Entscheiddatum: 28.05.2019Publikationsdatum: 05.06.2019
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Abteilung I A-5973/2017
Urteil vom 28. Mai 2019 Besetzung Richter Michael Beusch (Vorsitz), Richterin Sonja Bossart, Richter Raphaël Gani, Gerichtsschreiberin Monique Schnell Luchsinger. Parteien A._______, vertreten durch Von Graffenried AG Treuhand, Beschwerdeführerin, gegen Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern, Vorinstanz. Gegenstand Mehrwertsteuer (Korrektur einer Ergänzungsabrechnung / provisorischen Einschätzung).
A. A._______ mit Sitz in (Ort) (nachfolgend Steuerpflichtige) bezweckt im Wesentlichen (Beschreibung des Geschäftszwecks). Die Steuerpflichtige ist seit dem 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
B. In den Jahren 2007 bis 2009 vernachlässigte die Steuerpflichtige (nach übereinstimmenden Angaben beider Parteien) ihre Abrechnungspflichten. In der Folge schätzte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) unter anderem mit Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 die provisorische Mehrwertsteuerforderung für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) auf Fr. 234'000.- und leitete anschliessend hierfür die Betreibung ein. Gemäss dem von der ESTV ausgestellten Kontoauszug für die Steuerpflichtige vom 8. Dezember 2016 wurde der ausstehende provisorische Steuerbetrag von Fr. 234'000.- sowie geltend gemachte Verzugszinsen von Fr. 10'546.05 und Zahlungsbefehlskosten von Fr. 200.- (Zahlungsbefehl Nr. [Nummer] des Betreibungsamtes [Ort] vom 20. Oktober 2008) mit Valuta 15. März 2009 beglichen. Gemäss Hinweis auf dem Duplikat des entsprechenden Zahlungsbefehls erfolgte die Zahlung beim Betreibungsamt am 11. März 2009.
C. Die vom 3. April 2008 datierende Abrechnung für das 1. Quartal 2008 wurde gemäss Aktenverzeichnis der ESTV vom 12. Januar 2017 erst am 4. Mai 2010 eingereicht. Aktenkundig sind auch zwei Schreiben der ESTV vom 10. August 2010 und vom 15. Oktober 2010, worin die ESTV den Erhalt der Abrechnung für das 1. Quartal 2008 bestätigt und die Steuerpflichtige auffordert, die Abrechnung für das 4. Quartal 2007 innert 20 Tagen nachzureichen.
D. Am 16. April 2013 verfasste die Steuerpflichtige (gemäss ihren eigenen Angaben) ein Schreiben, worin sie bei der ESTV für die Vergangenheit um Erlass der Mehrwertsteuer ersuchte. Gleichzeitig stellte sie für die künftigen Mehrwertsteuerforderungen ein Gesuch um Befreiung von der Mehrwertsteuerpflicht. Dieses - von der Steuerpflichtigen dem Bundesverwaltungsgericht eingereichte - Schreiben findet sich nicht in den Akten der ESTV.
E. Mit einem als Einschreiben bezeichneten Brief vom 2. Dezember 2013 der Steuerpflichtigen an die ESTV bestritt die Steuerpflichtige den Ausstand gemäss Kontoauszug vom 21. November 2013 in der Höhe von Fr. 760'247.53 und wies darauf hin, dass sie lediglich Mehrwertsteuern in der Höhe von Fr. 459'433.95, ohne Betreibungskosten und Zinsen, schuldig geblieben sei. Diesem Schreiben lagen diverse Dokumente bei, insbesondere eine Liste über die geschuldete Umsatzsteuer und die Vorsteueransprüche für das 1. Quartal 2001 bis das 4. Quartal 2009 (Zeit vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2009) und für die Steuerperioden 2010 bis 2015 (Zeit vom 1. Januar 2010 bis 31. Dezember 2015). Sie unterbreitete ferner einen Zahlungsvorschlag und bat um Rückzug des Verwertungsbegehrens betreffend ihre Liegenschaften.
F. Mit Schreiben und Fax je vom 9. Dezember 2013 sandte die Steuerpflichtige (wiederum gemäss ihren eigenen Angaben) eine Kopie der Abrechnung für das 4. Quartal 2007 an die ESTV. Diese dem Bundesverwaltungsgericht eingereichte Abrechnung datiert vom 9. Februar 2007 (sic!).
G. Mit Schreiben vom 10. Dezember 2013 zog die ESTV die Verwertungsbegehren in den Betreibungen Nr. (Nummern) gegen die Steuerpflichtige zurück.
H. Mit Einschreiben vom 7. Dezember 2016 machte die Steuerpflichtige gegenüber der ESTV ein Steuerguthaben in der Höhe von Fr. 264'394.97 per 31. Dezember 2015 geltend und bat um Bereinigung der Angelegenheit. Diesem Schreiben legte sie eine Aufstellung über Mehrwertsteuerzahlungen sowie die Kontoauszüge Nr. (Nummer) und Nr. (Nummer) aus dem Archiv des Betreibungsamtes (Ort) bei. Weiter legte sie die Zahlungsliste des Betreibungsamtes (Ort) vom 12. Juli 2016 sowie ihr eigenes Schreiben vom 2. Dezember 2013 bei. Das Schreiben vom 7. Dezember 2016 findet sich nicht in den Akten der ESTV.
I. Mit Schreiben vom 23. Dezember 2016 ersuchte die Vertreterin der Steuerpflichtigen um Einsicht in die amtlichen Akten der Steuerpflichtigen, inklusive die Inkassoakten für die Steuerperioden 2007 bis 2009. Gleichzeitig nahm sie eine vorsorgliche Unterbrechung der Verjährung für die Steuerforderungen der Jahre 2007 bis 2009 vor. Am 12. Januar 2017 stellte die ESTV der Steuerpflichtigen diverse Akten gemäss separatem Verzeichnis zu. Mit Schreiben vom 22. März 2017 ersuchte die Steuerpflichtige um Zustellung weiterer Akten, insbesondere um Zustellung des Zahlungsbefehls für die Forderung betreffend die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer). Mit Schreiben vom 31. März 2017 stellte die ESTV der Steuerpflichtigen diverse weitere Akten gemäss separatem Verzeichnis zu. Ferner wies sie darauf hin, dass der Zahlungsbefehl betreffend die Forderung aus der Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) sowie diesbezügliche weitere Inkassounterlagen nicht vorhanden seien und verwies die Steuerpflichtige an das zuständige Betreibungsamt.
