Aus den Erwägungen:
1.- Mit der Totalrevision des Steuergesetzes vom 22. November 1999 sind mehrere Bestimmungen des Gesetzes über die Handänderungssteuer angepasst worden, unter anderem auch die Bestimmungen über die Verwirkung bzw. die Veranlagungsverjährung. Es stellt sich somit vorab die Frage des anwendbaren Rechts. Gemäss der Übergangsbestimmung § 29a HStG werden die vor dem Inkrafttreten des Gesetzes erfolgten Handänderungen ohne Rücksicht auf den Zeitpunkt der Steuerfestsetzung nach dem bisherigen Recht besteuert. Stichtag ist der Tag der Anmeldung beim Grundbuch oder der Tag des jeweiligen Vertragsabschlusses, sofern kein Grundbucheintrag erfolgt. Für das Verfahren gelten die neuen Bestimmungen (Abs. 1). Nachsteuern werden für Handänderungen, welche vor dem 1. Januar 2001 erfolgen, nach altem Recht festgesetzt. Für das Verfahren gilt neues Recht, ebenso für die Verjährung, wenn sie am 1. Januar 2001 nach altem Recht noch nicht eingetreten ist (Abs. 2). Bussen nach § 14 werden für Handänderungen, die vor dem 1. Januar 2001 erfolgen, nach altem Recht ausgesprochen, sofern das neue Recht für die betroffene Person nicht milder ist. Für das Verfahren gilt neues Recht, ebenso für die Verjährung, wenn sie am 1. Januar 2001 noch nicht eingetreten ist. (...)
2.- (...) Streitig ist, ob das Recht zur Veranlagung einer Handänderungssteuer für den steuerbegründenden Verzicht auf das Kaufrecht zum Zeitpunkt des Erlasses der Veranlagungsverfügung vom 22. Mai 2002 bereits verwirkt war. Nach § 13 HStG in der bis 31. Dezember 2000 gültig gewesenen Fassung erlischt das Recht auf Steuerfestsetzung, wenn die Veranlagung ein Jahr nach Kenntnis der Handänderung, in jedem Fall aber fünf Jahre nach der Handänderung, nicht eingeleitet ist. Zu entscheiden ist demnach vorab, wann die Veranlagungsbehörde von der Handänderung Kenntnis erhielt.
3.- bis 5.- [Es folgen Ausführungen zum Zeitpunkt der ausreichenden Kenntnis der Handänderung. Das Gericht stellt fest, dass der Gemeinderat am 9. Oktober 2000 Kenntnis vom steuerbegründenden Verzicht auf das Kaufrecht hatte und somit zum Zeitpunkt, als die Änderung des Handänderungssteuergesetzes in Kraft trat, die altrechtliche einjährige Verwirkungsfrist von § 13 HStG noch nicht abgelaufen war.]
6.- Mit der Totalrevision des Steuergesetzes wurden die Verjährungsbestimmungen des HStG grundlegend verändert, insbesondere verlängert. Die Übergangsbestimmung § 29a HStG zur Änderung vom 22. November 1999 statuiert für die Nachsteuer den Grundsatz, dass für die Verjährung neues Recht gilt, wenn sie am 1. Januar 2001 nach altem Recht noch nicht eingetreten ist (Abs. 2). Der gleiche Grundsatz gilt auch für die Bussen (früher: Strafsteuer) nach § 14 HStG (Abs. 3). Grundsätzlich gilt nach Art. 2 Abs. 2 i.V.m. Art. 337 des StGB zwar für die Verjährungsfrage der Grundsatz des Vorrangs des milderen Rechts. Dieser Grundsatz, der auch im Steuerstrafrecht Anwendung findet, wurde mit der Übergangsregelung bezüglich der Verjährung jedoch ausdrücklich ausgeschlossen. Dies ist zulässig und verstösst im Bereich der Verjährung auch nicht gegen das Rückwirkungsverbot (BG-Urteil 2A.293/2001 vom 21.5.2002 Erw. 4c/aa; ASA 68,420 Erw. 1c). Der Ausschluss des Vorrangs des milderen Rechts hat zur Folge, dass selbst bei Steuerhinterziehungen, die vor dem 1. Januar 2001 begangen wurden, für die Bussen die neuen längeren Verjährungsbestimmungen gelten.
