der Liegenschaftssteuer fehlen. Denn nicht nur die Ausnahme von der Steuerbefreiung (Abs. 3), sondern auch die grundsätzliche Steuerbefreiung (Abs. 1) lässt sich aus Art. 80 BVG nicht direkt ableiten, da diese Bestimmung, wie dargetan, gerade nicht unmittelbar anwendbar ist. § 70 Abs. 1 lit. e StG setzt die Steuerbefreiung der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge im kantonalen Steuergesetz um, jedoch lediglich für die Kapital- und Gewinnsteuer unter dem Titel "A. Staatssteuern". Eine Steuerbefreiung der Beschwerdeführerin von der unter Titel "C. Gemeindesteuern" geregelten Liegenschaftssteuer lässt sich somit weder direkt aus Art. 80 Abs. 3 BVG noch aus § 70 Abs. 1 lit. e bzw. § 243 StG herleiten.
Schliesslich kann die Beschwerdeführerin auch aus den beiden Einspracheentscheiden der Gemeinden Y und Z in Bezug auf die von der Gemeinde X erhobenen Liegenschaftssteuer nichts zu ihren Gunsten ableiten, denn - wie dargetan - steht es jedem Kanton gemäss Art. 80 Abs. 3 BVG frei, ob er von den Vorsorgeeinrichtungen eine Liegenschaftssteuer erheben will oder nicht. Ob die Kantone Bern und Graubünden eine Steuerbefreiung der Vorsorgeeinrichtungen auch von der Liegenschaftssteuer vorsehen, ist vorliegend somit nicht von Bedeutung.
7.- (...)
8.- Zusammenfassend lassen sowohl Art. 80 Abs. 3 BVG als auch Art. 62d RVOG i.V.m. §§ 242 und 243 lit. a StG eine Besteuerung der Liegenschaften der Beschwerdeführerin zu, weshalb sich die Beschwerde als unbegründet erweist.