Die Unterhaltsgenossenschaft (UHG) A wurde von der Steuerverwaltung als steuerpflichtig erklärt und rückwirkend für die Jahre 2001, 2002 und 2003 mit einer Gewinn- und Kapitalsteuer (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. einer Gewinnsteuer (direkte Bundessteuer) veranlagt. Vor Verwaltungsgericht war in der Folge hauptsächlich strittig, ob die Unterhaltsgenossenschaft steuerpflichtig ist bzw. den Steuerbefreiungstatbestand der öffentlichen Zweckverfolgung erfüllt. Zudem verlangte die Beschwerdeführerin, falls sie als steuerpflichtig erachtet würde, sei ihr eine nachträgliche Bilanzänderung zu gestatten.
Aus den Erwägungen:
2.- Im Weiteren verlangt die Beschwerdeführerin die Aufhebung der Einspracheentscheide, da sie nicht steuerpflichtig sei.
Der Kanton erhebt als Staatssteuern eine Gewinn- und eine Kapitalsteuer von den juristischen Personen (vgl. § 1 lit. b StG). Als juristische Personen werden gemäss § 63 Abs. 1 lit. a StG die Genossenschaften besteuert. Aus den Statuten für die UHG A vom 1. September 1998 ist ersichtlich, dass diese eine Genossenschaft des öffentlichen Rechts nach Art. 17 ff. des Einführungsgesetzes zum Schweizerischen Zivilgesetzbuch (EGZGB) darstellt. Gemäss § 2 der Statuten bezweckt die Genossenschaft den Bau und Erhalt der Güterstrassen (vgl. §§ 54 Abs. 1 und 80 Abs. 1 lit. a des Strassengesetzes; StrG) und erfüllt im Auftrag der Einwohnergemeinde Neudorf die Wuhrpflicht der fliessenden Gewässer im Einzugsgebiet. Die Statuten wurden denn auch vom Regierungsrat des Kantons Luzern am 22. September 1998 genehmigt, wodurch die UHG A Rechtspersönlichkeit erlangte (vgl. § 17 Abs. 2 EGZGB). Als juristische Person ist die Beschwerdeführerin demnach grundsätzlich gewinn- und kapitalsteuerpflichtig.
3.- a) Somit kann die Beschwerdeführerin nur dann von der Steuerpflicht ausgenommen werden, wenn ein Steuerbefreiungstatbestand gemäss § 70 Abs. 1 lit. h StG vorliegt. Danach sind juristische Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke verfolgen, für den Gewinn und das Kapital, die ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet sind, von der Steuer befreit, wobei unternehmerische Zwecke grundsätzlich nicht als gemeinnützig gelten.
Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, mit ihrer Tätigkeit gemeinnützige Zwecke zu verfolgen. Sie macht indessen geltend, sie erfülle auf der Grundlage der kantonalen Strassengesetzgebung durchaus öffentliche Zwecke. Die Grundsätze des § 2 StrG gingen von öffentlichen Interessen aus. Gemäss § 3 Abs. 2 StrG könnten Güterstrassen öffentlich oder privat sein. Die Güterstrassen der UHG A seien mehrheitlich öffentlich und dienten damit öffentlichen Zwecken. Im Weiteren seien die Statuten durch das Departement vorgeprüft und durch den Regierungsrat genehmigt worden. Schliesslich werde sie durch den Gemeinderat kontrolliert, indem der Gemeindeammann von Amtes wegen im Vorstand Mitglied sei.
b) Das Bundesgericht hat in seiner Rechtsprechung zum Steuerbefreitungstatbestand von Art. 56 lit. g DBG, welcher mit dem hier massgebenden § 70 Abs. 1 lit. h StG identisch ist, zur Definition des öffentlichen Zwecks folgendes ausgeführt: Da darin die "öffentlichen Zwecke" neben der Gemeinnützigkeit aufgeführt sind, kann es sich bei ihnen nur um eine begrenzte - und somit restriktiv zu fassende - Kategorie von Aufgaben handeln, die eng an die Staatsaufgaben anzulehnen sind. Derartige Aufgaben können neben dem Gemeinwesen gelegentlich auch privatrechtlichen oder gemischtwirtschaftlichen juristischen Personen übertragen werden. Juristische Personen, die in erster Linie Erwerbs- oder Selbsthilfezwecke verfolgen, haben grundsätzlich keinen Anspruch auf Steuerbefreiung wegen Verfolgung öffentlicher Zwecke, auch wenn sie zugleich öffentlichen Zwecken dienen. Vorbehalten bleibt eine (gegebenenfalls teilweise) Steuerbefreiung, wenn eine solche juristische Person durch öffentlichrechtlichen Akt (z.B. Gesetz) mit der Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe betraut wurde, eine gewisse Aufsicht des Gemeinwesens vorgesehen ist und darüber hinaus die ausschliessliche und unwiderrufliche (dauernde) Widmung des Eigenkapitals für den öffentlichen Zweck in den Statuten stipuliert wird. Hinzukommen muss aber die konkrete, überprüfbare, tatsächliche Verwirklichung der vorgegebenen Zwecksetzung; die bloss statutarische Proklamation einer steuerbefreiten Tätigkeit genügt nicht (BG-Urteil 2A.254/2000 vom 2.4.2001 Erw. 2c mit Hinweisen, vgl. auch BGE 131 II 6 f. Erw. 3.3 auch zum Folgenden).