Vorliegend handelt es sich nun aber nicht um die Festsetzung einer Busse oder die nachträgliche Abänderung der Veranlagung im Rahmen eines Nachsteuerverfahrens, sondern um die erstmalige Festsetzung einer Handänderungssteuer. In Bezug auf die ordentliche Veranlagung enthält § 29a Abs. 1 HStG - im Gegensatz zur Nachsteuer und Busse - keine übergangsrechtliche Regelung der Verjährung. Nach dem allgemeinen Grundsatz wird festgehalten, dass die vor Inkrafttreten der Änderung eingetretenen Handänderungen nach altem Recht besteuert werden, wobei für das Verfahren die neuen Bestimmungen gelten. Da eine übergangsrechtliche Regelung für die Verjährung fehlt, muss durch Auslegung ermittelt werden, ob die alten oder neuen Bestimmungen für die Verjährung gelten. Dies umso mehr, als mit der Gesetzesrevision die Verjährungsbestimmungen grundlegend geändert wurden.
7.- a) Das Institut der Verjährung gilt als allgemeiner Rechtsgrundsatz des schweizerischen Verwaltungsrechts, weshalb öffentlichrechtliche Ansprüche selbst bei Fehlen einer ausdrücklichen Gesetzesvorschrift der Verjährung oder Verwirkung unterliegen (BGE 125 V 399 Erw. 5a). Sofern der massgebliche Erlass keine Vorschriften enthält, die Beginn und Dauer der Verjährungsfrist regeln, sind die gesetzlichen Fristenregelungen anderer Erlasse für verwandte Ansprüche heranzuziehen. Kennt das fragliche Gesetz eine Verjährungsordnung, ist zu prüfen, ob diese allenfalls lückenhaft und durch eine richterliche Verjährungsfrist zu ergänzen ist. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind die Bestimmungen der Anspruchs- bzw. Bezugsverjährung materieller Natur (BGE 126 II 3 Erw. 2a). Mangels entsprechender Regelung über die Verjährung sind die allgemeinen (zivilrechtlichen) Grundsätze über die Verjährung heranzuziehen (BG-Urteil 2P.299/2002 vom 3.11.2003 Erw. 2.2).
Vorliegend geht es zwar nicht um eine fehlende Verjährungsvorschrift - entsprechende Verjährungsbestimmungen bestanden bereits vor der Gesetzesrevision -, sondern um eine fehlende Übergangsregelung in Bezug auf die Verjährung für die erstmalige Festsetzung der Steuer. Gemäss der dargelegten Rechtsprechung ist bei Fehlen einer Verjährungsvorschrift grundsätzlich auf ähnliche Regelungen im betreffenden Erlass oder auf verwandte Erlasse und bei deren Fehlen auf zivilrechtliche Grundsätze abzustellen. Diese allgemeinen Grundsätze können auch bei der Auslegung der Übergangsregelung herangezogen werden.
