Aus den Erwägungen:
4.- c) Der Beschwerdeführer bestreitet die verjährungsunterbrechende Wirkung der Ausweiseinforderung in objektiver Sicht nicht. Er ist jedoch der Auffassung, diese Verfügung sei von der falschen Behörde erlassen worden. Die Erhebung der Staats- und Gemeindesteuern und die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer seien in zwei verschiedenen kantonalen Erlassen geregelt. Bei der Grundstückgewinnsteuer handle es sich zudem um eine reine Objektsteuer, weshalb Amtshandlungen im Bereich der ordentlichen Einkommenssteuer nicht mit Rechtswirkung auf die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer übertragen werden dürften. Konsequent seien denn auch zwei verschiedene Behörden für die separaten Veranlagungsverfahren zuständig.
Richtig ist, dass für die Ermittlung der Einkommenssteuer einerseits und für die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer andererseits zwei separate Behörden zuständig sind. Ferner trifft zu, dass die gesetzlichen Voraussetzungen und die Verfahren für diese beiden Steuerarten verschieden sind. Daraus kann jedoch der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten. Wie im Einspracheentscheid ausgeführt, wird der Begriff einer Einforderungshandlung - als besondere Form der verjährungsunterbrechenden Handlung - von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung weit gefasst. Im erwähnten Urteil 126 II 1 ff. entschied das Bundesgericht, dass darunter selbst amtliche Mitteilungen fallen können, die lediglich eine spätere Veranlagung in Aussicht stellen und deren Zweck sich in der Unterbrechung des Verjährungsablaufs erschöpft. Es können somit auch Mitteilungen als verjährungsunterbrechend betrachtet werden, die zwar das Veranlagungsverfahren nicht konkret weiterführen, aber dem Bürger den Willen kundtun, weiterhin auf die Geltendmachung der Steuerforderung hinzuarbeiten (BGE 126 II 4 f. Erw. 2 f.). Aus diesem Urteil kann entnommen werden, dass eine Unterbrechungshandlung dann gegeben ist, wenn der Steuergläubiger für den betroffenen Steuerpflichtigen erkennbar die Steuerpflicht in allgemeiner Weise abklärt, wobei die amtlichen Mitteilungen selbst bloss vorbereitenden Charakter haben können. Dies muss auch im Verhältnis zwischen zwei verschiedenen Behörden gelten, die grundsätzlich beide für die steuerrechtliche Erfassung eines bestimmten Rechtsgeschäfts oder wirtschaftlichen Vorgangs in Frage kommen. So hat das Berner Verwaltungsgericht in einer ähnlichen Konstellation wie der vorliegenden entschieden, dass das Veranlagungsverfahren für den Vermögensgewinn einerseits und dasjenige für das ordentliche Einkommen andererseits unter bestimmten Voraussetzungen in einem engen und unmittelbaren Zusammenhang stehen können. Einforderungshandlungen im einen Verfahren seien daher auch als Handlungen im anderen Verfahren zu werten, soweit sie den Grundstückgewinn zum Gegenstand haben. Wird die Veranlagung von den Behörden zunächst in einem Verfahren verfolgt, das sich später als unzutreffend herausstellt, so richten sich die früheren Amtshandlungen im unzutreffenden Verfahren dennoch auf die Verfolgung des Steueranspruchs und unterbrechen dessen Verjährung (BVR 2002 S. 257 ff., insb. Erw. 3b S. 261 mit Hinweis auf BVR 1995 S. 26 Erw. 4). Diese Betrachtungsweise liegt in Einklang mit dem allgemeinen Grundsatz im Steuerrecht, wonach es ausreichend ist, wenn der steuerpflichtigen Person mitgeteilt wird, dass ein bestimmter Tatbestand der Abgabe unterliegt, ohne dass der Tatbestand bereits detailliert abgeklärt oder die Steuerforderung gar betragsmässig festgesetzt ist (vgl. Langenegger, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, S. 199; ASA 57,296).
Der zusammengefasste Sachverhalt und die wesentlichen Erwägungen sind unter der Fallnummer A 04 36 zu finden.