J. Am 29. Juni 2017 legte die Vertreterin gegenüber der ESTV den Sachverhalt sowie ihre Sicht bezüglich der Steuerausstände umfassend dar und ersuchte unter anderem um Vornahme einer Steuerkorrektur für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 gestützt auf die bereits früher eingereichten entsprechenden Abrechnungen. Gleichzeitig reichte sie unter anderem die Mehrwertsteuerabrechnung für das 4. Quartal 2007 und eine Kopie der bereits eingereichten Abrechnung für das 1. Quartal 2008 ein (vgl. Bst. F).
K. Mit Verfügung vom 5. September 2017 trat die ESTV auf das Gesuch vom 29. Juni 2017 um Korrektur der Ergänzungsabrechnungen Nr. (Nummer) vom 10. Februar 2008 sowie Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 infolge materieller Rechtskraft und Verjährung nicht ein (Dispositiv Ziff. 1). Ebenso trat sie auch auf das Gesuch um Revision des Entscheids vom 18. November 2009 infolge Verjährung und Nichterfüllung der Revisionsvoraussetzungen nicht ein (Dispositiv Ziff. 2). Für ihre Verfügung erhob sie weder Verfahrenskosten noch richtete sie eine Parteientschädigung aus (Dispositiv Ziff. 3).
L. Mit Eingabe vom 4. Oktober 2017 gelangte die Steuerpflichtige an die ESTV mit dem Antrag, die Verfügung vom 5. September 2017 sei als sog. Sprungbeschwerde an das Bundesverwaltungsgericht weiterzuleiten. Gleichzeitig beantragte die Steuerpflichtige (nachfolgend auch Beschwerdeführerin), die angefochtene Verfügung mit Bezug auf die Steuerperioden 4. Quartal 2007 und 1. Quartal 2008 (Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) aufzuheben und die ESTV anzuweisen, auf das Gesuch der Beschwerdeführerin um Korrektur der provisorischen Steuerforderung für diesen Zeitraum gemäss den nachgereichten Abrechnungen einzutreten und die Steuerforderung auf Fr. 174'757.50 herabzusetzen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der ESTV.
In formeller Hinsicht rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, da die ESTV die Akten unvollständig geführt habe. Die ESTV habe sodann beim zuständigen Betreibungsamt fehlende Akten nachgefordert, es jedoch unterlassen, diese der Beschwerdeführerin zur Einsicht zuzustellen. Der Beschwerdeführerin sei bis heute keine vollständige Akteneinsicht gewährt worden.
Weiter sei die relative Verjährung gemäss Art. 49 Abs. 1 des Mehrwertsteuergesetzes vom 2. September 1999 (aMWSTG, AS 2000 1300) noch nicht eingetreten, weil die ESTV die Verjährung mit der Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 wie auch mit den Aufforderungen zur Einreichung der Abrechnung für das 4. Quartal 2007 am 10. August 2010 und am 15. Oktober 2010 unterbrochen habe. Auch die Beschwerdeführerin selber habe die Verjährung unterbrochen. Zum einen sei dies mit Einreichung der Ergänzungsabrechnung für das 1. Quartal 2008 am 4. Mai 2010 erfolgt und zum anderen mit den Schreiben der Beschwerdeführerin vom 2. Dezember 2013 und vom 23. Dezember 2016. Ferner könne die Rechtsprechung zur vorbehaltlosen Zahlung nicht auf Schätzungen von provisorischen Steuerforderungen angewendet werden. Die ESTV verhalte sich auch widersprüchlich, wenn sie vorerst die Beschwerdeführerin zur Nachreichung der Mehrwertsteuerabrechnung für das 4. Quartal 2007 auffordere, damit die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) korrigiert werden könne, später aber eine vorbehaltlose Zahlung und damit eine «Verbindlichkeit» der provisorischen Mehrwertsteuerforderung geltend mache. Auch wenn die ESTV die provisorische Steuerforderung für mehrere Steuerperioden geschätzt habe und in der Folge nur für eine Steuerperiode eine Abrechnung eingereicht werde, müsse nach der Rechtsprechung die Steuerforderung des von der nachgereichten Abrechnung betroffenen Zeitraums korrigiert werden.
M. Die ESTV (nachfolgend auch Vorinstanz) leitete die Beschwerde vom 4. Oktober 2017 am 19. Oktober 2017 an das Bundesverwaltungsgericht weiter und nahm mit Vernehmlassung vom 8. Januar 2018 Stellung zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin. Sie beantragt, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen und die Verfügung vom 5. September 2017 sei zu bestätigen, unter Kostenfolge zulasten der Beschwerdeführerin.
Die Vorinstanz stellt sich mit Bezug auf die formellen Vorwürfe auf den Standpunkt, dass die Beschwerdeführerin jeweils in ihren Gesuchen um Zustellung eines "Kontoauszugs" ersucht habe. Daraufhin sei ihr ein Kontoauszug über die offenen Posten zugestellt worden.
Weiter argumentiert die ESTV, dass die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 als amtliche Ermessenseinschätzung zu qualifizieren sei. Mit der vorbehaltlosen Zahlung der entsprechenden Ausstände sei die amtliche Ermesseneinschätzung in Rechtskraft erwachsen.
Auf die Vorbringen der Parteien und die eingereichten Akten wird nachfolgend insoweit eingegangen, als sie für den vorliegenden Entscheid wesentlich sind.
1.1 Das Bundesverwaltungsgericht beurteilt gemäss Art. 31 VGG Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 VwVG, sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt hier nicht vor. Die Vorinstanz ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist demnach für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde sachlich zuständig.