b) Mit der Totalrevision des Steuergesetzes vom 19. November 1999 wurden auch die Verjährungsbestimmungen des StG sowie des Gesetzes GGStG geändert und den Vorgaben von Art. 47 StHG angepasst. § 52a GGStG sowie §§ 250 und 258 StG enthalten dieselben Übergangsbestimmungen wie § 29a HStG. In der Botschaft des Regierungsrates zur Totalrevision des Steuergesetzes finden sich zur Übergangsregelung des HStG keine Ausführungen. Im Zusammenhang mit der gleichlautenden Bestimmung § 52a Abs. 3 GGStG wird auf den Kommentar zur Übergangsbestimmung für die Nach- und Strafsteuer des StG verwiesen (Botschaft zum Entwurf einer Totalrevision des Luzerner Steuergesetzes vom 5.2.1999, B 160, S. 154). Im Entwurf war die Nach- und Strafsteuer noch in § 250 geregelt. Dazu enthält die Botschaft folgende Ausführungen: Für die Nachsteuer gilt der Grundsatz des milderen Rechts nicht. Die Nachsteuererhebung stellt eine Revision zulasten der steuerpflichtigen Person dar und keine Strafe. Nachsteuerveranlagungen sind auch übergangsrechtlich grundsätzlich gleich zu behandeln wie ordentliche Steuerveranlagungen. Bis und mit Steuerjahr 2000 werden somit Nachsteuern nach altem Recht veranlagt. Für das Verfahren gilt nach allgemeinen übergangsrechtlichen Regeln die neue Verfahrensordnung. Bezüglich der Verjährung ist allgemeinem Verwaltungsrecht zu folgen, wonach die Verjährungsbestimmungen des neuen Rechts auf altrechtliche Ansprüche anwendbar sind, wenn diese unter der Geltung des alten Rechts, vorliegend also vor dem 1. Januar 2001, noch nicht verjährt waren (S. 140). In der 1. Beratung der Totalrevision gaben die jeweiligen Übergangsbestimmungen des StG, HStG und GGStG zu keinen Bemerkungen Anlass. Die Bestimmungen wurden gemäss Entwurf des Regierungsrats übernommen (Verhandlungen des Grossen Rates, GR 3/1999, S. 1223 ff., insb. S. 1237 [zu StG, HStG]), S. 1238 [zu GGStG]). In der Botschaft wird in allgemeiner Weise postuliert, dass in Bezug auf die am 1. Januar 2001 bei Inkrafttreten der neuen Verjährungsbestimmungen nach altem Recht noch nicht verjährten Steueransprüche die neuen Verjährungsbestimmungen gelten. Dieser allgemeine Grundsatz wurde für die Nachsteuer und die Busse (Strafsteuer) denn auch ausdrücklich gesetzlich geregelt. Da in § 29a Abs. 1 HStG für die ordentliche Veranlagung eine ausdrückliche Regelung fehlt, ist diese zu ergänzen. Nachdem in der Botschaft für die Verjährung der Nachsteuer explizit auf die ordentliche Steuer verwiesen und erklärt wurde, es sei der allgemeine Grundsatz zu beachten, dass das neue Recht gelte, sofern die Verjährung am 1. Januar 2001 noch nicht eingetreten war, ist dieser Grundsatz auch in Bezug auf § 29a Abs. 1 HStG zu beachten. Die Ausführungen in der Botschaft machen deutlich, dass man die Verjährung sowie in logischer Konsequenz auch die Übergangsregelung für alle Steuern (StG, GGStG, HStG) vereinheitlichen wollte, um so auch den Vorgaben des StHG zu genügen.
Vom Grundsatz, wonach die längeren Verjährungsvorschriften für alle Handänderungen gelten, für welche die Verjährung bis zum 31. Dezember 2000 noch nicht eingetreten war, wird auch für das Zürcher Steuergesetz ausgegangen, allerdings unter der Annahme, es handle sich bei den Verjährungsbestimmungen um "verfahrensrechtliche" Bestimmungen. Für die Handänderungssteuer wird dieser Grundsatz analog der Übergangsregelung betreffend die Verjährung der Nachsteuer als anwendbar erachtet (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, Ergänzungsband, N 8 zu § 215 StG mit Hinweis auf einen Entscheid zum intertemporalen Recht der Nachsteuer, in: ZStR 1999, 128). In der Botschaft zur Totalrevision des Luzerner Steuergesetzes wie auch im Kommentar zum Zürcher Steuergesetz wird bezüglich der Verjährungsvorschriften jeweils mit "allgemeinen Grundsätzen des Verwaltungsrechts" argumentiert. Dies mag ein Grund sein, weshalb im Gegensatz zur Nach- und Strafsteuer auf eine ausdrückliche spezielle Regelung der Verjährung für die ordentliche Steuerveranlagung verzichtet wurde.
