Aus den Erwägungen:
3.1.
Soweit das Gesetz nichts anderes bestimmt, können die Parteien für einen bestehenden oder für einen künftigen Rechtsstreit über Ansprüche aus einem bestimmten Rechtsverhältnis einen Gerichtsstand vereinbaren. Geht aus der Vereinbarung nichts anderes hervor, so kann die Klage nur am vereinbarten Gerichtsstand erhoben werden (Art. 17 Abs. 1 der Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO; SR 272]).
Für Klagen auf Errichtung gesetzlicher Pfandrechte – wie das Bauhandwerkerpfandrecht (vgl. Art. 837 Abs. 1 Ziff. 3 des Schweizerischen Zivilgesetzbuchs [ZGB; SR 210]) – ist das Gericht am Ort, an dem das Grundstück im Grundbuch aufgenommen ist oder aufzunehmen wäre, zuständig (Art. 29 Abs. 1 lit. c ZPO). Obwohl der Gesetzgeber mit dieser Regelung aus naheliegenden Gründen einen zentralen Gerichtsstand am Ort der gelegenen Sache anstrebte, hat er die Zuständigkeit am Ort der gelegenen Sache – aus welchen Gründen auch immer – nicht als zwingend ausgestaltet. Damit sind aufgrund der dispositiven Natur der Bestimmung sowohl die Prorogation eines anderen Gerichtsstands als auch die Einlassung möglich (Haas/Schlumpf, in Oberhammer/Domej/Haas [Hrsg.], Kurzkomm. ZPO, 3. Aufl. 2021, Art. 29 ZPO N 12-14; Peter, Berner Komm., Bern 2012, Art. 29 ZPO N 3; Tenchio, Basler Komm., 3. Aufl. 2017, Art. 29 ZPO N 22; Sutter-Somm/Lötscher, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/ Leuenberger [Hrsg.], Komm. zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 2016, Art. 29 ZPO N 12; Schumacher, Das Bauhandwerkerpfandrecht, Ergänzungsband zur 3. Aufl., Zürich 2011, Rz 533).
Dass die Wirksamkeitserfordernisse (Schriftform gemäss Art. 17 Abs. 2 ZPO, Bezeichnung des zuständigen Gerichts und des Rechtsverhältnisses; vgl. Haas/Schlumpf, a.a.O., Art. 17 ZPO N 1 ff., mit Hinweisen) vorliegend erfüllt sind, ist unbestritten.
3.2.
Die sachliche Reichweite einer Gerichtsstandsklausel ist durch Auslegung zu ermitteln (BGer-Urteile 4A_112/2020 vom 1.7.2020 E. 3.1, 4A_433/2019 vom 14.4.2020 E. 4.2.5). Entsprechend gilt Art. 18 Abs. 1 des Obligationenrechts (OR; SR 220), mit der Folge, dass in erster Linie das von den Parteien tatsächlich übereinstimmend Gewollte massgebend ist. Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung. Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (vgl. BGE 138 III 659 E. 4.2.1, 132 III 626 E. 3.1). Vorliegend ist ein tatsächlicher Konsens hinsichtlich der Frage, ob die Gerichtsstandsklausel auf die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts Anwendung findet, nicht erstellt. Die Tragweite der Vereinbarung ist deshalb nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (BGer-Urteil 4A_112/2020 vom 1.7.2020 E. 3.2.1; BGE 132 III 268 E. 2.3.2). Der mutmassliche Parteiwille ist so zu ermitteln, wie er vom jeweiligen Erklärungsempfänger nach den gesamten Umständen nach Treu und Glauben verstanden werden durfte und musste (vgl. BGE 142 III 239 E. 5.2.1). Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, welche jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind (BGE 138 III 659 E. 4.2.1).
Gerichtsstandsklauseln sind nicht restriktiv auszulegen. Im Zweifel ist davon auszugehen, dass die Parteien dem prorogierten Gericht eine umfassende Entscheidungskompetenz zuweisen wollten (BGE 121 III 495; Haas/Schlumpf, a.a.O., Art. 17 ZPO N 21). Entscheidend ist im Rahmen der Auslegung, ob der Rechtsstreit für die betroffene Partei im Zeitpunkt ihrer Zustimmung zur Gerichtsstandsklausel hinreichend vorhersehbar gewesen ist (Haas/Schlumpf, a.a.O., Art. 17 ZPO N 21a, mit Hinweis auf BGer-Urteil 4A_433/2019 vom 14.4.2020 E. 4.2.6).
