Aus den Erwägungen:
2.- Bei der unselbständigen Erwerbstätigkeit werden die notwendigen Kosten für Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte als Berufskosten abgezogen (§ 33 Abs. 1 lit. a StG). Für den Abzug der Berufskosten gelten die Bestimmungen der Verordnung über den Abzug der Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer sinngemäss (§ 11 Abs. 1 StV). Bei dieser in § 11 Abs. 1 StV genannten Verordnung handelt es sich um jene des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 10. Februar 1993 (SR 642.118.1). Im Anhang dieser Berufskostenverordnung (BKV) sind auch die Pauschalansätze der direkten Bundessteuer festgelegt, die kraft § 11 Abs. 2 StV auch bei der Veranlagung der kantonalen Steuern berücksichtigt werden.
(...)
4.- b) Berufskosten sind Aufwendungen, die für die Erzielung des Einkommens erforderlich sind und in einem direkten ursächlichen Zusammenhang dazu stehen (Art. 1 Abs. 1 BKV). Sie entsprechen grundsätzlich den Gewinnungskosten im Sinne der Rechtsprechung zum Bundesratsbeschluss vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt, in Kraft bis Ende 1994). Als erforderliche Gewinnungskosten gelten diejenigen Auslagen, deren Vermeidung dem Steuerpflichtigen nicht zumutbar sind, bzw. diejenigen Kosten, die wesentlich durch die Erzielung von Einkommen verursacht oder veranlasst sind (Urteil des Bundesgerichts vom 12. Mai 2003 mit Hinweisen auf die Rechtsprechung, in: StE 2003 B 22.3 Nr. 76). Im vorliegenden Fall ist unbestreitbar, dass die Fahrkosten im Zusammenhang mit der Berufstätigkeit des Beschwerdeführers stehen und als solche grundsätzlich abzugs-berechtigt sind. Bei Benützung privater Fahrzeuge gelten freilich nur jene Auslagen als notwendige Fahrkosten und sind abziehbar, die bei Benützung der öffentlichen Verkehrsmittel anfallen würden (LU StB, Weisungen StG, § 33 Nr. 1 Ziff. 1; Art. 5 Abs. 2 BKV). Wer sich aus persönlichen Gründen mit einem privaten Verkehrsmittel an den Arbeitsplatz begibt, hat grundsätzlich nur Anspruch auf Abzug der Kosten, die bei Benützung des öffentlichen Verkehrsmittels erwachsen. Mit der gesetzlichen Regelung und der Rechtspraxis wird eine gewisse Lenkungswirkung beabsichtigt, indem nicht die persönlichen Vorlieben, sondern die in der Regel als zumutbar angesehene Benützung der öffentlichen Verkehrsmittel berücksichtigt werden soll (Knüsel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd I/2a, N 18 zu Art. 26 DBG).
c) Dass der Beschwerdeführer täglich ein Verkehrsmittel benützen muss, um von seinem Wohnort in Z zur Arbeitsstätte in Zollikofen zu gelangen, ist offenkundig. Die beiden Orte sind an das öffentliche Verkehrsnetz angebunden. (...) Da der Beschwerdeführer weder aus gesundheitlichen Gründen noch für seine effektive Berufsausübung auf ein Motorfahrzeug angewiesen ist, kann er die Kosten für die Benützung des eigenen Fahrzeuges nur dann abziehen, wenn ihm die Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel unzumutbar ist. Dabei gilt die blosse Möglichkeit, durch Benützung eines Privatfahrzeuges Zeit einzusparen, nicht als hinreichende Rechtfertigung, um die damit verbundenen Kosten abzuziehen. Nur eine markante Reduktion der täglichen Reisezeit dank dem privaten Verkehrsmittel darf berücksichtigt werden (Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, N 13 zu Art. 26 mit Hinweisen). Die Zumutbarkeitsregel wird in der Praxis der Luzerner Steuerbehörden dahingehend ausgelegt, dass der Zeitaufwand bei Benützung der öffentlichen Verkehrsmittel bis zu einer Stunde grösser sein darf als im Vergleich zur Reise mit dem Auto, wobei der Zeitaufwand für beide Wege (Hin- und Rückfahrt) insgesamt gemessen wird (LU StB, Weisungen StG, § 33 Nr. 1 Ziff. 3.1).
d) (...)
e) (...)
5.- a) Der Beschwerdeführer behauptet, er habe wegen der Verschlechterung der Fahrpläne auf die Benutzung des Autos umgestellt und fahre seit dem Jahre 2001 mit dem Personenwagen nach Zollikofen. Indem er mit dem eigenen Fahrzeug den Arbeitsweg zurücklege, könne er seine Arbeitsleistung steigern und es stünde ihm mehr Ruhezeit zur Verfügung. In der Replik verwies der Beschwerdeführer auf seine flexiblen Arbeitszeiten, die es ihm ermöglichten, dem "Strassenverkehrsstress mehrheitlich auszuweichen".
