Entscheiddatum: 28.09.2011Publikationsdatum: 11.10.2011
ABundesverwaltungsgerichtTribunal administratif fédéralTribunale amministrativo federaleTribunal administrativ federal Abteilung IA-1145/2011
Urteil vom 28. September 2011 Besetzung Richter Markus Metz (Vorsitz),Richter Michael Beusch, Richterin Salome Zimmermann,Gerichtsschreiber Jürg Steiger. Parteien A._______,Beschwerdeführerin, gegen Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,Vorinstanz. Gegenstand Mehrwertsteuer (Mineralölsteuerrückerstattungen).
A. Mit Schreiben vom 5. Mai 1995 teilte die A._______ mit, sie sei mit verschiedenen von der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV) bekannt gegebenen Praxismitteilungen nicht einverstanden. Sie habe deshalb unter anderem keine Kürzung des Vorsteuerabzugs wegen Subventionen vorgenommen. Ihrer Ansicht nach sei die in Art. 30 Abs. 6 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (aMWSTV, AS 1994 1464) vorgesehene Vorsteuerabzugskürzung verfassungswidrig.
B. Am 12. Oktober 1998 teilte die A._______ mit, sie wolle den strittigen Punkt "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen" zur Vermeidung hoher Verzugszinsforderungen bereinigen. Sie machte aber ausdrücklich darauf aufmerksam, es handle sich dabei um eine rein buchhalterische Bereinigung und ihr Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 bestehe weiterhin. Gemäss ihren Berechnungen schulde sie für den Zeitraum vom 1. Januar 1995 bis 30. Juni 1998 aufgrund der nicht vorgenommenen Kürzungen Steuern in der Höhe von Fr. 3'008'046.77.
C. In der Abrechnung für das 4. Quartal 1998 (Eingang bei der ESTV am 9. Februar 1999) wies die A._______ erneut auf den Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 hin. Ebenfalls in ihrem Begleitbrief vom 26. Mai 1999 zur Abrechnung für das 1. Quartal 1999 bestätigte sie diesen Vorbehalt als weiterhin gültig.
D. Mit Schreiben vom 9. November 2001 teilte die A._______ u.a. mit, sie halte an ihrem Vorbehalt betreffend die Kürzung des Vorsteuerabzugs beim Erhalt von Subventionen gemäss ihrem Schreibem vom 5. Mai 1995 nicht mehr fest. In der Beilage retournierte sie den von der ESTV aufgrund der ergangenen Rechtsprechung erstellten "Fragebogen zur verhältnismässigen Vorsteuerkürzung bei Erhalt von Subventionen im Bereich des öffentlichen Verkehrs". Auch in diesem Fragebogen vermerkte sie, sie halte an ihrer Bestreitung der Rechtmässigkeit der Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Subventionen nicht mehr fest.
E. Mit Schreiben vom 27. Mai 2003 - unter Beilage der Abrechnung für das 1. Quartal 2003 - teilte die A._______ mit, sie rechne die Mineralölsteuerrückerstattungen grundsätzlich nach der Verwaltungspraxis gemäss der Branchenbroschüre (BB) Nr. 10, Konzessionierte Transportunternehmen (KTU), Seilbahnen und Sportbahnen, vom August 2000, Ziff. 8.15, ab. Sie sei jedoch der Meinung, Mineralölsteuerrückerstattungen stellten keine Subventionen dar und demnach sei auch keine Kürzung des Vorsteuerabzugs vorzunehmen. Ihre Zahlung erfolge deshalb unter Vorbehalt der Rechtmässigkeit der erwähnten Praxis der ESTV.
F. An verschiedenen Tagen zwischen dem 5. und 20. Juni 2003 führte die ESTV bei der A._______ eine Kontrolle durch. Mit der Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 284'579 vom 19. Juni 2003 machte die ESTV für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. März 2003 eine Steuernachforderung von Fr. 56'470.-- zuzüglich Verzugszins geltend. Davon ergab sich ein Betrag von Fr. 36'410.60 aufgrund von zehn von der Beschwerdeführerin bei der Deklaration der Vorsteuerabzugskürzung nicht berücksichtigten Mineralölsteuerrückerstattungen. Im Weiteren forderte die ESTV mit der EA Nr. 284'580 vom 20. Juni 2003 Fr 84'468.-- Verzugszins nach. Davon ergaben sich Fr. 17'528.-- Verzugszins aufgrund der erst in der Abrechnung des 4. Quartals 1998 erfolgten Deklaration der Vorsteuerabzugskürzungen infolge Erhalts von Mineralölsteuerrückerstattungen in der Zeit vom 1. Juli 1995 bis 30. September 1998.
G. Mit Eingabe vom 25. Juni 2003 bestritt die A._______ die Steuernachforderungen der ESTV. Ihrer Ansicht nach würden die Mineralölsteuerrückerstattungen keine Subvention darstellen. Am 12. Januar 2004 erliess die ESTV einen anfechtbaren Entscheid bezüglich der Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 (Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. März 2003). Sie hielt darin an ihren Steuernachforderungen gemäss den EA Nr. 284'579 vom 19. Juni 2003 und EA Nr. 284'580 vom 20. Juni 2003 fest.
H. Gegen diesen Entscheid erhob die A._______ am 19. Januar 2004 Einsprache. Mit Schreiben vom 21. Mai 2004 forderte die ESTV die A._______ auf, ihre Einsprache zu verbessern, da diese weder ein konkretes Begehren noch eine sachbezogene Begründung enthalte. Dieser Aufforderung kam die A._______ am 1. Juni 2004 nach. Sie beantragte die Aufhebung des Entscheids der ESTV vom 12. Januar 2004 bezüglich der Nachforderungen im Zusammenhang mit den Mineralölsteuerrückerstattungen. Sie ersuchte die ESTV zudem, den Ausgang eines hängigen Pilotverfahrens abzuwarten und bis dahin keinen Einspracheentscheid zu treffen.