3.3.
3.3.1.
In Lehre und Rechtsprechung herrscht Einigkeit darüber, dass etwa eine Vereinbarung, wonach sämtliche Ansprüche im Zusammenhang mit einem bestimmten Vertrag an einem bestimmten Gerichtsstand abzuhandeln sind, diesem Gericht die Entscheidungskompetenz für sämtliche vertraglichen Haupt- und Nebenrechte, Fragen im Zusammenhang mit der Gültigkeit oder der Verbindlichkeit des Vertrags sowie ausservertragliche Ansprüche (Art. 41 ff. OR; culpa in contrahendo, Vertrauenshaftung, usw.), die auf Handlungen beruhen, welche gleichzeitig eine Vertragsverletzung darstellen oder mit den vertraglichen Ansprüchen im sachlichen Zusammenhang stehen, zuweist (BGer-Urteil 4C.142/2006 vom 25.9.2006 E. 2; Haas/Schlumpf, a.a.O., Art. 17 ZPO N 21a; Sutter-Somm/Hedinger, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], Komm. zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 2016, Art. 17 ZPO N 27; Infanger, Basler Komm., 3. Aufl. 2017, Art. 17 ZPO N 17; vgl. auch LGVE 2015 I Nr. 14 E. 7.2.4).
3.3.2.
Vorliegend geht es indes nicht um die Frage der Mitumfassung von vertraglichen und ausservertraglichen, sondern von dinglichen bzw. realobligatorischen Ansprüchen. Dass solche von einer uneingeschränkten Gerichtsstandsklausel grundsätzlich nicht erfasst wären, ergibt sich, entgegen der Darstellung der Klägerin, weder aus BGer-Urteil 4C.142/2006 vom 25.9.2006 noch aus Sutter-Somm/Hedinger, a.a.O., Art. 17 ZPO N 27. Soweit ersichtlich, ist die Frage, ob eine uneingeschränkte Gerichtsstandsklausel auch auf Klagen auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts – in Bezug auf die vorläufige Eintragung sind die zwingenden Gerichtsstände nach Art. 13 ZPO zu beachten (BGE 137 III 563 E. 3.2 ff.) – Anwendung findet, vom Bundesgericht noch nicht entschieden worden.
3.3.3.
Mit der Vorinstanz ist dazu vorab festzuhalten, dass sich die vorliegend vereinbarten Klauseln nicht mit jener vergleichen lassen, welche das Kantonsgericht im LGVE 2015 I Nr. 14 zugrundeliegenden Fall zu beurteilen hatte. In jenem Fall war die Klausel klar auf "allfällige Streitigkeiten über die Entstehung, Auslegung und Erfüllung des Totalunternehmervertrags" eingeschränkt. Damit bezog sich jene Gerichtsstandsklausel explizit nur auf die Durchsetzung obligatorischer Ansprüche. Dingliche Ansprüche waren vom Wortlaut her klar ausgeschlossen (LGVE 2015 I Nr. 14 E. 7.2.4). Demgegenüber weisen die vorliegend vereinbarten Klauseln "ausschliesslicher Gerichtsstand" und "alle aus diesem Vertragsverhältnis entstehenden Streitigkeiten" vom Wortlaut her keine Beschränkung auf.
3.3.4.
Gemäss einem Teil der Lehre wird die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts von einer allgemeinen, uneingeschränkten Gerichtsstandsvereinbarung, wie sie vorliegend geschlossen wurde, erfasst (vgl. Schumacher, Das Bauhandwerkerpfandrecht, 3. Aufl. 2008, Rz 1459, und Ergänzungsband zur 3. Aufl., Rz 719; Haas/Schlumpf, a.a.O., Art. 17 ZPO N 21a, mit Hinweis auf den Entscheid des Handelsgerichts Zürich HG170237 vom 24.7.2018 [= ZR 2018 Nr. 47]).