1.2 Angefochten ist die Verfügung der ESTV vom 5. September 2017, welche einlässlich begründet ist (vgl. Urteile des BVGer A-4013/2018 vom 22. August 2018 E. 2.2.2, A-3285/2017 vom 21. Juni 2018 E. 1.2). Im Weiteren hat die ESTV die von der Beschwerdeführerin bei ihr deponierte Eingabe vom 4. Oktober 2017 antragsgemäss als Sprungbeschwerde im Sinne von Art. 83 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (Mehrwertsteuergesetz, MWSTG, SR 641.20) an das Bundesverwaltungsgericht weitergeleitet. Dieses ist somit für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde auch funktionell zuständig.
1.3 Das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht richtet sich nach dem VwVG, soweit das VGG nichts anderes bestimmt (Art. 37 VGG). Die Beschwerdeführerin ist von der angefochtenen Verfügung vom 5. September 2017 betroffen und zur Beschwerdeerhebung berechtigt (Art. 48 VwVG), hat die Beschwerde frist- und formgerecht eingereicht (Art. 50 und 52 VwVG) und den Kostenvorschuss rechtzeitig bezahlt (Art. 63 Abs. 4 VwVG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.4
1.4.1 Streitgegenstand im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht ist das Rechtsverhältnis, das Gegenstand der angefochtenen Verfügung bildet oder nach richtiger Gesetzesauslegung hätte sein sollen, soweit es im Streit liegt. Wird ein Nichteintretensentscheid nur teilweise angefochten, so prüft das Bundesverwaltungsgericht nur mit Bezug auf den angefochtenen Teil die Rechtsfrage, ob die Vorinstanz die Eintretensvoraussetzungen zu Recht verneint hat (vgl. Urteile des BVGer A-4929/2017 vom 31. August 2018 E. 1.2.4; André Moser et al., Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2. Auflage 2013, N. 2.8, 2.164 und 2.213).
1.4.2 Vorliegend ficht die Beschwerdeführerin die Verfügung vom 5. September 2017 nur insoweit an, als die Vorinstanz auf den Antrag der Beschwerdeführerin auf Korrektur der mit Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) geschätzten Mehrwertsteuer (und Vorsteuer) für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 nicht eingetreten ist (Dispositiv Ziff. 1). Infolgedessen ist zu prüfen, ob die Vorinstanz die Begehren für diesen Zeitraum zu Recht nicht materiell geprüft hat.
1.5
1.5.1 Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift (Urteil des BVGer A-5687/2017 vom 17. August 2018 E. 3.1.1).
Aus der Akteneinsicht, als Teilgehalt des Gehörsanspruchs, folgt, dass grundsätzlich sämtliche beweiserheblichen Akten den Beteiligten gezeigt werden müssen, sofern in der sie unmittelbar betreffenden Verfügung darauf abgestellt wird (BGE 132 V 387 E. 3.1 f.). Die Wahrnehmung des Akteneinsichts- und Beweisführungsrechts durch den von einer Verfügung Betroffenen setzt eine Aktenführungspflicht der Verwaltung voraus. Die Behörden haben alles in den Akten festzuhalten, was zur Sache gehört und entscheidwesentlich sein kann (BGE 130 II 473 E. 4.1; vgl. auch Urteil des BVGer D-1999/2018 vom 20. August 2018 E. 7.3).
1.5.2 Die Beschwerdeführerin moniert in diesem Zusammenhang, dass die Akten unvollständig geführt worden seien. So hätten im Dossier mindestens ein Zahlungsbefehl, die der Beschwerdeführerin zugestellten Kontoauszüge sowie ihr Schreiben vom 2. Dezember 2013 gefehlt. Den fehlenden Zahlungsbefehl habe die ESTV offensichtlich beim zuständigen Betreibungsamt nachgefordert. Sie habe aber die Beschwerdeführerin darüber weder informiert noch ihr Einsicht in den nachgeforderten Zahlungsbefehl gewährt.
Die Vorinstanz hält dem entgegen, dass sie der Beschwerdeführerin das Schreiben vom 2. Dezember 2013 versehentlich nicht mitgeschickt habe. Sie habe dessen Erhalt aber nie bestritten und sich zudem in ihrer Verfügung vom 5. September 2017 materiell mit diesem Schreiben auseinandergesetzt.
1.5.3 Aus den Vorbringen der Vorinstanz und dem Eingangsstempel der ESTV aus dem Jahre 2013 ist zu schliessen, dass das Schreiben vom 2. Dezember 2013 im Zeitpunkt der Akteneinsichtsgesuche vom 23. Dezember 2016 und vom 22. März 2017 vorhanden gewesen ist. Damit hat die Vorinstanz in diesem Punkt die Aktenführungspflicht nicht verletzt, wohl aber die die Akteneinsicht nicht vollständig gewährt. Beim Schreiben vom 2. Dezember 2013 handelt es sich indessen um eine Eingabe der Beschwerdeführerin, die von ihr selber erstellt und eingereicht worden ist. Der Beschwerdeführerin war somit der Inhalt dieses Schreibens bekannt. Nicht bekannt war der Beschwerdeführerin damals einzig, ob und ggf. wann die ESTV dieses Schreiben erhalten hat. Die Beschwerdeführerin hat indessen bereits mit Eingabe vom 29. Juni 2017 das fragliche Schreiben nochmals zu den Akten gegeben und damit die Akten von sich aus ergänzt. Die Vorinstanz hat sich in der Folge in der Verfügung vom 5. September 2017 mit dem Schreiben einlässlich auseinandergesetzt, ohne den Erhalt des Schreibens vom 2. Dezember 2013 im Dezember 2013 zu bestreiten. Demzufolge ist eine allfällige Gehörsverletzung als durch die Vorinstanz geheilt zu betrachten.
Der Beschwerde vom 4. Oktober 2017 lässt sich nicht entnehmen, welcher oder welche Zahlungsbefehle gefehlt haben sollen. Aus der Eingabe der Beschwerdeführerin vom 22. März 2017 ergibt sich jedoch, dass der Zahlungsbefehl hinsichtlich der Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 10. Februar 2008 gemeint sein muss. Die Vorinstanz hat diesbezüglich im Antwortschreiben vom 31. März 2017 eingeräumt, dass entsprechende Inkassounterlagen fehlen würden und beim zuständigen Betreibungsamt erhältlich gemacht werden könnten. Nachdem im vorliegenden Verfahren diese Ergänzungsabrechnung nicht mehr im Streit liegt, braucht die Frage der Aktenführung bzw. Akteneinsicht in diesem Umfang nicht mehr geprüft werden.