I. Mit Schreiben vom 4. Februar 2008 forderte die ESTV die A._______ auf, mittels Unterschrift und Rücksendung einer vorbereiteten Erklärung die Unterbrechung der Verjährung anzuerkennen. Die A._______ kam diesem Anliegen am 29. Februar 2008 nach. Mit Schreiben vom 22. Dezember 2008 unterbrach die ESTV zudem die Verjährung für die Gesamtheit ihrer Steuerforderungen (inkl. Verzugszins) gegenüber der A._______ für die Zeit ab dem 1. April 2003.
J. Am 20. April 2010 teilte die A._______ mit, gestützt auf das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1668/2006 vom 16. November 2009 (auszugsweise veröffentlicht in BVGE 2010/6) würden Rückerstattungen der Mineralölsteuer als Subventionen gelten. Es sei in der Folge eine Kürzung des Vorsteuerabzugs vorzunehmen, jedoch nur im Umfang des für die KTU geltenden Pauschalsatzes von 2,2% resp. 2,7% (ab Januar 1999) des Subventionsbetrags. Da sowohl ihre Deklaration der Vorsteuerabzugskürzungen als auch die Nachbelastung durch die ESTV mit den damals geltenden Normalsteuersätzen von 6,5%, 7,5% sowie 7,6% anstatt mit den genannten Pauschalsätzen berechnet worden seien, müssten die Vorsteuerabzugskürzungen korrigiert werden. Die A._______ änderte ihr Rechtsbegehren und beantragte neu, für die Steuerperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 seien ihr Fr. 395'122.-- zuzüglich Vergütungszins zurückzuerstatten. Im Weiteren habe ihr die ESTV - ausserhalb des Einspracheverfahrens - für die Steuerperioden vom 2. bis 4. Quartal 2003 Fr. 64'656.-- zuzüglich Vergütungszins zurückzubezahlen.
K. In ihrem Einspracheentscheid vom 18. Januar 2011 hiess die ESTV die Einsprache im Umfang von Fr. 23'285.-- gut. Im Weiteren erkannte sie, der Entscheid vom 12. Januar 2004 sei im Umfang von Fr. 87'000.-- in Rechtskraft erwachsen. Im Übrigen wies sie die Einsprache ab. Zur Begründung führte die ESTV im Wesentlichen aus, die A._______ habe mit ihrer Einsprache vom 19. Januar 2004 (und deren Präzisierung vom 1. Juni 2004) den Entscheid vom 12. Januar 2004 im Umfang von Fr. 53'938.-- angefochten. Demgegenüber habe die A._______ mit ihrer Eingabe vom 20. April 2010 Steuerrückforderungen von Fr. 395'122.-- sowie Fr. 64'656.-- zuzüglich Vergütungszins geltend gemacht. Da ein enger Zusammenhang zum bisherigen Streitgegenstand bestehe, sei es gerechtfertigt, die neu gestellten Anträge zu behandeln und den Streitgegenstand insoweit auszudehnen. Die A._______ habe für die Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2002 die Kürzung des Vorsteuerabzugs aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen vorbehaltlos deklariert. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei deshalb bereits aus diesem Grund keine Rückerstattung möglich. Zudem habe die A._______ die Vorsteuerabzugskürzungen für die Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 verspätet deklariert, nämlich erst im 4. Quartal 1998. Aus diesem Grund habe die ESTV die Verzugszinsforderung zu Recht gestellt. Im Weiteren korrigierte die ESTV die mit ihrem Entscheid vom 12. Januar 2004 nachbelasteten Kürzungen des Vorsteuerabzugs betreffend zehn Mineralölsteuerrückerstattungen, welche die A._______ in den Jahren 1995-1998 nicht berücksichtigt hatte. Neu nahm die ESTV eine Kürzung des Vorsteuerabzugs unter Anwendung des Pauschalsatzes von 2,2% statt des Normalsteuersatzes von damals 6,5% vor. Sie hiess die Einsprache deshalb im Umfang von Fr. 23'285.-- gut.
L. Am 16. Februar 2011 liess die A._______ (Beschwerdeführerin) Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 18. Januar 2011 an das Bundesverwaltungsgericht führen mit dem folgenden Antrag: "Der Einspracheentscheid der ESTV vom 18. Januar 2011 sei aufzuheben und der Beschwerdeführerin sei für die Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 ein Steuerguthaben von Fr. 292'069.-- zuzüglich Vergütungszins - ab wann rechtens - auszubezahlen. Unter Kosten- und Entschädigungsfolge."
Zur Begründung brachte die Beschwerdeführerin insbesondere vor, mit ihrer Einsprache vom 19. Januar 2004 (verbessert am 1. Juni 2004) habe sie nicht bloss die Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund der zehn in der EA Nr. 284'579 aufgelisteten Mineralölsteuerrückerstattungen bestritten, sondern die mehrwertsteuerliche Behandlung der Mineralölsteuerrückerstattungen als solche während der gesamten kontrollierten Zeitdauer. Mit ihrem Schreiben vom 20. April 2010 habe sie ihr Rechtsbegehren aufgrund der in der Zwischenzeit ergangenen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts angepasst. Sie habe aber damit nicht etwa eine Ausweitung des Streitgegenstandes vorgenommen, wie dies die ESTV behaupte, sondern den Streitgegenstand auf die Berechnung der für die kontrollierten Abrechnungsperioden vorzunehmende Kürzung des Vorsteuerabzugs beschränkt. Eine Ausweitung des Streitgegenstands stelle hingegen die von der ESTV erkannte Ausdehnung auf die Abrechnungsperioden vom 2. bis 4. Quartal 2003 dar. In ihrem Schreiben vom 20. April 2010 habe sie zwar auch bezüglich diesen Steuerperioden eine Korrektur verlangt, aber ausdrücklich darauf hingewiesen, dies geschehe ausserhalb des Streitgegenstands der Einsprache. Eine Ausdehnung des Streitgegenstands habe sie nie beantragt.