b) Dass der Beschwerdeführer wegen der flexiblen Arbeitszeitgestaltung in der Lage ist, durch bewusste Wahl der Reisezeiten den Verkehrsstress zu umgehen, mag zutreffen und wird von den Steuerbehörden auch nicht bestritten. Wie bereits erwähnt, kann es jedoch auf diesen Sachverhalt nicht ankommen. Bei der Entscheidung darüber, ob die Benützung des öffentlichen Verkehrsmittels wegen einer markanten Zeitersparnis unzumutbar ist, muss nämlich der Vergleich anhand der üblichen und durchschnittlichen Reisezeiten getroffen werden. Nur so kann eine objektive Differenz zwischen den Reisezeiten ermittelt werden. In der Praxis ist es im Hinblick auf eine einfache Behandlung der Fälle vernünftig, auf ein messbares Kriterium abzustellen. Das heisst aber nicht, dass im Einzelfall die konkreten Umständen zu einer anderen Beurteilung führen können. In diesem Zusammenhang ist zu bemerken, dass weder das kantonale Recht noch das Bundesrecht eine bestimmte Zeitersparnis unter dem Gesichtspunkt der Zumutbarkeit regeln. Art. 5 Abs. 3 BKV legt nur allgemein fest, dass die Kosten des privaten Fahrzeuges abgezogen werden können, wenn entweder kein öffentliches Verkehrsmittel zur Verfügung steht oder dessen Benützung objektiv nicht zumutbar ist. Auch das unter dem früheren Recht (Art. 22bis Abs. 1 BdBSt) ergangene Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 21. Juli 1992 über Berufsauslagen bei unselbständiger Erwerbstätigkeit (ASA 61,139 ff.) enthält keine zeitlichen Vorgaben. Die Zumutbarkeit der Benützung des öffentlichen Verkehrsmittels wird verneint bei Gebrechlichkeit, beachtenswerter Entfernung von der nächsten Haltestelle und ungünstigem Fahrplan (ASA 61,141).
c) Gemäss Art. 33 Abs. 1 lit. a StG sind die notwendigen Kosten für die Fahrten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte abziehbar. Als notwendige Fahrkosten gelten nach Art. 5 Abs. 1 BKV i.V.m. Art. 11 Abs. 1 StV die tatsächlich entstehenden Kosten für die Benutzung der öffentlichen Verkehrsmittel. Dieser Grundsatz gilt auch dann, wenn der Pflichtige das private Fahrzeug benützt (Art. 5 Abs. 2 BKV). Der Begriff der "notwendigen Fahrkosten" ist im Hinblick auf den Zweck der gesetzlichen Regelung auszulegen. Nach dem Sinn der Bestimmungen über die Berufskosten ergibt sich eine Begrenzung auf das sachlich Erforderliche. Räumt nämlich der Gesetzgeber in Bezug auf die steuerliche Behandlung von Berufskosten dem öffentlichen Verkehr den Vorrang ein, so sind, wenn vom Grundsatz abgewichen werden und der Ausnahmefall der Berücksichtigung der Kosten des Privatfahrzeuges greifen soll, auch nur die effektiv erforderlichen Kosten abziehbar. Weil aber die Kosten für die Benützung des Privatautos über pauschale Ansätze pro Fahrkilometer abgerechnet werden, ist für die Frage der objektiven Zumutbarkeit (vgl. Art. 5 Abs. 3 BKV) grundsätzlich auf die kürzeste Wegstrecke abzustellen. Das Bundesgericht hat denn auch als Grundsatz festgehalten, dass die Möglichkeit, durch Benützung eines Privatfahrzeuges Zeit einzusparen, für sich allein nicht zur Abzugsfähigkeit der damit verbundenen Mehrkosten führe (BGE vom 25.4.1995, in: NStP 49 S. 81). Zwar waren in jenem Fall die Verhältnisse in der Stadt Bern massgebend; Wohn- und Arbeitsgebiet befanden sich auf Stadtgebiet. Doch muss der Grundsatz auch gelten, wenn es um die Beurteilung eines sehr langen Arbeitsweges geht. Auch das Steuerrekursgericht Aargau stellte in einem Urteil vom 3. September 1986 fest, dass der Steuerpflichtige in der Regel nur Anspruch auf den Abzug der Kosten des kürzesten Arbeitsweges habe (StE 1987 B 22.3 Nr. 14).
Im vorliegenden Fall ist nach dem Gesagten auf die kürzeste Route abzustellen. Wie bereits erwähnt, ergibt sich bei der Benützung dieser Strecke eine Zeitdifferenz von täglich 45 Minuten. Damit wird die in den Weisungen geforderte Zeitersparnis von einer Stunde nicht erreicht. Von der Berücksichtigung der kürzesten Strecke könnte nur dann abgewichen werden, wenn die tägliche Fahrt auf dieser Strecke wegen der Strassenanlage, allfälliger Gefahrenquellen oder erheblicher Verkehrshindernisse gegenüber dem Pflichtigen als unverhältnismässig betrachtet werden müsste. So kann es bei Vorliegen besonderer Umstände sachgerecht sein, nicht die kürzeste Wegstrecke zu berücksichtigen, sondern einer schnelleren Verbindung (Umfahrung) und der dadurch möglichen Zeitersparnis Rechnung zu tragen (AGVE 1996 S. 407). Im vorliegenden Fall liegen jedoch keine solchen besonderen Umstände vor. Dass die Strecke zwischen Z und Zollikofen über das Luzerner Hinterland, via Huttwil und Burgdorf mit einem Personenwagen problemlos befahren werden kann, steht ausser Frage und wird auch nicht bestritten. In Würdigung der objektiven Umstände kann somit von einer für den Beschwerdeführer unzumutbaren Situation nicht gesprochen werden. Der Beschwerdeführer mag bei Benützung eines Privatautos mehr Zeit für sich und seine Familie haben und seine Lebensqualität, wie er geltend macht, verbessern können, doch kann daraus die berufliche Notwendigkeit der Mehrkosten für das private Verkehrsmittel nicht abgeleitet werden.