c) Nach der gesetzlichen Konzeption des Steuergesetzes - und analog auch des Handänderungssteuergesetzes - gehören die Verjährungsvorschriften zum Verfahren. Die Verlangungs- und Bezugsverjährung sind in §§ 142 und 143 StG im Abschnitt V. Verfahren unter dem 2. Titel Allgemeine Verfahrensgrundsätze geregelt. Das Verfahrensrecht beinhaltet sowohl materielle wie auch formelle Vorschriften. Zu den formellen Vorschriften gehören z.B. die Bestimmungen über die Einsprache oder das Beschwerdeverfahren. Die Verjährung ist nach der Rechtssprechung des Bundesgerichts ein materiell-rechtliches Institut (BGE 126 II 3 Erw. 2a mit Hinweisen). Gemäss der Übergangsbestimmung § 29a HStG gelten für das Verfahren generell die neuen Bestimmungen. Zum Verfahren gehören nach dem Gesagten auch die Verjährungsbestimmungen. Es lässt sich somit bereits aus § 29a Abs. 1 HStG ableiten, dass die neuen Verjährungsvorschriften zu beachten sind, umso mehr, als der Gesetzgeber dies für die Nachsteuer und die Bussen ausdrücklich geregelt hat.
Im Allgemeinen sind neue Verfahrensvorschriften für hängige Verfahren unmittelbar anwendbar. Von diesem Grundsatz ist das Bundesgericht nun zwar bezüglich der direkten Bundessteuer abgewichen und hat auf hängige Verfahren die alten Verfahrensvorschriften - sowohl materielle als auch formelle - angewendet (vgl. ASA 67,409; StE 2004 B 92.51 Nr. 11 Erw. 3.2 wo die Frage des anwendbaren Rechts zwar offen gelassen wurde, aber das Urteil erkennen lässt, dass das Bundesgericht das alte Recht als anwendbar erachtet). Das DBG enthält aber im Gegensatz zu den Kantonalen Steuergesetzen keine Übergangsbestimmungen, weshalb die Rechtsprechung des Bundesgerichts zum anwendbaren Recht in Bezug auf das Verfahren bzw. die Verjährung bei der direkten Bundessteuer nicht unbesehen auf das Kantonale Steuerrecht übernommen werden kann. Insbesondere auch deshalb nicht, weil - wie dargetan - StG, HStG und GGStG im Gegensatz zum DBG bezüglich der Verjährung von Nachsteuern bzw. Bussen explizit eine Regelung enthalten. Eine Auslegung von § 29a HStG, die auch für die erstmalige Steuerveranlagung die neuen Verjährungsbestimmungen als anwendbar erklärt, wenn nach dem alten Recht die Verjährung bzw. Verwirkung am 1. Januar 2001 noch nicht eingetreten ist, steht demnach auch nicht in einem Widerspruch zur dargelegten Rechtsprechung des Bundesgerichts bezüglich des DBG.
d) Geht man bei der Auslegung der Übergangsregelung von dem in der Botschaft postulierten allgemeinen Grundsatz aus, die Nachsteuerveranlagungen seien übergangsrechtlich gleich zu behandeln wie die ordentlichen Steuerveranlagungen, und zieht man in Erwägung, dass die neuen, längeren Verjährungsbestimmungen in Abweichung des Vorrangs des milderen Rechts sogar für die Bussen als anwendbar erklärt wurden, so lässt sich daraus nur der Schluss ziehen, dass der Gesetzgeber für alle Steuern die neuen Verjährungsbestimmungen als massgebend erachtete, falls die Verjährung nach altem Recht per 1. Januar 2001 noch nicht eingetreten war.
8.- (....) Im Sinn der obigen Ausführungen sind für die Frage der Verjährung die neuen ab 1. Januar 2001 in Kraft getretenen Bestimmungen des Handänderungssteuergesetzes anwendbar. Gemäss § 13 Abs. 1 HStG erlischt das Recht auf Steuerfestsetzung fünf Jahre nach der Handänderung. Somit ist die Veranlagung vom 22. Mai 2002 rechtzeitig erfolgt.