Andere Autoren äussern sich zu dieser Thematik nur, aber immerhin in Bezug auf Art. 37 Abs. 2 SIA-Norm 118 (vgl. Tenchio, a.a.O., Art. 29 ZPO N 22; Sutter-Somm/Hedinger, a.a.O., Art. 29 ZPO N 12).
Gemäss Art. 37 Abs. 3 SIA-Norm 118 werden, sofern die Parteien nichts anderes vereinbaren, alle Streitigkeiten von den ordentlichen Gerichten am Wohnsitz oder Sitz der beklagten Partei beurteilt, sofern sich dieser in der Schweiz befindet. Wird die SIA-Norm 118 zum Vertragsbestandteil, schliessen die Parteien eine weit gefasste Gerichtsstandsvereinbarung, welche ausdrücklich alle Streitigkeiten umfasst. Mangels anderer Abrede ist eine Klage auf definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts diesfalls, abweichend von Art. 29 Abs. 1 lit. c ZPO, nicht am Ort des Grundstücks, sondern beim Gericht am Sitz oder Wohnsitz der beklagten Partei geltend zu machen (Spiess/Huser, Handkomm. zu SIA-Norm 118, Bern 2014, Art. 37 N 17; vgl. auch Hürlimann, in: Gauch/Stöckli [Hrsg.], Komm. zur SIA-Norm 118, 2. Aufl. 2017, Art. 37 Rz. 14.3). Nach einem Teil der Lehre soll eine solche vorformulierte Vereinbarung mangels ausdrücklicher Willenserklärung der Parteien bezüglich des Bauhandwerkerpfandrechts nicht rechtswirksam sein, da sie den Parteien meist unbekannt sei und deshalb fast immer unbewusst erfolge (so Tenchio, a.a.O., Art. 29 ZPO N 22; Sutter-Somm/Hedinger, a.a.O., Art. 29 ZPO N 12; Schumacher, a.a.O., Rz 555). Ob dem zu folgen ist, kann vorliegend offenbleiben.
Vorliegend haben die Parteien die SIA-Norm 118 nicht nur übernommen, sondern sie trafen in den Ausschreibungen/Angeboten vom 23. März 2018 und 31. August 2018 ausdrücklich eine Gerichtsstandsvereinbarung, die der Formulierung gemäss Art. 37 Abs. 3 SIA-Norm 118 praktisch wörtlich entspricht. In den Werkverträgen vom 30. April/4. Mai 2016 und 8./10. November 2016 vereinbarten sie ausdrücklich den Sitz der Generalunternehmung, d.h. der Beklagten als Bauherrin, als ausschliesslichen Gerichtsstand. Beide Parteien verfügen unbestrittenermassen über Geschäftserfahrung in der Baubranche. Die Formulierungen erfolgten ausdrücklich und nach Angabe (auch) der Klägerin bewusst. Aus der Praxis zu Art. 37 SIA-Norm 118 kann die Klägerin vor diesem Hintergrund entgegen ihrer Auffassung nichts zu ihren Gunsten ableiten.
3.3.5.
(Es folgt eine zusammenfassende Wiedergabe des Urteils HG170237 vom 24. Juli 2018 des Handelsgerichts des Kantons Zürich [aus ZR 2018 Nr. 47].)
3.3.6.
Die Vorinstanz hat zu Recht auf die enge Konnexität zwischen der Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts und der Klage auf Bezahlung des ausstehenden Werklohns hingewiesen. Die definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts setzt voraus, dass die Pfandsumme anerkannt oder gerichtlich festgestellt ist (Art. 839 Abs. 3 ZGB), so dass das Gericht vorfrageweise das Bestehen der Forderung zu prüfen hat (vgl. BGE 138 III 132 E. 4.2.2.). Damit ist die massgebliche Konnexität stets gegeben, und zwar unabhängig davon, ob eine Klagehäufung vorliegt oder nicht. Weiter hat die Vorinstanz zu Recht darauf hingewiesen, dass sich bei Bauprojekten allgemein die Frage nach der Eintragung von Bauhandwerkerpfandrechten stellt. Ein solcher Rechtsstreit ist, zumindest für geschäftserfahrene Parteien, wie es vorliegend sowohl die Beklagte als auch namentlich die Klägerin sind, hinreichend vorhersehbar im Sinne der zitierten Lehre und Rechtsprechung (vgl. oben E. 3.2 und 3.3.4 f.).