Im Weiteren macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe die Rechtmässigkeit der Kürzung des Vorsteuerabzugs aufgrund von Subventionen bereits in ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 bestritten und diesen Vorbehalt in der Folge aufrechterhalten. Der von ihr im Fragebogen der ESTV erklärte Rückzug habe den Vorbehalt bezüglich der Rechtmässigkeit der Vorsteuerabzugskürzung aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen nicht erfasst. Der Fragebogen der ESTV habe zu diesem Punkt gar keine Ausführungen enthalten. Dabei sei zu beachten, dass im Zeitpunkt der Zustellung des Fragebogens bei der ESTV bereits mehrere Verfahren betreffend die Vorsteuerabzugskürzung aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen hängig gewesen seien, so insbesondere auch das Pilotverfahren, welches mit dem Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1668/2006 vom 16. November 2009 seinen Abschluss gefunden habe. Es sei für sie deshalb nicht nachvollziehbar, wie die ESTV zum Schluss komme, die Deklaration und Bezahlung der Vorsteuerabzugskürzungen sei vorbehaltlos erfolgt. Doch selbst wenn das Bundesverwaltungsgericht diese Ansicht teile, handle es sich um ein hängiges Verfahren, auf das die durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1668/2006 vom 16. November 2009 angepasste Praxis zur Berechnung der Kürzung des Vorsteuerabzugs anzuwenden sei. Die ESTV habe mit der Kontrolle und den vorgenommenen Korrekturen ein Verfahren eröffnet. Streitgegenstand sei dabei die Steuerforderung der kontrollierten Perioden und nicht bloss einzelne Mineralölsteuerrückerstattungen. Sie habe Anspruch darauf, dass die Vorsteuerabzugskürzungen mit der Pauschale von 2,2% resp. 2,7% berechnet würden. Für die Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2000 habe sie einen Rückforderungsanspruch von Fr. 280'859.-- für zu hoch berechnete Vorsteuerabzugskürzungen sowie einen solchen von Fr. 11'210.-- für zu viel erhobene Verzugszinse.
M. In ihrer Vernehmlassung vom 2. Mai 2011 schloss die ESTV auf Abweisung der Beschwerde unter Kostenfolge zulasten der Beschwerdeführerin. Zur Begründung hielt sie an ihrem bisherigen Standpunkt fest und legte zudem dar, im Zeitpunkt als sie der Beschwerdeführerin den Fragebogen "zur verhältnismässigen Vorsteuerkürzung bei Erhalt von Subventionen im Bereich des öffentlichen Verkehrs" zugestellt habe, sei bei ihr das Pilotverfahren A-1668/2009 zur Kürzung des Vorsteuerabzugs aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen noch nicht hängig gewesen. Als Nachweis reichte die ESTV u.a. Akten in einem "vertraulichen Dossier" ein.
N. Mit Schreiben vom 6. Mai 2011 teilte die Beschwerdeführerin mit, die ESTV habe mit ihrer Vernehmlassung neue Dokumente in das Verfahren eingebracht. Sie verlange deshalb Akteneinsicht in die amtl. Akten Nr. 30 bis 32. Im Weiteren habe die ESTV ein "vertrauliches Dossier" zu einem Verfahren mit der Prozessnummer A-1668/2009 eingereicht. Dieses Verfahren sei ihr gänzlich unbekannt. Ihrer Ansicht nach sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1668/2006 vom 16. November 2009 als Pilotverfahren anzusehen. Um ihrem Anspruch auf rechtliches Gehör zu genügen, sei ihr auch Einsicht in das "vertrauliche Dossier" zu gewähren, d.h. in Nr. 33 der amtl. Akten.
O. Am 28. Juni 2011 nahm die ESTV Stellung zur Eingabe der Beschwerdeführerin vom 6. Mai 2011. Sie legte dar, hinsichtlich der amtl. Akten Nr. 30 bis 32 habe sie gegen eine Akteneinsicht nichts einzuwenden. Im Weiteren könne das "vertrauliche Dossier" (amtl. Akten Nr. 33) ersatzlos aus den Akten entfernt werden. Sie habe sich in ihrer Vernehmlassung vom 2. Mai 2011 bei der Angabe der Verfahrensnummer des Pilotverfahrens verschrieben. Sie habe das Verfahren A-1668/2006 gemeint. Im Weiteren habe sie im "vertraulichen Dossier" versehentlich nicht die Unterlagen zu diesem Verfahren, sondern solche zu einem Verfahren eingereicht, das von den steuerpflichtigen Personen als Pilotverfahren bezeichnet worden sei. Aus diesen Gründen beantrage sie die ersatzlose Entfernung des "vertraulichen Dossiers" aus den Akten.
P. Am 8. Juli 2011 teilte die Beschwerdeführerin mit, aufgrund der Stellungnahme der ESTV vom 28. Juni 2011 verzichte sie auf eine Einsicht in das "vertrauliche Dossier" und beantrage nur noch eine solche in die amtl. Akten Nr. 30 bis 32. Mit Verfügung vom 11. Juli 2011 gewährte das Bundesverwaltungsgericht der Beschwerdeführerin die verlangte Akteneinsicht in die amtl. Akten Nr. 30 bis 32. Zudem wies es - gemäss dem Antrag der ESTV - das "vertrauliche Dossier" (amtl. Akten Nr. 33) mangels Relevanz für das vorliegende Verfahren aus den Akten und sandte es der Vorinstanz zurück.
Auf die Eingaben der Parteien wird - soweit entscheidwesentlich - im Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
1.1. Gemäss Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG, SR 173.32) beurteilt das Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG, SR 172.021), sofern keine Ausnahme nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die ESTV ist eine Behörde im Sinne von Art. 33 VGG. Das Bundesverwaltungsgericht ist daher für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig. Soweit das VGG nichts anderes bestimmt, richtet sich gemäss dessen Art. 37 das Verfahren nach dem VwVG. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG, SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Soweit der Sachverhalt vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2003 betroffen ist, untersteht das vorliegende Verfahren deshalb in materieller Hinsicht dem Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (aMWSTG, AS 2000 1300). Für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 2000 finden ferner die Bestimmungen der aMWSTV Anwendung (Art. 93 und 94 aMWSTG).
Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinn von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar. Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 MWSTG insofern restriktiv auszulegen, als gemäss höchstrichterlicher Rechtsprechung nur eigentliche Verfahrensnormen sofort auf hängige Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von neuem materiellen Recht auf altrechtliche Sachverhalte kommen darf (ausführlich: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1113/2009 vom 23. Februar 2010 E. 1.3.3.2). Kein Verfahrensrecht in diesem engen Sinn stellt im vorliegenden Fall etwa das Selbstveranlagungsprinzip dar, so dass vorliegend diesbezüglich noch altes Recht anwendbar ist. Keine Anwendung finden deshalb beispielsweise Art. 71 oder 72 MWSTG, obwohl sie unter dem Titel "Verfahrensrecht für die Inland- und die Bezugsteuer" stehen (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 7652/2009 vom 8. Juni 2010 E. 1.3, A 4146/2009 vom 9. März 2010 E. 1.3, A 4360/2008 vom 4. März 2010 E. 1.2).
1.3. Das Bundesverwaltungsgericht kann den angefochtenen Einspracheentscheid vom 18. Januar 2011 grundsätzlich in vollem Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung von Bundesrecht (Art. 49 Bst. a VwVG) und der unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 Bst. b VwVG) auch die Rüge der Unangemessenheit erheben (Art. 49 Bst. c VwVG; vgl. André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 2.149).
1.4.
1.4.1. Der Entscheid der ESTV vom 12. Januar 2004 umfasst die Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 (Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. März 2003). Die ESTV bestätigte darin die Rechtmässigkeit der Nachforderung von Fr. 56'470.-- zuzüglich Fr. 84'468.-- Verzugszins. Die Nachforderung ergab sich im Umfang von Fr. 36'410.60 aufgrund nicht vorgenommener Vorsteuerabzugskürzungen, da - gemäss Ansicht der ESTV - die Beschwerdeführerin bei ihren Abrechnungen zehn Mineralölsteuerrückerstattungen nicht berücksichtigt habe. Im Weiteren ergab sich die Verzugszinsforderung im Betrag von Fr. 17'528.-- aus verspätet deklarierten Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen.
Der Einspracheentscheid der ESTV vom 18. Januar 2011 umfasst dagegen die Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2003 (Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 2003), da die ESTV auch Anträge der Beschwerdeführerin betreffend das 2. bis 4. Quartal 2003 (vgl. Einspracheergänzung vom 20. April 2010, Ziff. 3b) in ihrem Einspracheentscheid behandelt hat. Im Weiteren beurteilte die ESTV in ihrem Einspracheentscheid im Zusammenhang mit der Frage der Vorsteuerabzugskürzung bei Mineralölsteuerrückerstattungen nicht nur die Rechtmässigkeit der Nachforderung von Fr. 36'410.60 aufgrund der erwähnten zehn Mineralölsteuerrückerstattungen sowie der Verzugszinse von Fr. 17'528.--, sondern Steuerrückforderungen der Beschwerdeführerin in der Höhe von Fr. 395'122.-- zuzüglich Vergütungszins (betreffend die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 31. März 2003) sowie von Fr. 64'656.-- zuzüglich Vergütungszins (betreffend die Zeit vom 1. April bis 31. Dezember 2003). Im Vergleich zu ihrem Entscheid vom 12. Januar 2004 hat die ESTV in ihrem Einspracheentscheid den Streitgegenstand demnach sowohl in sachlicher als auch in zeitlicher Hinsicht ausgedehnt. Zu prüfen ist, ob diese Ausdehnung zulässig war.
1.4.2. Das Einspracheverfahren wird der nachträglichen verwaltungsinternen Rechtspflege zugerechnet und nicht der eigentlichen streitigen Verwaltungsrechtspflege. Die Einsprache ist daher auch kein devolutives Rechtsmittel, das die Entscheidungszuständigkeit an eine Rechtsmittelinstanz übergehen lässt (vgl. BGE 132 V 368 E. 6.1). Das Einspracheverfahren zielt darauf ab, ungenügende Abklärungen oder Fehlbeurteilungen, aber auch Missverständnisse, die den angefochtenen Verwaltungsverfügungen zugrunde liegen, in einem kostenlosen und weitgehend formlosen Verfahren auszuräumen, ohne dass die übergeordneten Gerichte angerufen werden müssen (BGE 131 V 407 E. 2.1.2.1 mit Hinweisen). Damit soll ein einfaches und rasches verwaltungsinternes Verfahren gewährleistet werden. Dies schliesst ergänzende Sachverhaltsabklärungen im Einspracheverfahren nicht aus. Denn in diesem Verfahren kann die Verwaltung die angefochtene Verfügung nochmals überprüfen und über die strittigen Punkte entscheiden, bevor allenfalls die Beschwerdeinstanz angerufen wird (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 2998/2009 vom 11. November 2010 E. 2.9). Spätestens im Einspracheverfahren hat die Verwaltung jedoch in rechtsgenüglicher Form Gelegenheit zu geben, sich zu den getroffenen Beweismassnahmen inhaltlich wie auch zum Verfahren zu äussern (BGE 132 V 387 E. 4.1, 121 V 155 E. 5b; BVGE 2007/27 E. 5.5.1 S. 321). Es ist deshalb der ESTV zwar verwehrt, Steuerperioden zum Gegenstand des Einspracheverfahrens zu machen, über die sie noch nicht in einem Entscheid befunden hat, denn in diesem Fall würde eine unzulässige Ausdehnung des Streitgegenstandes vorliegen. Aufgrund der Besonderheit des Einspracheverfahrens als verwaltungsinternes Verfahren ist es dagegen nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zulässig, wenn der Verfahrensgegenstand im Einspracheentscheid - im Vergleich zum Erstentscheid - auf andere Steuernachforderungen (innerhalb der gleichen Steuerperioden) ausgedehnt wird (BGE 123 II 385 E. 2, nicht publiziert; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 7745/2010 vom 9. Juni 2011 E. 3.2, A 2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.4.2.2, A-1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 3.3).
1.4.3. Nach dem Gesagten war es der ESTV verwehrt, den Streitgegenstand in zeitlicher Hinsicht auszudehnen. Soweit der Einspracheentscheid die Zeit vom 1. April bis 31. Dezember 2003 umfasst, ist er deshalb aufzuheben, die Sache an die ESTV zurückzuweisen und die Beschwerde insoweit gutzuheissen. Innerhalb der Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 war dagegen die Ausdehnung des Streitgegenstandes auf die von der Beschwerdeführerin zusätzlich geltend gemachten Steuerrückforderungen zulässig.