Der Begriff des öffentlichen Zwecks ist mit Rücksicht auf den verfassungsrechtlichen Grundsatz der Allgemeinheit der Steuer restriktiv auszulegen. Demnach setzt die Verfolgung von öffentlichen Zwecken voraus, dass sich die Institution im Bereich der übergeordneten Interessen des öffentlichen Gemeinwesens betätigt. Gegenstand der Tätigkeit können grundsätzlich die gleichen Aufgaben sein, die in der Regel auch vom Gemeinwesen zu bewältigen sind. Die Steuerbefreiung ist gerechtfertigt für Träger von Aufgaben von der Art, wie sie das Gemeinwesen selber oder von ihm unmittelbar beauftragte Rechtsträger ausüben, also Tätigkeiten, welche die ausführenden juristischen Personen sachlich als Organe des Gemeinwesens erscheinen lassen (LGVE 2004 II Nr. 22, Erw. 3c).
c) Gemäss § 2 der Statuten bezweckt die UHG A hauptsächlich den Bau und Erhalt der Güterstrassen gemäss Verzeichnis. Güterstrassen sind gemäss dem kantonalen Strassengesetz Strassen und Bewirtschaftungswege, die landwirtschaftliche Liegenschaften, offenes Land, Wälder und Alpen erschliessen und vorwiegend der Land- und Waldwirtschaft dienen (§ 8 Abs. 1 StrG). Die Güterstrassen werden von der Strassengenossenschaft erstellt und stehen grundsätzlich in ihrem Eigentum (§ 54 Abs. 1 StrG). Eine Strassengenossenschaft besteht aus den interessierten Grundeigentümern; diese können zur Gründung bzw. zum Beitritt einer bestehenden Genossenschaft verpflichtet werden (vgl. § 56 Abs. 1 StrG). Die Strassengenossenschaft trägt die Kosten für den Bau (§ 57 Abs. 1 StrG) sowie für den Unterhalt (§ 80 Abs. 1 lit. c StrG) der Güterstrassen, wobei die Gemeinde Beiträge an die Bau- und Unterhaltskosten leistet (§ 57 Abs. 2 bzw. § 82 Abs. 4 StrG). Massgebend, ob eine Strasse als Güterstrasse zu qualifizieren ist, ist die tatsächliche Funktion der Strasse. Dient sie vorwiegend der Land- oder Forstwirtschaft, handelt es sich um eine Güterstrasse, auch wenn sie ganz oder teilweise in der Bauzone liegt (Botschaft des Regierungsrats zum Strassengesetz vom 12.4.1994, GR 2/1994 S. 587). Aus dieser gesetzlichen Regelung ergibt sich, dass Güterstrassen in erster Linie einem privaten Zwecke dienen, nämlich der Erschliessung und Bewirtschaftung privater land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke. Um diesen Zweck zu erreichen, sind Strassengenossenschaften zu bilden, die denn auch in ihren Baubeschlüssen (vgl. § 55 StrG) und in ihrer Organisation, insbesondere auch der internen Kostentragung, grundsätzlich frei sind. Insofern haben solche Strassengenossenschaften v.a. einen Selbsthilfezweck inne, nämlich den, gemeinsam die notwendige Erschliessung der land- und forstwirtschaftlichen Liegenschaften sicherzustellen und diese zu unterhalten. Da es sich hierbei um die direkt interessierten Grundeigentümer handelt, kann beim Bau und Unterhalt dieser Strassen nicht von einer von der Gemeinde der Strassengenossenschaft übertragenen öffentlichen Aufgabe gesprochen werden, welche diese im Sinne eines Gemeindeorgans erfüllt. Die Verfolgung eines überwiegend öffentlichen Zweckes im Sinne von § 70 Abs. 1 lit. h StG liegt damit nicht vor. Daran ändert auch nichts, dass die Beschwerdeführerin vorbringt, die Strassen der UHG A seien mehrheitlich öffentlich. Gemäss § 3 Abs. 1 und 3 StrG können Güterstrassen öffentlich, d.h. dem Gemeingebrauch gewidmet, oder privat sein. Der Gemeingebrauch bedeutet jedoch grundsätzlich nur eine Benutzung der Strasse im Rahmen ihrer Zweckbestimmung, ihres Ausbaus und der örtlichen Verhältnisse; diese kann jedoch von jedermann unentgeltlich und ohne besondere Bewilligung erfolgen (vgl. § 21 Abs. 1 StrG). Öffentliche Güterstrassen dürfen somit von der Allgemeinheit benutzt werden (z.B. Wander- und Fahrradwege, Zufahrt zu Alpwirtschaften etc.), soweit dies nicht die Bewirtschaftung von Feld und Wald beeinträchtigt. Dass an öffentlichen Güterstrassen damit ein gewisses Interesse der Allgemeinheit besteht, genügt jedoch nicht, um eine öffentliche Zweckbestimmung der Strassengenossenschaft anzunehmen, da das private Interesse bzw. der Selbsthilfezweck der Grundeigentümer und Genossenschafter als überwiegend zu werten ist.
Schliesslich lässt sich auch aus der Wuhrpflicht keine - auch keine teilweise - Steuerbefreiung ableiten. Fraglich bleiben kann, ob die Übernahme dieser Pflicht allenfalls eine öffentliche Aufgabe darstellt, bestimmt doch § 27 Abs. 1 des Wasserbaugesetzes, dass der Unterhalt der öffentlichen Gewässer Sache der Gemeinden ist, soweit er nicht andern Organisationen wie Wuhrgenossenschaften und Korporationen, Inhabern von Wassernutzungsrechten oder privatrechtlich Pflichtigen obliegt. Entscheidend ist, dass die übernommene Wuhrpflicht gemäss den aufgelegten Jahresrechnungen keine finanziellen Auswirkungen in Bezug auf die Rechnungslegung der UHG A zeitigt, weshalb sie in Bezug auf die steuerliche Behandlung der Beschwerdeführerin nicht massgebend ist. Damit liegt kein Steuerbefreiungstatbestand vor.
4.- Eventualiter verlangt die Beschwerdeführerin, es sei ihr zu gestatten, aufgrund des ihr am 21. Juli 2005 zugestellten Merkblattes der Kantonalen Steuerverwaltung betreffend die Besteuerung von Strassengenossenschaften ihre Jahresrechnungen 2001, 2002 und 2003 neu auszugestalten und gestützt auf diese dann die entsprechenden Steuerveranlagungen vorzunehmen.
In diesem Merkblatt werden die Steuerpflicht, Steuerberechnung und ihre gesetzlichen Grundlagen in Bezug auf die Strassengenossenschaften erläutert. Besonders wird auf die steuerrechtliche Behandlung von Rückstellungen für Unterhalt und Erneuerung, welche die Strassengenossenschaften in der Praxis regelmässig bilden, hingewiesen. Es wird ausgeführt, dass diese Rückstellungen für zukünftige Unterhaltsarbeiten steuerrechtlich grundsätzlich nicht zulässig seien und gemäss § 77 Abs. 4 StG dem steuerbaren Geschäftsertrag zugerechnet werden müssten. Die Steuerverwaltung qualifiziere jedoch aufgrund der besonderen Zweckerfüllung von Strassengenossenschaften die Bildung solcher Unterhaltsrückstellungen, Erneuerungsfonds und Rücklasten zulasten der Erfolgsrechnung unter bestimmten Voraussetzungen als geschäftsmässig begründet und sehe daher von einer Aufrechnung ab.
Was die Beschwerdeführerin an ihren Jahresrechnungen gestützt auf dieses Merkblatt ändern will, macht sie nicht substantiiert geltend. Mit der Vorinstanz ist zu vermuten, dass sie gemäss den Ausführungen im Merkblatt nachträglich in ihren Jahresrechnungen bisher nicht vorgenommene Rückstellungen ausweisen will, um damit den Geschäftsertrag und somit den Steuerbetrag zu mindern. Diesem Ansinnen kann nicht stattgegeben werden. Die Beschwerdeführerin hat bereits gemäss § 18 ihrer Statuten die Möglichkeit, Reserven zu bilden zur Finanzierung grösserer Unterhalts- und Erneuerungsarbeiten. Der Eventualantrag der Beschwerdeführerin stellt einen Antrag auf eine Bilanzänderung dar. Eine Bilanz hat jedoch von einem gewissen Zeitpunkt an als endgültig zu gelten, womit nachträgliche Änderungen nicht mehr vorgenommen werden können. Davon ist auszugehen bei einer von der Kontrollstelle geprüften und von der Generalversammlung genehmigten Jahresrechnung. Eine Bilanzänderung ist zudem immer unzulässig, wenn sie lediglich aus Gründen der Steuerersparnis vorgenommen wird (vgl. BG-Urteil 2A.275/1998 vom 6.3.2000 Erw. 3a mit zahlreichen Hinweisen).