Soweit die ESTV in der angefochtenen Verfügung vom 5. September 2017 indirekt einräumt, dass auch der Zahlungsbefehl betreffend die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) nicht aktenkundig gewesen sei und mit Schreiben vom 14. Juli 2017 habe nachgefordert werden müssen, ist aus den Ausführungen in der Beschwerde vom 4. Oktober 2017 zu schliessen, dass die Beschwerdeführerin die fehlenden Unterlagen selber beim zuständigen Betreibungsamt nachverlangt hat. Es kann damit offen bleiben, ob eine Gehörsverletzung gegeben gewesen wäre. Ebenso kann offen bleiben, ob der Zahlungsbefehl Nr. (Nummer) vom 20. Oktober 2008 des Betreibungsamtes (Ort) für den vorliegend zu beurteilenden Fall als wesentliches Aktenstück zu gelten hätte.
Der Beschwerde vom 4. Oktober 2017 lässt sich nicht entnehmen, welche Kontoauszüge nicht aktenkundig gewesen sein sollen. Die Beschwerdeführerin legt auch nicht dar, weshalb die Kontoauszüge für die Beurteilung der Mehrwertsteuer für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 bzw. die Eintretensfrage relevant sein sollen. Des Weiteren stellt die Beschwerdeführerin im Akteneinsichtsgesuch vom 22. März 2017 auf den Kontoauszug vom 8. Dezember 2016 ab und war damit im damaligen Zeitpunkt bereits im Besitze desselben. Der Einwand der Beschwerdeführerin erweist sich daher als unbehelflich.
2.1 Am 1. Januar 2010 sind das MWSTG und die Mehrwertsteuerverord-nung vom 27. November 2009 (MWSTV, SR 641.201) in Kraft getreten. Die neuen Verfahrensbestimmungen finden auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren sofort Anwendung (vgl. Art. 113 Abs. 3 MWSTG). In materieller Hinsicht bleiben die bisherigen Vorschriften auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen, entstandenen Rechtsverhältnisse und erbrachten Leistungen anwendbar (Art. 112 Abs. 1 und 2 MWSTG). Die Verjährung ist grundsätzlich ein Institut des materiellen Sachrechts, was sich hinsichtlich der Mehrwertsteuer aus Art. 112 Abs. 1 MWSTG ergibt (BGE 144 II 273 E. 2.2.4 mit weiteren Hinweisen).
Der vorliegende Sachverhalt untersteht - soweit er die Mehrwertsteuerforderung bzw. Vorsteuer bzw. Rückforderung für die Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008 betrifft - dem am 1. Januar 2001 in Kraft getretenen aMWSTG sowie der dazugehörigen Verordnung vom 29. März 2000 (aMWSTGV, AS 2000 1347). Dies gilt insbesondere für die Frage der Verjährung.
2.2 Der Mehrwertsteuer unterliegen u.a. die im Inland durch steuerpflich-tige Personen gegen Entgelt erbrachten Lieferungen von Gegenständen und Dienstleistungen (Art. 5 Bst. a und b aMWSTG). Sie sind steuerbar, soweit das Gesetz keine Ausnahme vorsieht (vgl. Art. 18 f. aMWSTG).
2.3 Bei Lieferungen und Dienstleistungen entsteht die Steuerforderung je nach Abrechnungsart (vereinbartes Entgelt oder vereinnahmtes Entgelt), der Rechnungsstellung und abhängig davon, ob eine Zahlung, Teilzahlung oder Vorauszahlung vorliegt im Zeitpunkt der Rechnungsstellung oder der Zahlung (vgl. Art. 43 aMWSTG). Der Anspruch auf Vorsteuerabzug entsteht bei der von anderen steuerpflichtigen Personen überwälzten Steuer: am Ende der Abrechnungsperiode, in welcher die steuerpflichtige Person die Rechnung erhalten hat (Abrechnung nach vereinbarten Entgelten), oder in welcher sie die Rechnung bezahlt hat (Abrechnung nach vereinnahmten Entgelten; Art. 38 Abs. 7 Bst. a aMWSTG).
2.4 Das abgaberechtliche Legalitätsprinzip gebietet, eine Steuer zu erheben, wo deren Tatbestand erfüllt ist (Urteil des BGer 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.4.5). Umgekehrt verbietet das abgaberechtliche Legalitätsprinzip, eine Steuer zu erheben, wo deren Tatbestand nicht erfüllt ist (Urteil des BGer 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.4.6). Nicht geschuldete Steuern sind demnach grundsätzlich zurückzuerstatten.
2.5 Gemäss Art. 49 Abs. 1 aMWSTG verjährt die Steuerforderung fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist (sog. relative Verjährung). Die Verjährung wird durch jede Einforderungshandlung und durch jede Berichtigung durch die zuständige Behörde unterbrochen (Art. 49 Abs. 2 aMWSTG). Die Unterbrechung ist jedoch praxisgemäss auch durch den Steuerpflichtigen möglich (für den Fall der Unterbrechung mittels Anerkennung durch den Steuerpflichtigen vgl. Hans Hegetschweiler, mwst.com, 2000, Art. 49 N. 4; vgl. auch nachfolgend E. 3.5). Die Steuerforderung verjährt in jedem Fall 15 Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem sie entstanden ist (Art. 49 Abs. 4 aMWSTG, sog. absolute Verjährung).
2.6 Nach Art. 50 Abs. 1 aMWSTG verjährt der Anspruch auf Vorsteuerabzug fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem er entstanden ist. Die Verjährung wird unterbrochen durch die Geltendmachung des Anspruchs gegenüber der ESTV (Art. 50 Abs. 2 aMWSTG). Der Anspruch verjährt auf jeden Fall 15 Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem er entstanden ist (Art. 50 Abs. 4 aMWSTG).