2.1. Die aMWSTV und das aMWSTG stellen hohe Anforderungen an den Steuerpflichtigen, indem sie ihm wesentliche, in anderen Veranlagungsverfahren der Steuerbehörde obliegende Vorkehren übertragen (sog. Selbstveranlagungsprinzip; vgl. Art. 37 f. aMWSTV bzw. Art. 46 f. aMWSTG, vgl. Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.). So hat er selber zu bestimmen, ob er die Voraussetzungen für die Steuerpflicht erfüllt (Art. 45 aMWSTV, Art. 56 aMWSTG), und er ist für die korrekte (vollständige und rechtzeitige) Deklaration und die Ablieferung des geschuldeten Mehrwertsteuerbetrags verantwortlich (Art. 34 ff. aMWSTV, Art. 43 ff. aMWSTG; vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.109/2005 vom 10. März 2006 E. 2.1; statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 6150/2007 vom 26. Februar 2009 E. 2.4, A-1636/2006 und A 1637/2006 vom 2. Juli 2007 E. 2.1). Bei verspäteter Zahlung wird ohne Mahnung ein Verzugszins geschuldet (Art. 38 Abs. 2 aMWSTV bzw. Art. 47 Abs. 2 aMWSTG).
Als Folge des Selbstveranlagungsprinzips ist der Steuerpflichtige auch an seine Abrechnung gebunden, wenn er in Bezug auf Steuerpflicht, Steuerbetrag, Abzüge usw. keinen Vorbehalt anbringt. Er kann deshalb auf die Abrechnung bzw. Selbstveranlagung - ausser in den gesetzlich vorgesehenen Fällen - nicht mehr zurückkommen (Urteile des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, veröffentlicht in Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA] 74 S. 672 E. 3.4.3.3, 2C_356/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-3198/2009 vom 2. September 2010 E. 2.4.1, A-6743/2009 vom 3. Mai 2010 E. 3.1, A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 2.4, A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.2).
2.2. Der Abrechnung des Steuerpflichtigen kommt zwar nicht die Bedeutung eines verbindlichen Entscheids zu; die Wirkungen der Selbstveranlagung gegenüber dem Pflichtigen entsprechen jedoch weitgehend denjenigen einer rechtskräftigen Verfügung, wenn dieser keinen Vorbehalt angebracht und damit kundgetan hat, dass er die eigene Erklärung gegen sich selber gelten lassen will (Urteil des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, a.a.O., E. 3.4.3.4, bestätigt in 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 5.3 und 2C_256/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2; BGE 135 II 274 E. 5.3.2; vgl. auch Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.2, A-1391/2006 vom 16. Januar 2008 E. 2.2). Die Bindungswirkung erfolgt nicht aus der (allenfalls gesetzwidrigen) Verwaltungspraxis, sondern aus der vorbehaltlosen Deklaration (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 vom 16. März 2005 E. 5.3, 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.8).
2.3. Nach Lehre und Rechtsprechung ist der Vorbehalt zunächst eine einseitige Willensäusserung seitens des Steuerpflichtigen, wobei an die (formellen) Voraussetzungen keine hohen Anforderungen zu stellen sind. Der schlichte Hinweis "unter Vorbehalt" oder lediglich "Vorbehalt" am entsprechenden richtigen Ort auf der Abrechnung wäre ausreichend (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.3; Sandra Knopp Pisi, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der Mehrwertsteuer - insbesondere die Bedeutung der Abrechnung mit oder ohne Vorbehalt, veröffentlicht in ASA 74 S. 389 ff., S. 394 Ziff. 3.2). Mit dem Vorbehalt wird die geltende Praxis bestritten, genauer gesagt die selbstdeklarierte Steuerforderung aufgrund der geltenden und vom Steuerpflichtigen bestrittenen Praxis (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.5).
2.4. Mit Bezug auf Praxisänderungen ist das Bundesgericht stets davon ausgegangen, dass eine Rückerstattung und somit die rückwirkende Anwendung einer neuen (milderen) Praxis nur in Frage kommt, wenn der Mehrwertsteuerpflichtige den nach der früheren Praxis geschuldeten Steuerbetrag rechtswirksam angefochten oder unter Vorbehalt bezahlt hat (Urteil des Bundesgerichts vom 2. Juni 2003, a.a.O., E. 3.4.3.7; so bereits BGE 102 Ib 45 E. 1b). Ein Steuerpflichtiger, der bisher vorbehaltlos aufgrund der alten Verwaltungspraxis die Mehrwertsteuer abgerechnet hat, kann sie somit bei einer Änderung der Praxis nicht zurückfordern (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern, 2003, Rz. 1734).
Dies verstösst nicht gegen das Rechtsgleichheitsgebot gemäss Art. 8 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (BV, SR 101), welches verlangt, dass gleiche Sachverhalte mit gleichen relevanten Tatsachen gleich zu behandeln sind. Eine Praxisänderung führt immer dazu, dass die neuen Fälle anders behandelt werden als die alten. Das Gebot der Rechtsgleichheit verlangt lediglich, dass die der alten und die der neuen Praxis unterliegenden Fälle je gleich behandelt werden. "Eine Verletzung von Art. 8 BV könnte allenfalls in Frage kommen, wenn die Behörde nach erfolgter Praxisänderung einzelne, noch nicht erledigte Fälle nach der alten Praxis oder andere, bereits erledigte Fälle nach der neuen Praxis behandeln würde" (Urteil des Bundesgerichts 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.7 f. mit weiteren Hinweisen; BVGE 2007/14 E. 2.4; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 382/2010 vom 21. September 2010 E. 2.5.3, A-4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 2.4, A-1391/2006 vom 16. Januar 2008 E. 2.2).
Zusammenfassend gibt eine steuerpflichtige Person, die einen Vorbehalt anbringt, zu erkennen, sie bestreite die geltende Praxis und damit die Steuer und sie strenge hierüber implizit den Erlass eines anfechtbaren Entscheids an. Vorbehalte, die diese Voraussetzungen nicht erfüllen, müssen im Mehrwertsteuerrecht als unbegründet und unzulässig betrachtet werden. Dies gilt namentlich auch für einen Vorbehalt, der lediglich im Sinne einer Absicherung angebracht wird und den Steuerpflichtigen vor dem Risiko allfälliger zukünftiger Praxis-, Rechtsprechungs- oder Gesetzesänderungen schützen soll. Aufgrund der Komplexität der Materie und der Tatsache, dass der Steuerpflichtige an die Bezahlung der Steuer ohne Vorbehalt gebunden ist, ist das Anbringen eines Vorbehalts durchaus nachvollziehbar (vgl. auch Othmar Sieber, Wirkung der vorbehaltlosen Zahlung einer Ergänzungsabrechnung; Ungleich lange Spiesse bei der MWST?, veröffentlicht in: Der Schweizer Treuhänder 2004 S. 891 f. Ziff. 2.1). Dies vermag aber an den genannten Anforderungen an einen begründeten und zulässigen Vorbehalt nichts zu ändern (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A 1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.6).
3.1. Lieferungen und Dienstleistungen unterliegen der Mehrwertsteuer nur, wenn sie gegen Entgelt erbracht werden (Art. 4 aMWSTV, Art. 5 aMWSTG). Damit überhaupt ein steuerbarer Umsatz vorliegt, ist ein Austausch von Leistungen notwendig. Dies verlangt, dass einer Leistung eine Gegenleistung (Entgelt) gegenüber steht. Die Entgeltlichkeit - vom Eigenverbrauch abgesehen - stellt ein unabdingbares Tatbestandsmerkmal einer mehrwertsteuerlichen Leistung dar. Besteht zwischen Leistungserbringer und -empfänger kein Austauschverhältnis in diesem Sinne, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht in den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer (statt vieler: Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.2 f. und A-6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.2.1). Die Annahme eines solchen Leistungsaustauschs setzt voraus, dass zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung gegeben ist (BGE 132 II 353 E. 4.1 und 126 II 443 E. 6a; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 8058/2008 vom 13. Januar 2011 E. 3.1, A-5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.3).
3.2. Subventionen und andere Beiträge der öffentlichen Hand gehören nicht zum Entgelt. Diese fliessen nicht in die Bemessungsgrundlage ein und unterliegen der Steuer nicht (Art. 26 Abs. 6 Bst. b aMWSTV, Art. 33 Abs. 6 Bst. b aMWSTG). Die Steuerbefreiung des von den KTU verwendeten Treibstoffs, die über den Weg der Rückerstattung der Treibstoffzölle, der Mineralölsteuern und der Mineralölsteuerzuschläge erfolgt, stellt gemäss Rechtsprechung eine Subventionen im mehrwertsteuerlichen Sinn dar (vgl. BVGE 2010/6 E. 6; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-654/2008 vom 7. September 2010 E. 2.2, A 6834/2007 und A 6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 3.1).
Der Vorsteuerabzug ist verhältnismässig zu kürzen, wenn ein Steuerpflichtiger Subventionen oder andere Beiträge der öffentlichen Hand erhält (Art. 30 Abs. 6 aMWSTV, Art. 38 Abs. 8 aMWSTG). Diese Vorsteuerabzugskürzung bei Subventionen ist in höchstrichterlicher Rechtsprechung für die Herrschaft der aMWSTV und durch den Gesetzgeber für jene des aMWSTG geschützt worden (BGE 126 II 443 E. 6b, c und 132 II 353 E. 4.3, 7.1; BVGE 2010/6 E. 3.2.1).
3.3.
3.3.1. Für den Zeitraum von 1995 bis 2000 war gemäss Branchenbroschüre "Konzessionierte Transportunternehmen" (herausgegeben von der ESTV im Februar 1995) zur aMWSTV eine besondere Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung bei Subventionen noch nicht vorgesehen (vgl. Ziff. 2.20 der BB). Beruhend auf einer Abmachung mit dem Bundesamt für Verkehr (BAV) aus dem Jahr 1995, hat die ESTV dennoch die Vorsteuerabzugskürzung anhand eines Pauschalsatzes von 2,2% berechnet. Die Berechnung erfolgte anhand einer Multiplikation der Betriebsbeiträge inklusive der Steuerrückerstattungen mit dem Pauschalsatz. Dieser betrug von 1995 bis 1998 2,2% und von 1999 bis 2000 2,7%. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Pauschalsatzmethode zur Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung zum Satz von 2,2%, respektive 2,7% als zulässig anerkannt. Im Weiteren hat es erkannt, der Pauschalsatz gelte uneingeschränkt für alle Subventionen für den Betrieb von KTU und somit auch für Steuerrückerstattungen der Treibstoffzölle, der Mineralölsteuern und der Mineralölsteuerzuschläge. Auch hier sei der Pauschalsatz anzuwenden und nicht der Normalsteuersatz. In verschiedenen Fällen korrigierte das Bundesverwaltungsgericht deshalb die Vorsteuerabzugskürzung der ESTV (vgl. dazu Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A-654/2008 vom 7. September 2010 E. 2.4 und 3.2.1, A 6834/2007 und A 6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 4.1, A-1668/2006 vom 16. November 2009 E. 7.3 und E. 7.4).
3.3.2. Für die Jahre 2001 bis 2003 war die Branchenbroschüre Nr. 10, a.a.O., massgeblich. Diese sah Folgendes vor: Erhielt eine KTU Betriebsbeiträge der öffentlichen Hand, hatte sie die Vorsteuerabzugskürzung nach dem von der ESTV zusammen mit dem BAV festgelegten Pauschalsatz zu ermitteln. Die Berechnung der Vorsteuerkürzung erfolgte aufgrund der erhaltenen Betriebssubventionen multipliziert mit dem Pauschalsatz von 2,7% (vgl. Ziff. 4.2 der BB). Für Rückerstattungen von fiskalischen Belastungen auf Treibstoffen, welche die KTU auf konzessionierten Fahrten für motorische Zwecke verwenden, bestimmte die Branchenbroschüre (Ziff. 8.15) ausdrücklich, dass die Vorsteuerabzugskürzung mit dem anzuwendenden Pauschalsatz von 2,7% nicht abgegolten war. Im angeführten Berechnungsbeispiel erfolgte die Vorsteuerkürzung infolge Mineralölsteuerrückerstattungen zum Satz von 7,6% (der Rückerstattung brutto). Von 2001 bis 2003 ist demnach die Kürzung des Vorsteuerabzugs zum Normalsteuersatz von 7,6% vorzunehmen. Das Bundesverwaltungsgericht hat diese Verwaltungspraxis bereits wiederholt bestätigt (Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A 654/2008 vom 7. September 2010 E. 2.5, A-6834/2007 und A 6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 4.2).