Wie die Vorinstanz sodann zutreffend erwog, deutet nichts darauf hin, dass die Parteien beim damaligen Vertragsschluss irgendwelche Streitigkeiten, die sich aus den Werkverträgen ergeben konnten, vom sachlichen Geltungsbereich hätten ausnehmen wollen. Die Klägerin vermag denn auch keine Umstände aufzuzeigen, wonach die beiden Klauseln keine dingliche bzw. realobligatorische Ansprüche aus dem Werkvertrag umfassen würden. Ihr Einwand, dass für sie gerade wegen ihrer grossen Geschäftserfahrung keine Not bestanden habe, diese – nach ihren Angaben bewusst "absolut" formulierten – Klauseln zu ändern, weil sie doch gewusst habe, dass dingliche und realobligatorische Ansprüche wie die Eintragung von Bauhandwerkerpfandrechten nicht miterfasst seien, ist rein subjektiv und wäre von ihr – überdies schon vor der Vorinstanz (vgl. Art. 317 Abs. 1 ZPO) – substanziiert zu behaupten und zu beweisen gewesen. Worauf zum Zeitpunkt der Vertragsabschlüsse ein solches "Wissen" hätte fussen sollen, ist nicht dargetan und vor dem Hintergrund des oben Gesagten auch nicht ersichtlich. Aus der Praxis zu Art. 37 Abs. 3 SIA-Norm 118 etwa konnte sich ein solches "Wissen" jedenfalls gerade nicht ergeben (vgl. oben E. 3.3.4). Auch aus dem Umstand, dass der Eintrag von provisorischen Bauhandwerkerpfandrechten zwingend am Ort der gelegenen Sache zu erfolgen hat (Art. 13 ZPO; BGE 137 III 563 E. 3.2 ff.), kann vorliegend nicht geschlossen werden, die Vertragsparteien hätten die dispositive Regelung von Art. 29 Abs. 1 lit. c ZPO für die Klage auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts ausschliessen wollen, zumal für die Anordnung vorsorglicher Massnahmen durchaus ein anderes als das für die Hauptsache zuständige Gericht angerufen werden kann bzw. anzurufen ist (vgl. BGer-Urteil 4A_503/2020 vom 19.1.2021 E. 5.4). Mit der Vorinstanz und dem Handelsgericht des Kantons Zürich ist festzuhalten, dass von der Klägerin zu erwarten gewesen wäre, dass sie eine entsprechende Einschränkung vorgenommen hätte, wenn die Gerichtsstandsklauseln nicht auf Bauhandwerkerpfandrechtsverfahren hätte Anwendung finden sollen. Explizit zu erwähnen sind bzw. wären – entgegen der Auffassung der Klägerin – Streitigkeiten, auf welche die Vereinbarung trotz der gewählten klaren und uneingeschränkten Formulierung nicht geltend soll, und nicht solche, für die sie ebenfalls gelten soll. Schliesslich ist mit der Vorinstanz festzuhalten, dass die getroffene Vereinbarung klar ist, der Vertragszweck durch das Auslegungsergebnis nicht gefährdet wird und die Klägerin dadurch keinen Nachteil erleidet, zumal sie eine Leistungsklage vorliegend unbestrittenermassen ohnehin am Sitz der Beklagten zu erheben hat bzw. zu erheben hätte. Nicht nur vom klaren Wortlaut, sondern auch vom konkreten Sinngefüge und vom Regelungszweck her ist mithin darauf zu schliessen, dass die vorliegende Gerichtsstandsvereinbarung nach Treu und Glauben und im Gesamtzusammenhang von der Beklagten und der Klägerin so verstanden werden durfte und musste, dass die Klauseln, wonach "ausschliesslicher Gerichtsstand" für "alle aus diesem Vertragsverhältnis entstehenden Streitigkeiten" der Sitz der Beklagten sei, auch die – für sie hinreichend vorhersehbare – Klage auf definitive Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts mitumfasst.