2.7 Soweit es um die Rückvergütung einer (gesetzlich nicht geschuldeten) Steuer geht, findet sich in den Steuergesetzen regelmässig keine positivrechtliche Norm, so auch im aMWSTG. Dessen ungeachtet muss eine Rückerstattung der zu Unrecht erbrachten Steuerzahlung zulässig sein. Ausgangspunkt bildet der allgemeine öffentlich-rechtliche Grundsatz der Rückvergütung einer rechtsgrundlos erbrachten Leistung (Art. 62 ff. des Bundesgesetzes vom 30. März 1911 betreffend die Ergänzung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Fünfter Teil: Obligationenrecht] [OR, SR 220] per analogiam; BGE 141 II 447 8.5, 138 V 426 E. 5.1, 135 II 274 E. 3.1; Urteil des BGer 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 2.3; Urteil des BVGer A-4978/2012 vom 27. August 2013 E. 2.2; Ulrich Häfelin et al., Allgemeines Verwaltungsrecht, 7. Aufl. 2016, N. 164; Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 62; zur Rückforderung von zuviel erstatteten Vorsteuern vgl. Urteil des BGer 2C_976/2015 vom 16. März 2016 E. 3 ff.).
2.8 Im öffentlichen Recht ist die Frage der Verjährung von Amtes wegen zu berücksichtigen, sofern das Gemeinwesen Gläubiger der Forderung ist (vgl. BGE 138 II 169 E. 3.2, 133 II 366 E. 3.3; Urteil des BGer 2C_844/2017 vom 17. August 2018 E. 2.3.3). Ist ein Privater Gläubiger, muss die Verjährung hingegen nur auf Einrede des Staates hin beachtet werden (HÄFELIN et al., a.a.O., N. 775 f.; Urteil des BVGer A-7678/2015 vom 25. Januar 2017 E. 4.1).
3.1 Die Veranlagung und Entrichtung der Mehrwertsteuer erfolgt nach dem Selbstveranlagungsprinzip (Art. 46 f. aMWSTG). Dieses Prinzip besagt insbesondere, dass die steuerpflichtige Person ihre Steuerpflicht selbst festzustellen hat (vgl. Art. 56 aMWSTG) und allein für die vollständige, richtige und rechtzeitige Deklaration ihrer steuerbaren Umsätze und geltend gemachter Vorsteuer(guthabe)n verantwortlich ist (statt vieler: BGE 137 II 136 E. 6.2; Urteile des BVGer A-1129/2016 vom 27. Juli 2016 E. 2.2.1, A-279/2014 vom 17. November 2014 E. 2.6). Demnach hat der Steuerpflichtige auch selber darüber zu befinden, ob er die von ihm geschuldete Steuer vorbehaltlos, d.h. aufgrund der geltenden Praxis abliefern will, oder ob er, wenn er sich mit dem einen oder anderen Punkt nicht einverstanden erklärt, dies nur unter Vorbehalt tun will. Die Aufgaben der ESTV beschränken sich auf den Bezug und die Kontrolle der Steuer (vgl. Art. 62 aMWSTG). Der Steuerpflichtige war unter der Herrschaft des alten MWSTG daher auch an seine Abrechnung gebunden, wenn er in Bezug auf Steuerpflicht, Steuerbetrag, Abzüge usw. keinen Vorbehalt angebracht hatte. Er konnte deshalb auf die Abrechnung bzw. Selbstveranlagung - ausser in den gesetzlich vorgesehenen Fällen - nicht mehr zurückkommen (Urteil des BGer 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 2.4; vgl. auch Urteil des BVGer A-4978/2012 vom 27. August 2013 E. 2.3).
3.2 Abzurechnen ist in der Regel vierteljährlich (Art. 45 Abs. 1 Bst. a aMWSTG), wobei die steuerpflichtige Person der ESTV die Abrechnung innert 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode einzureichen (Art. 46 Satz 1 aMWSTG) und zu bezahlen hat (Art. 47 Abs. 1 aMWSTG). Bei verspäteter Zahlung ist ohne Mahnung ein Verzugszins geschuldet (Art. 47 Abs. 2 aMWSTG).
3.3 Liegen keine oder nur unvollständige Aufzeichnungen vor, oder stimmen die ausgewiesenen Ergebnisse mit dem wirklichen Sachverhalt nicht überein, so nimmt die ESTV eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vor (Art. 60 aMWSTG; BGE 137 II 136 E. 6.3; vgl. auch Urteil des BVGer A-1129/2016 vom 27. Juli 2016 E. 2.2.2).
3.4 Der Wortlaut von Art. 60 aMWSTG ist identisch mit demjenigen von Art. 48 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (aMWSTV, AS 1994 1464). Somit kann für das Verständnis von Art. 60 aMWSTG die Rechtsprechung zu Art. 48 aMWSTV herangezogen werden.
Bereits die Ende 2006 in das Bundesverwaltungsgericht überführte Eidgenössische Steuerrekurskommission hatte in einem Entscheid zu Art. 48 aMWSTV Folgendes ausgeführt:
Bei Vorliegen der Voraussetzungen kann eine Schätzung durch die Verwaltung entweder nach vorangehender Kontrolle des Betriebes des Steuerpflichtigen (insbesondere der Geschäftsbücher; so genannte «externe Schätzung») oder ohne eine derartige Kontrolle vor Ort vorgenommen werden (so genannte «interne Schätzung»). Die interne Schätzung wird vor allem dann Anwendung finden, wenn der Steuerpflichtige seiner Aufzeichnungs- und Abrechnungspflicht nicht nachgekommen ist bzw. er nicht einmal rudimentäre geschäftliche Aufzeichnungen vorweisen kann. Obwohl Art. 48 MWSTV keine Unterscheidung zwischen einer Schätzung mit einer vorhergehenden Kontrolle und einer Schätzung ohne vorgängige Kontrolle vornimmt, ist die diesbezügliche Praxis der Verwaltung nicht zu beanstanden. Zur Durchsetzung der Zahlungen des Steuerpflichtigen muss die Verwaltung über ein Mittel verfügen, um den Steuerbetrag festzusetzen, falls der Steuerpflichtige seiner Abrechnungspflicht nicht oder nur ungenügend nachkommt (vgl. Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission [SRK] vom 5. Januar 2000 publiziert in: Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 64.83 E. 3.b).
Diese Rechtsprechung wurde hernach wiederholt bestätigt ([anstelle vieler] zu Art. 48 aMWSTV Urteil des BVGer A-705/2008 vom 12. April 2010 E. 2.5; zu Art. 60 aMWSTG Urteil des BVGer A-2682/2007 vom 7. Oktober 2010 E. 2.3.1).