4.1. Mit Schreiben vom 5. Mai 1995 reichte die Beschwerdeführerin ihre Abrechnung für das 1. Quartal 1995 ein und teilte u.a. mit, sie sei mit der Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen nicht einverstanden und nehme deshalb auch keine solche vor. Am 12. Oktober 1998 legte die Beschwerdeführerin dar, um Verzugszinsforderungen zu vermeiden, wolle sie die bis anhin nicht abgerechnete Steuer betreffend den strittigen Punkt "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen" bereinigen. Es handle sich bei dieser Lösung aber nur um eine buchhalterische Bereinigung. Sie halte an ihrem Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 fest. Die Beschwerdeführerin führte für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis 30. Juni 1998 erhaltene Subventionen von insgesamt Fr. 138'969'848.76 auf. Darin waren aber gemäss ihrer Auflistung die Subventionen aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen nicht enthalten. Auf der Abrechnung für das 4. Quartal 1998, in der die Beschwerdeführerin u.a. die Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund der in den Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 erhaltenen Mineralölsteuerrückerstattungen nachdeklarierte, brachte sie erneut den Vermerk "Vorbehalt gemäss Schreiben vom 5. Mai 1995" an. Im Weiteren bestätigte die Beschwerdeführerin diesen Vorbehalt auch in Bezug auf die Abrechnung für das 1. Quartal 1999. In ihrer Eingabe vom 9. November 2001 zog sie indessen den Vorbehalt wie folgt zurück: "Mit unserem Schreiben vom 5. Mai 1995 haben wir folgende Vorbehalte geltend gemacht: Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen (...). An unserer Bestreitung zu diesen Punkten halten wir nicht mehr fest". Als Beilage zu diesem Schreiben reichte die Beschwerdeführerin den Fragebogen der ESTV "zur verhältnismässigen Vorsteuerkürzung bei Erhalt von Subventionen im Bereich des öffentlichen Verkehrs" ein. Darin bestätigte sie, sie halte an der Bestreitung der Verfassungsmässigkeit der Vorsteuerabzugskürzung beim Erhalt von Subventionen nicht mehr fest. Schliesslich reichte die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 27. Mai 2003 die Abrechnung für das 1. Quartal 2003 ein. Darin brachte sie einen Vorbehalt hinsichtlich der Rechtmässigkeit der Praxis der ESTV an, bei Mineralölsteuerrückerstattungen den Vorsteuerabzug zu kürzen.
4.2.
4.2.1. Die Würdigung der vorliegenden Unterlagen ergibt, dass die Beschwerdeführerin am 5. Mai 1995 hinsichtlich der Rechtmässigkeit der Kürzung des Vorsteuerabzugs beim Erhalt von Subventionen einen Vorbehalt angebracht hat. In der Folge hat die Beschwerdeführerin diesen wiederholt bestätigt. Am 9. November 2001 hat sie ihn aber zurückgenommen. In ihrem Schreiben vom 9. November 2001 führte die Beschwerdeführerin nämlich explizit aus, sie halte u.a. an der diesbezüglichen Bestreitung vom 5. Mai 1995 nicht mehr fest. Sie hat demnach den Vorbehalt im gleichen Umfang zurückgenommen, wie sie ihn am 5. Mai 1995 gestellt hatte. Es handelt sich damit um einen vollständigen Rückzug des gemachten Vorbehalts. Aus diesem Grund kann offen bleiben, ob der Vorbehalt vom 5. Mai 1995 auch die Rechtmässigkeit der Kürzung des Vorsteuerabzugs beim Erhalt von Mineralölsteuerrückerstattungen mit umfasst hat. Selbst wenn die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 (auch) einen diesbezüglichen Vorbehalt angebracht hätte, hat sie (auch) diesen mit ihrem Schreiben vom 9. November 2001 zurückgezogen.
Nach dem Gesagten hat die Beschwerdeführerin bei den von ihr für die Abrechnungsperioden vom 3. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2002 deklarierten Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen keinen Vorbehalt angebracht, der noch zu berücksichtigen wäre. Auf diese vorbehaltlose Deklarationen kann damit nicht mehr zurückgekommen werden. Einen Vorbehalt brachte die Beschwerdeführerin erst mit ihrem Schreiben vom 27. Mai 2003 hinsichtlich der Abrechnung für das 1. Quartal 2003 an. Da ab dem 1. Januar 2001 die Vorsteuerabzugskürzung aber ohnehin zum Normalsatz von 7,6% vorzunehmen ist (vgl. E. 3.4.2), hat die Beschwerdeführerin die Kürzung betreffend das 1. Quartal 2003 richtig berechnet.
4.2.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, die ESTV habe erst mit der Branchenbroschüre Nr. 10, a.a.O., gültig ab 1. Januar 2001, ihre Praxis publiziert, dass es sich bei Mineralölsteuerrückerstattungen um Subventionen handle, die zu einer Vorsteuerabzugskürzung führten. Vor diesem Zeitpunkt sei sie offenbar mündlich von der ESTV über diese Praxis informiert worden. Sie könne aber nicht mehr nachvollziehen, wann genau dies geschehen sei. Um einen Vorbehalt gegen eine Verwaltungspraxis anbringen zu können, sei aber logischerweise deren Kenntnis vorausgesetzt. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist vorliegend nicht massgebend, ab welchem Zeitpunkt sie Kenntnis von der erwähnten Praxis der ESTV hatte. Entscheidend ist, dass die Beschwerdeführerin ab ihrer Abrechnung für das 4. Quartal 1998 entsprechende Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen vorbehaltlos deklariert hat und damit auch Kenntnis von der Verwaltungspraxis haben musste. Es ist nicht einzusehen, wieso die Beschwerdeführerin keinen Vorbehalt hätte anbringen können.
4.2.3. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, die ESTV habe die Frage der Mineralölsteuerrückerstattung nicht in den Fragebogen "zur verhältnismässigen Vorsteuerkürzung bei Erhalt von Subventionen im Bereich des öffentlichen Verkehrs" aufgenommen. Der Rückzug ihres Vorbehalts habe deshalb diesen Punkt nicht miterfasst. Dieser Einwand ist nicht stichhaltig. Wie oben ausgeführt (E. 4.2.1), hat die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe vom 9. November 2001, welcher der erwähnte Fragebogen beigelegt war, explizit den Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 - und damit vollumfänglich (d.h. im gleichen Umfang wie ursprünglich gestellt) - zurückgezogen. Es ist deshalb nicht relevant, ob der Fragebogen der ESTV die Mineralölsteuerrückerstattungen als Subventionen aufgeführt hat. Es erübrigt sich damit auch, abzuklären, ob die ESTV im Fragebogen hinsichtlich der Mineralölsteuerrückerstattungen die korrekten gesetzlichen Grundlagen aufgeführt hat. Nicht relevant ist im Übrigen ebenfalls, ob im Zeitpunkt der Zustellung des Fragebogens bereits Rechtsverfahren bei der ESTV bezüglich der Frage hängig waren, ob Mineralölsteuerrückerstattungen zu Vorsteuerabzugskürzungen führen. Es ist nicht Aufgabe der ESTV, die Beschwerdeführerin über hängige Verfahren anderer steuerpflichtiger Personen zu informieren.
4.2.4. Die Beschwerdeführerin macht zudem geltend, es handle sich vorliegend um ein hängiges Verfahren, auf das die durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-1668/2006 vom 16. November 2009 angepasste Praxis zur Berechnung der Vorsteuerabzugskürzung bei Mineralölsteuerrückerstattungen anzuwenden sei. Die ESTV habe mit der Kontrolle und den vorgenommenen Korrekturen ein Verfahren eröffnet. Streitgegenstand sei die Steuerforderung der kontrollierten Periode und nicht bloss einzelne Mineralölsteuerrückerstattungen. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass zwar vorliegend der zulässige Streitgegenstand - als Folge der Ausdehnung durch die ESTV in ihrem Einspracheentscheid - sämtliche Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen in den Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 umfasst (vgl. E. 1.4), jedoch die vorbehaltlose Deklaration ein Zurückkommen auf die Abrechnungen ausschliesst. Die von der ESTV aufgrund der Rechtsprechung des Bundesverwaltungsgerichts angepasste Praxis (vgl. E. 3.4.1) kann nicht rückwirkend angewendet werden, da die Beschwerdeführerin den Steuerbetrag nicht unter Vorbehalt deklariert und bezahlt hat (E. 2.4). Die ESTV hat demnach in ihrem Einspracheentscheid zu Recht bloss bei den zehn von ihr aufgerechneten Mineralölsteuerrückerstattungen eine Korrektur der Vorsteuerabzugskürzung vorgenommen, indem sie den Pauschalsatz von 2,2% statt den Normalsteuersatz von damals 6,5% angewendet hat.
4.3. Im Weiteren hat die Beschwerdeführerin die Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund der Mineralölsteuerrückerstattungen für die Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 unbestrittenermassen erst im 4. Quartal 1998 und damit verspätet deklariert. In der Folge stellte die ESTV der Beschwerdeführerin mit der EA Nr. 284'580 in Anwendung von Art. 38 Abs. 2 aMWSTV bzw. Art. 47 Abs. 2 aMWSTG Verzugszinse in der Höhe von Fr. 17'528.-- in Rechnung. Die Beschwerdeführerin bestreitet diese Verzugszinsforderung.
Zu beachten ist, dass die Verzugszinsforderung akzessorisch zur Steuerforderung sowie in ihrem Bestand von dieser abhängig ist (Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission [SRK] vom 31. August 2004, veröffentlicht in Verwaltungspraxis der Bundesbehörden [VPB] 69.6 E. 9a). Da die Beschwerdeführerin die vorbehaltlos vorgenommene Deklaration der Vorsteuerabzugskürzungen betreffend die Abrechnungsperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 gegen sich gelten lassen muss, bleibt demnach auch der Verzugszins trotz der eingetretenen Praxisänderung geschuldet. Im Übrigen könnte die Beschwerdeführerin auch nicht geltend machen, sie habe die Vorsteuerabzugskürzungen erst im 4. Quartal 1998 vorgenommen, da sie vorher keine Kenntnis gehabt habe, dass es sich bei Mineralölsteuerrückerstattungen um Subventionen handle. Aufgrund des Selbstveranlagungsprinzips ist die Beschwerdeführerin selber für die korrekte Deklaration und rechtzeitige Ablieferung der Steuer verantwortlich (E. 2.1).
4.4. Zusammenfassend ist der Einspracheentscheid betreffend die Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 zu bestätigen und die Beschwerde insoweit abzuweisen.
Die Beschwerde wird im Sinn der Erwägungen teilweise gutgeheissen. Der Einspracheentscheid vom 18. Januar 2011 wird betreffend die Abrechnungsperioden vom 2. bis 4. Quartal 2003 aufgehoben und die Sache an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
Die Verfahrenskosten werden der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 6'500.-- auferlegt und im entsprechenden Umfang mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 7'000.-- verrechnet. Der Überschuss von Fr. 500.-- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.
Die Beschwerdeführerin wird ersucht, dem Bundesverwaltungsgericht eine Auszahlungsstelle bekanntzugeben.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- auszurichten.
Dieses Urteil geht an:
die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
die Vorinstanz (Ref-Nr. ...; Gerichtsurkunde)
Der vorsitzende Richter: Der Gerichtsschreiber: Markus Metz Jürg Steiger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen diesen Entscheid kann innert 30 Tagen nach Eröffnung beim Bundesgericht, 1000 Lausanne 14, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., 90 ff. und 100 des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 [BGG, SR 173.110]). Die Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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