Daraus folgt, dass eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen sowohl nach einer internen wie auch nach einer externen Kontrolle bzw. Steuerrevision möglich ist.
Bei der sog. internen Schätzung handelt es sich um eine «provisorische» Schätzung, weil die ESTV sich dabei eine Kontrolle vorbehält (Urteile des BVGer A-4417/2007 vom 10. März 2010 E. 3.1.4, A-2999/2007 vom 12. Februar 2010 E. 4.1.3, A-1641/2008 vom 22. September 2008 E. 4.3).
Die internen Ermessenseinschätzungen beschlugen - gemäss des unter der Herrschaft des alten Mehrwertsteuerrechts geltenden Auseinanderhaltens von Umsatzsteuerforderung und Vorsteueranspruch - stets nur die Umsatzseite; nie geschätzt wurden die Vorsteuern (Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 9. Januar 2001, in: Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 65.107 E. 3a - c; Marlise Rüegsegger, Das Selbstveranlagungsprinzip im Lichte der Rechtsprechung, in: Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 76 S. 356; Ivo P. Baumgartner/Diego Clavadetscher/Martin Kocher, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 8 N. 3; Beatrice Blum/Diego Clavadetscher, Neubeginn in der Mehrwertsteuer, in: zsis) 2009, Monatsflash 8/2009, Ziff. 4.1).
Von der Art der Schätzung ohnehin abzugrenzen ist die Frage, in welche Form die Schätzung gekleidet ist.
3.5 Wurden unter dem bis Ende 2009 geltenden Mehrwertsteuerrecht im Rahmen einer Steuerrevision festgestellte Mängel mittels Ergänzungsabrechnungen korrigiert, galten diese - wie schon unter der Warenumsatzsteuer - nach konstanter Praxis der ESTV und nach verschiedenen Lehrmeinungen nicht als Verfügungen. Die vom Steuerpflichtigen abgerechnete oder mittels Ergänzungsabrechnung festgestellte Steuerschuld erwuchs deshalb nicht in Rechtskraft. Solange die Steuer noch nicht durch einen förmlichen Entscheid der ESTV festgestellt war (Art. 63 aMWSTG), konnten der Steuerpflichtige und die Behörden im Rahmen der fünfjährigen Verjährungsfrist auf die Ergänzungsabrechnung zurückkommen. Für den Steuerpflichtigen galt dies allerdings nur dann, wenn er die Steuerschuld nicht vorbehaltlos bezahlt hatte (vgl. Urteile des BGer 2C_678/2012 vom 17. Mai 2013 E. 2.3, 2C_486/2009 vom 1. Februar 2010 E. 2.3 bis 2.5, 2A.339/2003 vom 18. Februar 2004 E. 4.2 je mit weiteren Hinweisen; Urteile des BVGer A-4978/2012 vom 27. August 2013 E. 2.2, A-1433/2006 vom 18. Februar 2008 E. 3.2, Urteil der SRK vom 2. September 2004 E. 22 bis 24, in: VPB 69.13). Selbst im Falle einer vorbehaltlosen Zahlung blieb eine Rückerstattung freilich dann möglich, wenn die Voraussetzungen für eine Revision gegeben waren (Urteil des BGer 2C_486/2009 vom 1. Februar 2010 E. 2.4).
Nach Art. 9 BV sind staatliche Organe, nach Art. 5 Abs. 3 BV staatliche Organe und Private zum Handeln nach Treu und Glauben aufgerufen (BGE 137 V 394 E. 7.1, 136 I 254 E. 5.2, 134 V 145 E. 5.2, 125 V 373 E. 2b/aa; zur Abgrenzung der beiden Institute Urteil des BGer 1P.701/2004 vom 7. April 2005 E. 4.2, in: ZBl 103/2002 S. 282). Die beiden Verfassungsbestimmungen werden konkretisiert durch das gesetzliche, alle Rechtsbereiche ergreifende Verbot des Rechtsmissbrauchs (Art. 2 Abs. 2 ZGB; BGE 140 III 491 E. 4.2.4, 137 V 394 E. 7.1, 130 II 113 E. 4.2). Als Fallgruppe des Rechtsmissbrauchs betrifft Art. 2 Abs. 2 ZGB auch das widersprüchliche Verhalten (venire contra factum proprium; BGE 140 III 481 E. 2.3.2; 137 III 208 E. 2.5, 125 III 257 E. 2a). Wer sich widersprüchlich oder missbräuchlich verhält oder die Gegenseite täuscht, handelt diesem Gebot zuwider. Ein solches Verhalten verdient keinen Rechtsschutz (Urteil des BGer 2C_334/2014 vom 9. Juli 2015 E. 2.5.1 f.).
5.1 Im vorliegenden Fall hatte die Beschwerdeführerin die Abrechnungen für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 nicht fristgerecht eingereicht, worauf die ESTV mit Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 die Steuerforderung für diese Abrechnungsperioden provisorisch geschätzt und alsdann in Betreibung gesetzt hat. Die Beschwerdeführerin hat es hierbei unterlassen, gegen den entsprechenden Zahlungsbefehl Rechtsvorschlag zu erheben und hat die provisorische Steuerforderung beim zuständigen Betreibungsamt am 11. März 2009 unbestrittenermassen vorbehaltslos bezahlt (vgl. Bst. B).
5.2 Die Vorinstanz stellt sich auf den Standpunkt, die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 könne zufolge vorbehaltsloser Zahlung nicht mehr korrigiert werden.
Die Beschwerdeführerin will die entsprechende Rechtsprechung nicht für Ergänzungsabrechnungen betreffend provisorische Steuerforderungen gelten lassen.
5.3 Soweit ersichtlich betraf die Rechtsprechung zur vorbehaltlosen Zahlung (E. 3.5) diejenige eigener Abrechnungen oder von Ergänzungsabrechnungen, die aufgrund einer externen Kontrolle bzw. Steuerrevision erfolgten.
Im hier zu beurteilenden Fall steht eine Ergänzungsabrechnung zur Diskussion, die erlassen wurde, weil der Steuerpflichtige die Abrechnung (noch) nicht eingereicht hatte, worauf die ESTV eine interne Schätzung vornahm. Die ESTV forderte in der Ergänzungsabrechnung ausdrücklich eine provisorisch geschätzte Steuerforderung ein. Gleichzeitig forderte sie den Steuerpflichtigen auf, die ausstehenden Abrechnungen nachzureichen. Die ESTV behielt sich auch vor, zusätzliche Forderungen, die sich aufgrund von Kontrollen oder Erhebungen ergeben können, innerhalb der Verjährungsfrist noch geltend zu machen. Des Weiteren behielt sie sich eine Kontrolle gemäss Art. 62 aMWSTG ausdrücklich vor. Schliesslich bat sie die Beschwerdeführerin, den Betrag umgehend zu bezahlen, ansonsten ohne weitere Mahnung die Betreibung eingeleitet werde.
Die in der hier strittigen Ergänzungsabrechnung enthaltene Aufforderung der ESTV geht also nicht nur dahin, dass die Beschwerdeführerin die ausstehenden Quartalsabrechnungen nachreicht, sondern die provisorisch geschätzte Steuerforderung auch umgehend begleicht. Insbesondere die Androhung, ohne weitere Mahnung die Betreibung einzuleiten, verleiht der Zahlungsaufforderung Nachdruck. Die Steuerpflichtige kann sich der Pflicht zur Einreichung der ausstehenden Abrechnungen auch nicht durch Zahlung des geltend gemachten provisorisch geschätzten Steuerbetrages entziehen. Die ESTV hat in der Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 zwar keine ausdrückliche Frist zur Einreichung der Abrechnung festgesetzt, sondern lediglich auf die Verjährungsvorschrift von Art. 49 aMWSTG verwiesen. Gleichwohl können die Ausführungen der ESTV nach Treu und Glauben nur dahingehend verstanden werden, dass sie der Steuerpflichtigen zusichert (E. 4), nach Erhalt der entsprechenden Quartalsabrechnung die Steuerforderung zu prüfen bzw. zu korrigieren, dies vorbehältlich der allgemeinen Verjährungsvorschriften. Diese Zusicherung der ESTV macht einen Zahlungsvorbehalt der Steuerpflichtigen überflüssig.
Im Sinne eines Zwischenergebnisses ist somit festzuhalten, dass in der vorliegend zu beurteilenden Konstellation die vorbehaltlose Bezahlung der Ergänzungsabrechnung einer nachträglichen Überprüfung bzw. Festsetzung der geschuldeten Mehrwertsteuer grundsätzlich nicht entgegensteht. Vielmehr hat die ESTV der Beschwerdeführerin die spätere Überprüfung zugesichert, sofern die Beschwerdeführerin die Abrechnungen zeitgerecht nachreicht. Dies gilt umso mehr, als mangels Schätzung der Vorsteuern (E. 3.4) deren Geltendmachung- jedenfalls innerhalb der Verjährungsfrist - ohnehin noch möglich sein muss.
6.1 Strittig ist sodann, ob die Mehrwertsteuer(umsatz)forderung und der Vorsteueranspruch für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (Zeitraum vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) verjährt sind. In einem ersten Schritt ist die Verjährung der «Umsatzsteuerforderung» zu prüfen. Anschliessend ist die Verjährung des Vorsteueranspruchs zu prüfen.
6.2 Die ESTV hat mit Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 die Verjährungsfrist für die Mehrwertsteuer(umsatz)steuerforderung für das 4. Quartal 2007 und 1. Quartal 2008 (Zeitraum vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) unterbrochen. Eine weitere Unterbrechung erfolgte mit den beiden Schreiben der ESTV vom 10. August 2010 und vom 15. Oktober 2010, worin die ESTV den Erhalt der Abrechnung für das 1. Quartal 2008 bestätigt und die Korrektur der Schätzung nach Erhalt der MWST-Abrechnung für das 4. Quartal 2007 in Aussicht stellte.
Damit hat die ESTV die (Festsetzungs)verjährung für die Mehrwertsteuerforderung für das 4. Quartal 2007 sowie das 1. Quartal 2008 unterbrochen (E. 2.5) bzw. bis zum 14. Oktober 2015 verlängert.
Soweit die (Festsetzungs)verjährung mit dem Schreiben vom 16. April 2013 (Erlassgesuch) ebenfalls unterbrochen werden sollte, ist der zeitnahe Erhalt dieser Schreiben seitens der ESTV nicht aktenkundig und ergibt sich auch nicht aus Verhalten der ESTV.
Zu prüfen ist, ob die (Festsetzungs)verjährungsfrist sodann mit dem Schreiben vom 2. Dezember 2013 unterbrochen wurde. Aktenkundig ist ein Exemplar dieses Dokuments mit einem Eingangstempel der ESTV, wobei jedoch nur das Jahr 2013 entziffert werden kann. Es ist also davon auszugehen, dass dieses Schreiben der ESTV im Jahre 2013 zugegangen ist. Diesem Schreiben liegt eine Aufstellung der Beschwerdeführerin über die Umsatzsteuer und die Vorsteuern für die Jahre 2000 bis 2012 bei, aus dem sich der - ihres Erachtens bestehende - Mehrwertsteuersaldo für die jeweilige Abrechnungsperiode ergibt. Im Umfang der darin aufgeführten Umsatzsteuer kann eine Anerkennung der Mehrwertsteuerforderung erblickt werden. Auch angesichts der geringen Anforderungen an die Unterbrechung der Verjährung (vgl. Urteil des BVGer A-666/2012 vom 28. Oktober 2013 E. 4.6 ff.) vermag unter den gegebenen Umständen das genannte Schreiben die Verjährung der geschuldeten Mehrwertsteuerforderung zu unterbrechen (vgl. E. 2.5). Die jüngste Unterbrechung erfolgte durch die Einreichung der Eingabe der Vertreterin vom 29. Juni 2017, der die Abrechnungen für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (nochmals) beigelegt wurden und die in Bezug auf die Umsatzsteuerforderungen als Anerkennung in diesem Umfang interpretiert werden können.
6.3 Mit Bezug auf die Vorsteuern hat die Beschwerdeführerin ihren Vorsteueranspruch für das 4. Quartal 2007 aktenkundig erstmals mit dem Schreiben vom 2. Dezember 2013 geltend gemacht und damit nach Ablauf der anfangs 2008 beginnenden fünfjährigen Frist von Art. 50 Abs. 1 aMWSTG (E. 2.6). In diesem Zeitpunkt war der Vorsteueranspruch bereits verjährt. Somit kann offenbleiben, ob auch die ESTV ihrerseits die Verjährung für den Vorsteueranspruch hätte unterbrechen können, denn dies wäre nur möglich, wenn zuvor seitens der Steuerpflichtigen bereits ein Vorsteueranspruch geltend gemacht worden wäre. Dies war im Zeitpunkt der beiden Schreiben der ESTV vom 10. August 2010 und vom 15. Oktober 2010 nicht der Fall. Ob diese überhaupt geeignet gewesen wären, die Verjährung für einen allfälligen bereits geltend gemachten Vorsteuersteueranspruch zu unterbrechen, kann damit offenbleiben.
Mit Bezug auf den Vorsteueranspruch für das 1. Quartal 2008 hatte die Beschwerdeführerin diesen erstmals mit der entsprechenden Abrechnung am 4. Mai 2010 geltend gemacht. Mit Schreiben vom 2. Dezember 2013 und letztmals mit Schreiben vom 29. Juni 2017 hatte sie die Verjährung für diesen Anspruch unterbrochen (vgl. dazu E. 6.2).
6.4 Gestützt auf die vorstehenden Ausführungen ergibt sich, dass im Zeitpunkt des Erlasses des angefochtenen Entscheids die Mehrwertsteuerforderung für die Umsatzsteuer für das 4. Quartal 2007 und für das 1. Quartal 2008 (Zeitraum vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) sowie der Vorsteueranspruch für das 1. Quartal 2008 noch nicht definitiv festgesetzt oder verjährt gewesen sind. Demgegenüber war der Vorsteueranspruch für das 4. Quartal 2007 verjährt. Daraus folgt, dass die Vorinstanz das Begehren der Beschwerdeführerin vom 29. Juni 2017 mit Bezug auf die Ergänzungsabrechnung Nr. (Nummer) vom 15. August 2008 betreffend die Umsatzsteuer für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) sowie betreffend den Vorsteueranspruch für das 1. Quartal 2008 hätte materiell beurteilen müssen. Die Sprungbeschwerde ist daher teilweise gutzuheissen. Ziff. 1 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung vom 5. September 2017 ist demzufolge teilweise aufzuheben, nämlich mit Bezug auf die Umsatzsteuerforderungen für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (Zeit vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) sowie für den Vorsteueranspruch für das 1. Quartal 2008. Das Verfahren ist in diesem Umfang zur Beurteilung der Höhe der Umsatzsteuer bzw. eines allfälligen Rückerstattungsanspruchs bzw. des Vorsteueranspruchs an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7.1 Die Kosten für das vorliegende Verfahren sind auf Fr. 1'000.- festzusetzen. Das Bundesverwaltungsgericht auferlegt die Verfahrenskosten in der Regel der unterliegenden Partei (Art. 63 Abs. 1 VwVG). In der Verwaltungsrechtspflege des Bundes gilt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu weiteren Abklärungen und neuem Entscheid (mit noch offenem Ausgang) praxisgemäss als Obsiegen der beschwerdeführenden Partei (statt vieler: BGE 132 V 215 E. 6.1; Urteile des BVGer A-3045/2017 vom 25. Juli 2018 E. 6, A-3285/2017 vom 21. Juni 2018 E. 7.1 mit Hinweisen). Das Gleiche gilt bei einer Gutheissung, weil die Vorinstanz zu Unrecht auf Nichteintreten geschlossen hat. Die Beschwerdeführerin obsiegt zu 3/4 und hat somit die Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 250.- zu tragen. Dieser Betrag wird dem geleisteten Kostenvorschuss entnommen. Entsprechend ist der von der Beschwerdeführerin bezahlte Kostenvorschuss von Fr. 1'000.- nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils im Umfang von Fr. 750.- zurückzuerstatten. Der Vorinstanz sind in Anwendung von Art. 63 Abs. 2 VwVG keine Kosten aufzuerlegen.
7.2 Der durch eine Treuhandgesellschaft vertretenen Beschwerdeführerin ist ausgangsgemäss eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 64 Abs. 1 VwVG i.V.m. Art. 7 ff. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht [VGKE, SR 173.320.2]), wobei das Bundesverwaltungsgericht mangels Kostennote unter Berücksichtigung der gesamten Umstände Fr. 1'125.- als angemessen erachtet.
(Das Dispositiv befindet sich auf der nächsten Seite.)
Die Sprungbeschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung der ESTV vom 5. September 2017 wird mit Bezug auf die Mehrwertsteuer(umsatz)steuer für das 4. Quartal 2007 und das 1. Quartal 2008 (Zeitraum vom 1. Oktober 2007 bis 31. März 2008) sowie mit Bezug auf den Vorsteueranspruch für das 1. Quartal 2008 (Zeit vom 1. Januar 2008 bis 31. März 2008) aufgehoben. Das Verfahren wird im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Mit Bezug auf den Vorsteueranspruch für das 4. Quartal 2007 wird die Beschwerde abgewiesen.
Die Verfahrenskosten von Fr. 1'000.- werden im Umfang von Fr. 250.- der Beschwerdeführerin auferlegt und im Umfang von Fr. 750.- auf die Staatskasse genommen. Der von der Beschwerdeführerin geleistete Kostenvorschuss von Fr. 1'000.- wir im Umfang von Fr. 250.- für die Bezahlung der Verfahrenskosten verwendet. Im Umfang von Fr. 750.- ist er nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückzuerstatten.
Die Vorinstanz wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 1'125.- zu bezahlen.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. [Nummer]; Gerichtsurkunde)
(Die Unterschriften und die Rechtsmittelbelehrung befinden sich auf der nächsten Seite.)
Der vorsitzende Richter: Die Gerichtsschreiberin: Michael Beusch Monique Schnell Luchsinger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 BGG). Die Rechtsschrift hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie die beschwerdeführende Partei in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
Versand: