Art. 120 Abs. 4 DBG; Art. 47 Abs. 1 StHG; absolute limitation of the tax assessment period for legal persons. The tax period for legal persons corresponds to the business year; if the business year is broken, the limitation period begins only after the end of that business year. Where the appeal is decided after expiry of the absolute limitation period, the assessment must be annulled for that period. In procedural terms, the right to be heard does not require exhaustive discussion of every submission, but only of the essential grounds; the file-keeping duty extends only to procedurally relevant and decision-significant materials. A taxpayer invoking a commission or trust structure bears the burden of proving it as a tax-reducing fact; absent written agreements and corroborating evidence, the authorities may attribute the transactions to the taxpayer as own-account business.
9C_455/2025
Urteil vom 11. Dezember 2025
III. öffentlich-rechtliche Abteilung
Besetzung
Bundesrichterin Moser-Szeless, Präsidentin,
Bundesrichter Beusch, Bundesrichterin Bollinger,
Gerichtsschreiber Kocher.
Verfahrensbeteiligte
A.________ AG in Liquidation,
vertreten durch BDO AG,
Beschwerdeführerin,
gegen
Kantonales Steueramt Zürich, Rechtsdienst, Bändliweg 21, 8090 Zürich,
Beschwerdegegner.
Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich sowie direkte Bundessteuer, Steuerperioden 2009/2010, 2010/2011 und 2011/2012,
Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Mai 2025 (SB.2024.00086, SB.2024.00087).
A.a. Die A.________ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige) wurde am 30. Juni 1987 unter der Firma B.________ SA in das Handelsregister eingetragen. Am 5. April 2007 (Tagebucheintrag) kam es zur Umfirmierung in A.________ AG. Deren Sitz befindet sich in U.________/ZH. Die Gesellschaft ist mit Beschluss der Generalversammlung vom 10. April 2014 aufgelöst worden. Entsprechend firmiert sie heute unter A.________ AG in Liquidation.
A.b. Die Aktien an der Steuerpflichtigen befanden sich ursprünglich in den Händen von C.________ (geb. 1957; nachfolgend: der Alleinaktionär), der während längerer Zeit als einziges Mitglied des Verwaltungsrats wirkte. Dieser verstarb am 21. Juni 2011 und hinterliess drei Töchter, auf die namentlich auch die Beteiligungsrechte an der Steuerpflichtigen übergegangen sind (siehe dazu: Urteil 9C_750/2023 vom 18. Dezember 2023 und nunmehr Urteil 9C_472/2025 vom 11. Dezember 2025).
A.c. Die Steuerpflichtige war im Handel mit Edelmetallen bzw. der Wiederverwertung von solchen tätig, wobei sie die erworbenen Edelmetalle an die D.________ SA mit Sitz in V.________/NE veräusserte (zu den Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009: Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022; zuvor Urteil 2C_1032/2015 / 2C_1033/2015 vom 24. November 2015). Vorliegend von Interesse bleiben die Steuerperioden 2009/2010 (vom 1. Juli 2009 bis zum 30. Juni 2010) und 2010/2011 (vom 1. Juli 2010 bis zum 30. Juni 2011) sowie die als Langjahr ausgestaltete Steuerperiode 2011/2012 (vom 1. Juli 2011 bis zum 31. Dezember 2012).
A.d. Aus der Vorgeschichte, die nur noch teilweise von Bedeutung ist, sind folgende Elemente in Erinnerung zu rufen: Nachdem der Alleinaktionär am 21. Juni 2011 verstorben war, hatte die Steuerpflichtige mit Schreiben vom 27. September 2011 beim Steueramt des Kantons Zürich (KStA/ZH; nachfolgend: die Veranlagungsbehörde) eine Selbstanzeige eingereicht. Anlass bildete die unvollständige Verbuchung und Deklarierung von Geschäftsvorgängen. Dabei gab die Steuerpflichtige bekannt, dass höchstwahrscheinlich geldwerte Leistungen an den Alleinaktionär erbracht worden seien. In der Folge eröffnete die Veranlagungsbehörde ein Nachsteuerverfahren zu den Steuerperioden von 2000/2001 bis 2008/2009.
Das Nachsteuerverfahren führte zu verschiedenen Korrespondenzen und Amtshandlungen. Mit Schreiben vom 9. November 2016 teilte die Steuerpflichtige der Veranlagungsbehörde mit, dass der Sachverhalt sich anders gestalte, als anlässlich der Selbstanzeige angenommen worden sei. Insbesondere habe das von der Steuerpflichtigen betriebene Geschäftsmodell nicht im Eigenhandel, sondern in Kommissionsgeschäften bestanden. Die Steuerpflichtige habe ihr Geschäft zwar in eigenem Namen, aber auf fremde Rechnung geführt. Konkret sei sie lediglich als Kommissionärin der E.________ mit Sitz in W.________ (Frankreich) tätig geworden, an welcher der Alleinaktionär zu rund 40 Prozent beteiligt gewesen sei. Da die Edelmetalle bis zu ihrem Verkauf im Eigentum dieser Gesellschaft verblieben seien, habe sie, die Steuerpflichtige, insofern kein wirtschaftliches Risiko getragen. Die deklarierten Konti hätten auf den Namen der Steuerpflichtigen gelautet und sie seien der Kommittentin zuzurechnen. Ausserdem vertrat die Steuerpflichtige die Auffassung, dass ihre Buchhaltung ordnungsgemäss geführt worden und vollständig gewesen sei, weshalb keine Unterbesteuerung vorliege.
Die Veranlagungsbehörde blieb bei ihrem Standpunkt, wonach keine hinreichende Buchführung vorliege, weshalb sie androhungsgemäss und in Bezug auf die Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009 zur Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen schritt. Das Verfahren führte bis vor Bundesgericht. Soweit nicht die absolute Veranlagungsverjährung eingetreten war, endete das Nachsteuerverfahren mit dem bereits zitierten Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022.
A.e. Zu den nunmehr streitbetroffenen Steuerperioden 2009/2010, 2010/2011 und 2011/2012 ist vorab von Belang, dass die Veranlagungsbehörde am 16. Januar 2012, nachdem die Steuerpflichtige bis dahin untätig geblieben war, die Einreichung der Steuererklärung zur Steuerperiode 2009/2010 angemahnt hatte. Am 28. Februar 2012 unterbreitete die Veranlagungsbehörde der Steuerpflichtigen einen Veranlagungsvorschlag. Dieser beruhte auf einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 465'000.-. Am 23. März 2012 erliess die Veranlagungsbehörde die Veranlagungsverfügungen zur Steuerperiode 2009/2010, die nach Ermessen ergingen. Die Steuerpflichtige, handelnd durch die damalige Rechtsvertreterin, erhob am 28. März 2012 Einsprache. Unter dem Eindruck der Selbstanzeige vom 27. September 2011 unterzog die Veranlagungsbehörde die Steuerpflichtige im Januar und Februar 2014 einer Vor-Ort-Kontrolle. Am 13. Februar 2014 besprach die Veranlagungsbehörde den Revisionsbericht mit der Steuerpflichtigen. Daraufhin erliess die Veranlagungsbehörde am 28. Februar 2014 - soweit hier interessierend - "Lösungsvorschläge" zu den drei Steuerperioden. Diese gingen dahin, dass in den Steuerperioden 2009/2010 und 2010/2011 Ermessenszuschläge anhand der branchenüblichen Gewinnmargen am Platz seien. Betreffend die Steuerperiode 2011/2012 wurde beabsichtigt, die als nicht oder nur teilweise geschäftsmässig begründeten Positionen aufzurechnen. Die Steuerpflichtige stimmte diesem Vorgehen nicht zu. Der Bericht wurde am 7. August 2014 fertiggestellt (Titel: "Bericht zu den Staatssteuereinschätzungen 2010, 2011 und 2012, Veranlagungen dBSt 2010, 2011 und 2012"). Aufgrund der Nachsteuerverfahren zu den Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009 sistierte die Veranlagungsbehörde die Verfahren betreffend die interessierenden drei Steuerperioden informell.
Am 7. Dezember 2017 versandte die Veranlagungsbehörde im Nachsteuerverfahren die Veranlagungsverfügungen zu den Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009. Da die Finanzbuchhaltung der Steuerpflichtigen, so die Auffassung seitens der Veranlagungsbehörde, weiterhin unzureichend geblieben war, beruhten alle Veranlagungsverfügungen auf Ermessen (zum Ganzen: Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022 verwiesen werden).
Nach weiteren Untersuchungsschritten ergingen am 18. Oktober 2019 abermals Veranlagungsvorschläge (für die Steuerperiode 2009/2010 im Einspracheverfahren). Diese riefen wiederum die Ablehnung seitens der Steuerpflichtigen hervor. In der Folge erliess die Veranlagungsbehörde am 11. Dezember 2019 die Veranlagungsverfügungen zu den Steuerperioden 2010/2011 und 2011/2012. Mit dem Erlass des Einspracheentscheids zur Steuerperiode 2009/2010 wartete die Veranlagungsbehörde aus Koordinationsgründen noch zu.
A.f. Die Steuerpflichtige erhob am 13. Januar 2020 Einsprache, wobei sie beantragte, die Veranlagungsverfügungen zu den Steuerperioden 2010/2011 und 2011/2012 seien zufolge Nichtigkeit aufzuheben, eventuell seien sie aufzuheben und die Verfahren zu sistieren bis zur rechtskräftigen Veranlagung der Steuerperioden bis 2009/2010. Nach dem Wegfall des Sistierungsgrundes sei die Veranlagung, gestützt auf die nachgereichten Jahresrechnungen 2010/2011 und 2011/2012, neu vorzunehmen. Weiter sei eine Anhörung anzuordnen und eine Einspracheverhandlung durchzuführen. Die Veranlagungstätigkeit wurde bis im Jahr 2023 ruhen gelassen und das Nachsteuerverfahren bis dahin rechtskräftig abgeschlossen (Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022).
A.g. Mit Schreiben vom 24. März 2023 ersuchte die Veranlagungsbehörde die Steuerpflichtige um Nachreichung einer ordnungsgemässen und vollständigen Finanzbuchhaltung zu den Geschäftsjahren 2009/2010, 2010/2011 und 2011/2012. Gleichentags erstellte die Veranlagungsbehörde neue Veranlagungsvorschläge zu den Staats- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer der drei streitbetroffenen Steuerperioden, die sie der Steuerpflichtigen zukommen liess. Die Steuerpflichtige äusserte sich mit Eingabe vom 30. Mai 2023. Die Veranlagungsbehörde mahnte die Steuerpflichtige am 24. Juli 2023, nachdem sie die Stellungnahme als unvollständig erachtete. Die Steuerpflichtige antwortete am 14. August 2023 und beantragte namentlich, es sei ihr Einsicht in den Revisionsbericht vom 7. August 2014 zu geben. Dies zog eine weitere Besprechung nach sich, die am 7. September 2023 erfolgte und zur Akteneinsicht führte. Die Veranlagungsbehörde lud die Steuerpflichtige alsdann ein, sich zum Bericht zu äussern. Die diesbezügliche Stellungnahme erging am 29. September 2023. Dabei stellte sie weitere prozessuale Anträge.
A.h. Die Veranlagungsbehörde erliess am 18. Oktober 2023 die Einspracheentscheide zu den streitbetroffenen Steuerperioden. Daraus gingen die folgenden Faktoren für die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich (nachfolgend: ZHST) und die direkte Bundessteuer (nachfolgend: DBST) hervor:
StP
ZHST
DBST
2009/2010
Steuerbarer Reingewinn
2'694'600
2'694'600
Steuerbares Eigenkapital
50'000
2010/2011
Steuerbarer Reingewinn
1'621'700
1'621'700
Steuerbares Eigenkapital
1'310'000
2011/2012
Steuerbarer Reingewinn
0
0
Steuerbares Eigenkapital
1'244'000
Die Veranlagungsbehörde war zur Aufrechnung einer verdeckten Gewinnausschüttung von Fr. 3'247'850.- (Steuerperiode 2009/2010), Fr. 1'962'013.- (2010/2011) bzw. Fr. 142'000.- (2011/2012) gelangt. In Bezug auf die dritte Steuerperiode rechnete sie zudem einen geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand von Fr. 305'016.- auf. In allen drei Fällen passte sie die Steuerrückstellungen an die neuen Gegebenheiten an. Kapitalseitig berücksichtigte die Veranlagungsbehörde die als Gewinn versteuerten stillen Reserven, die Nachsteuerpassivierungen und die jeweiligen Steuerrückstellungen.
Ausgangspunkt der behördlichen Überlegungen bildete der Umstand, dass es der Steuerpflichtigen - so die Ansicht der Veranlagungsbehörde - misslungen sei, das Modell "Kommission" nachzuweisen. Die Steuerpflichtige hatte von der treuhänderischen Führung der Konten gesprochen, was die Veranlagungsbehörde für unbewiesen hielt. Dementsprechend ordnete die Veranlagungsbehörde jene Bankkonten, die unverbucht geblieben waren, unmittelbar der Steuerpflichtigen zu. Dabei schritt sie bezüglich der Steuerperiode 2009/2010 zur Veranlagung nach Ermessen, basierend auf den Ergebnissen der Buchprüfung bzw. des "Lösungsvorschlags" des Revisors. Zum Ausgangspunkt nahm sie die Erlöse aus Lieferungen und Leistungen, wie sie die Steuerpflichtige am 28. Oktober 2011 zu den Akten gegeben hatte. Die Buchprüfung zeigte, bezüglich der Bruttogewinnmarge, eine Bandbreite von 14 bis 23 Prozent. Zur Ermittlung des Ermessenszuschlags zog die Veranlagungsbehörde eine durchschnittliche Bruttogewinnmarge von 20 Prozent heran, unter Berücksichtigung der eingetretenen Entwicklung des Goldpreises. Nach Abzug pauschaler Material- und Ankaufskosten sowie weiterer betrieblicher Aufwendungen ergab sich eine Nettogewinnmarge von rund 13 Prozent (dazu angefochtener Entscheid E. 7.2.1).
In Bezug auf die Steuerperiode 2010/2011 stellte die Veranlagungsbehörde auf die zur Vorperiode aufbereiteten Grundlagen ab. Auch diese Veranlagung erfolgte nach Ermessen, nachdem die Steuerpflichtige - in den Augen der Veranlagungsbehörde - keine ordnungsgemäss geführte Finanzbuchhaltung vorgelegt hatte (angefochtener Entscheid E. 7.2.2). Das Dargelegte trifft sinngemäss auf die Steuerperiode 2011/2012 zu (angefochtener Entscheid E. 7.2.3).
A.i. Die Steuerpflichtige gelangte am 20. November 2023 an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 12. Juli 2024 wies dieses die Rechtsmittel zu den Steuerperioden 2009/2010 und 2010/2011 ab. Die Rechtsmittel zur Steuerperiode 2011/2012 führten zur Abweisung (bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern) bzw. zum Nichteintreten (bezüglich der direkten Bundessteuer, da ein steuerbarer Reingewinn von Fr. 0.- veranlagt worden war).
B.a. Mit Eingabe vom 22. August 2024 wandte die Steuerpflichtige sich an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Sie beantragte, der Entscheid vom 12. Juli 2024 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer der Steuerperioden 2009/2010 und 2010/2011 bzw. betreffend die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2011/2012 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei von den Aufrechnungen gemäss Buchprüfung abzusehen.
B.b. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Rechtsmittel mit Urteil vom 28. Mai 2025 in den vereinigten Verfahren SB.2024.00086 / SB.2024.00087 ab.
Die Steuerpflichtige erhebt mit Rechtsschrift vom 25. August 2025 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten.
Betreffend die Steuerperiode 2009/2010 beantragt sie, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und es sei von der Erhebung der Staats- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer wegen Eintritts der absoluten Veranlagungsverjährung abzusehen. Eventualiter seien die in der ursprünglichen Ermessensveranlagung vom 23. März 2012 festgesetzten Steuerfaktoren zu bestätigen. Subeventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subsubeventualiter sei das Urteil insofern aufzuheben, als von den Aufrechnungen gemäss Buchprüfung abzusehen sei.
Zur Steuerperiode 2010/2011 stellt die Steuerpflichtige den Antrag, das Urteil sei aufzuheben und das Verfahren bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei es insofern aufzuheben, als von den Aufrechnungen gemäss Buchprüfung abzusehen sei.
Hinsichtlich der Steuerperiode 2011/2012 lautet das Begehren, das Urteil sei aufzuheben und das Verfahren betreffend Staats- und Gemeindesteuern zur Neubeurteilung des steuerbaren Eigenkapitals an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Veranlagungsbehörde und die Vorinstanz ersuchen um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) stellt denselben Antrag in Bezug auf die direkte Bundessteuer. Zu den Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich äussert sie sich praxisgemäss nicht, da der angefochtene Entscheid ihres Erachtens keinen Verstoss gegen das harmonisierte Steuerrecht der Kantone und Gemeinden setzt.
Die Steuerpflichtige lässt dem Bundesgericht ihre abschliessenden Bemerkungen zukommen.
I. Formelles und Streitgegenstand
1.1. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt des Nachfolgenden einzutreten.
1.2. Die Steuerpflichtige wurde mit Beschluss der Gesellschafterversammlung vom 10. April 2014 aufgelöst (Art. 736 Abs. 1 Ziff. 2 OR; Sachverhalt Bst. A.a). Dies geht (auch) aus dem Handelsregister hervor, in welches das Bundesgericht von Amtes wegen Einblick nehmen darf (BGE 139 II 404 E. 7.3.3; 138 II 557 E. 6.2). Tritt eine Aktiengesellschaft in Liquidation, so behält sie die juristische Persönlichkeit dennoch bei und führt sie ihre bisherige Firma auch weiterhin, jedoch mit dem Zusatz "in Liquidation", bis die Auseinandersetzung auch mit den Aktionären durchgeführt ist (Art. 739 OR). Im vorliegenden Fall ist die Steuerpflichtige ins Liquidationsstadium getreten, ihre Löschung im Handelsregister steht aber noch bevor (Art. 746 OR; Art. 65 der Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 [HRegV; SR 221.411]). Entsprechend ist die "Beendigung der Gesellschaft" (so Arthur Meier-Hayoz/Peter Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 13. Aufl. 2023, § 16 Rz. 1029) noch nicht eingetreten. Die Aktivlegitimation der Steuerpflichtigen im Sinne der Beschwerdebefugnis (Art. 89 Abs. 1 BGG) ist folglich (noch) gegeben, unabhängig davon, ob der Löschung konstitutive Wirkung beigemessen wird (BGE 146 III 441 E. 2.4.3 zur Aktivlegitimation der Abtretungsgläubiger nach Art. 260 SchKG, die durch die Löschung der konkursiten Gesellschaft nicht untergeht; bestätigt in BGE 150 III 268 E. 4.3.1; 149 III 362 E. 2.6.5; zum Ganzen: Urteil 9C_262/2025 vom 15. Juli 2025 E. 1.1.5).
1.3. Das Bundesgericht hat insbesondere Streitigkeiten wegen Verletzung von Bundesrecht zu beurteilen (Art. 189 Abs. 1 lit. a BV [SR 101]; BGE 151 II 11 E. 4.1; 151 II 533 E. 2.3.1). Unter das Bundesrecht fällt namentlich auch das harmonisierte Steuerrecht von Bund (Art. 128 BV; BGE 151 II 101 E. 2.1), Kantonen und Gemeinden (Art. 129 BV; Urteile 9C_475/2023 vom 12. März 2024 E. 1.2, nicht publ. in: BGE 150 II 417). Das Bundesgericht wendet das Bundesgesetzesrecht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und prüft es mit uneingeschränkter (voller) Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 151 II 271 E. 4.1; 151 III 405 E. 2). Dementsprechend ist es weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 151 III 405 E. 2; 150 II 346 E. 1.5.1).
1.4. Anders als im Fall des Bundesgesetzesrechts geht das Bundesgericht der Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur nach, falls und soweit eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet wird (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 42 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 106 Abs. 2 bzw. Art. 116 und 117 BGG; BGE 150 I 80 E. 2.1; 150 I 154 E. 2.1; 150 V 340 E. 2). Die beschwerdeführende Person hat daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, dass und inwiefern verfassungsmässige Individualrechte verletzt worden sein sollen (BGE 150 I 80 E. 2.1; 150 II 346 E. 1.5.3). Ist eine hinreichende Begründung gegeben, prüft das Bundesgericht die angebliche Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte mit freier Kognition (BGE 149 III 287 E. 1.2).
1.5. Die Aufgabe des Bundesgerichts ist auch im sachverhaltlichen Bereich auf eine reine Rechtskontrolle beschränkt (BGE 150 IV 360 E. 3.2.1). Entsprechend ist das Bundesgericht grundsätzlich an den Sachverhalt gebunden, wie ihn die Vorinstanz ermittelt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; BGE 151 IV 18 E. 4.4.7; 150 II 537 E. 3.1; 150 IV 389 E. 4.7.1). Sachverhaltsergänzend dürfen die Akten beigezogen werden (Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 151 II 11 E. 3.3.3; 150 II 83 E. 7.5). Die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen können von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2 BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1 BGG) berichtigt werden, wenn sie entweder offensichtlich unrichtig sind (BGE 151 IV 46 E. 2.1) oder sie auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (z.B. auf einem Verstoss gegen Art. 29 Abs. 2 BV oder Art. 8 ZGB; BGE 150 III 408 E. 2.4). Erforderlich ist weiter, dass die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (BGE 150 V 340 E. 2). "Offensichtlich unrichtig" ist mit "willkürlich" gleichzusetzen (BGE 150 I 50 E. 3.3.1; 150 II 346 E. 1.6; 150 II 537 E. 3.1; 150 IV 360 E. 3.2.1; 150 IV 389 E. 4.7.1). Unter die Tatfragen fällt auch die Beweiswürdigung - selbst wenn sie auf Indizien beruht - und die sich daraus ergebenden tatsächlichen Schlussfolgerungen (BGE 151 II 11 E. 5.3; 150 IV 1 E. 2.3.3; 150 IV 360 E. 3.2.1), damit auch die antizipierte Beweiswürdigung (BGE 151 III 313 E. 5.6; 149 II 109 E. 4.1). Willkürlich ist die Beweiswürdigung, wenn sie schlechterdings unhaltbar ist, wenn die Behörde mithin in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (BGE 150 I 50 E. 3.3.1; 150 II 417 E. 2.6.4; 150 IV 360 E. 3.2.1). Die Anfechtung der vorinstanzlichen Feststellungen unterliegt der qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 in Verbindung mit Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; BGE 151 IV 1 E. 2.3; 150 II 346 E. 1.6; vorne E. 1.4).
1.6. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt unter anderem, dass eine Gerichtsbehörde alle in einer Rechtsschrift gestellten Anträge (Rechtsbegehren; Art. 42 Abs. 1 BGG) zu behandeln hat (vgl. Art. 121 lit. c BGG). Von den Beschwerdeanträgen zu unterscheiden sind die blossen Argumente (Rügen), mit denen eine beschwerdeführende Person ihre Rechtsbegehren zu stützen und dadurch eine Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 ff. BGG darzutun sucht (Art. 42 Abs. 2 BGG; Urteil 9C_41/2024 vom 26. März 2025 E. 2.2.4, zur Publ. vorgesehen). Anders als im Fall der Rechtsbegehren hat ein Gericht nicht zwingend sämtlichen Rügen nachzugehen. Beschränkt es sich auf die wesentliche Stossrichtung der Begründungslinie und setzt es sich mit dieser auseinander, sind dadurch die praxisgemässen Anforderungen an eine Begründung des Urteils gewahrt (dazu BGE 151 V 88 E. 5.2.4; 150 III 1 E. 4.5; 149 V 156 E. 6.1; 148 III 30 E. 3.1; 146 II 335 E. 5.1).
1.7. Streitig und zu prüfen bleiben die Steuerperioden 2009/2010 (Staats- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer), 2010/2011 (Staats- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer) sowie 2011/2012 (ausschliesslich Staats- und Gemeindesteuern). Dies bildet den Streitgegenstand. Dabei bestehen materiell-rechtlich zwischen der direkten Bundessteuer (DBG; SR 642.11) und dem harmonisierten Steuerrecht der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14), das in das Steuergesetz [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) eingeflossen ist, im hier interessierenden Bereich keinerlei Unterschiede. Es erübrigt sich daher dem Grundsatze nach, dass nachfolgend zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird.
II. Steuerperiode 2009/2010
2.1. Die Steuerpflichtige macht im Hauptantrag geltend, in Bezug auf die Steuerperiode 2009/2010 sei die absolute Veranlagungsverjährung eingetreten. Sollte das Bundesgericht wider Erwarten zu einer anderen Auffassung gelangen, so wäre nach Auffassung der Steuerpflichtigen festzustellen, dass es im Einspracheverfahren an einer Sachurteilsvoraussetzung gefehlt habe, nachdem die Eingabe vom 28. März 2012 nicht als formgültige Einsprache im Sinne von Art. 132 Abs. 3 DBG bzw. Art. 48 Abs. 2 StHG in Verbindung mit § 140 Abs. 2 StG/ZH gelten könne.
2.2. Die Veranlagungsverfügungen zur Steuerperiode 2009/2010 sind, anders als die vorangehenden Verfügungen, nicht im Nachsteuer-, sondern im ordentlichen (Veranlagungs-) Verfahren entgangen. Die absolute Veranlagungsverjährung richtet sich daher nach Art. 120 Abs. 4 DBG bzw. Art. 47 Abs. 1 StHG. Infolgedessen tritt sie 15 Jahre "nach Ablauf der Steuerperiode" ein. Als Steuerperiode gilt im Fall der juristischen Personen das Geschäftsjahr (Art. 79 Abs. 2 DBG bzw. Art. 31 Abs. 2 StHG). Was als "Geschäftsjahr" zu verstehen sei, ergibt sich folglich aus dem Handelsrecht. Dieses stellt in Fragen der Buchführung und Rechnungslegung das "Leitrecht" dar und beruht seinerseits auf der Betriebswirtschaftslehre (BGE 151 II 11 E. 2.3.5; 149 II 290 E. 3.3.4.1). In den Regeln zur kaufmännischen Buchführung und Rechnungslegung findet sich freilich keine Norm, welche die Dauer des Geschäftsjahrs bzw. Beginn und Ende ausdrücklich festlegt (Urteil 2C_793/2017 vom 28. Januar 2020 E. 2.2.3 zu Art. 958 Abs. 2 OR). Dass auch "gebrochene" Geschäftsjahre zulässig sind, also solche, die sich über den Wechsel des Kalenderjahres erstrecken, ist indes unbestritten. Auch im Zusammenhang mit dem harmonisierten Steuerrecht von Bund, Kantonen und Gemeinden muss das "Geschäftsjahr" nicht zwingend mit einem vollen, "ungebrochenen" Kalenderjahr übereinstimmen (Stefan Oesterhelt/Andrea Opel, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, DBG, 4. Aufl. 2022 [nachfolgend: Komm. DBG], N. 3 zu Art. 79 DBG; dies., in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, StHG, 4. Aufl. 2022 [nachfolgend: Komm. StHG], N. 10 zu Art. 31 StHG; Marc Bugnon, in: Commentaire romand, LIFD, 2. Aufl. 2017 [nachfolgend: Komm. LIFD], N. 6 zu Art. 79 LIFD).
2.3. Den Feststellungen der Vorinstanz zufolge, die insofern nicht bestritten und für das Bundesgericht verbindlich sind (Art. 105 Abs. 1 BGG), erstreckte das Geschäftsjahr 2009/2010 sich über den Zeitraum vom 1. Juli 2009 bis zum 30. Juni 2010 (Sachverhalt Bst. A.c). Entsprechend endete die Steuerperiode 2009/2010 im konkreten Fall am 30. Juni 2010. Damit ist die absolute Veranlagungsverjährung am 1. Juli 2025 eingetreten. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen.
III. Steuerperioden 2010/2011 und 2011/2012
3.1. Formelle Rügen - wie namentlich Gehörsrügen oder die Rüge der Befangenheit - und Sachverhaltsrügen können ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führen. Daher sind sie vorab zu behandeln (BGE 150 II 417 E. 2.6.1).
3.2.
3.2.1. Die Steuerpflichtige rügt im bundesgerichtlichen Verfahren, ihr rechtliches Gehör sei in verschiedenerlei Hinsicht verletzt worden (Art. 29 Abs. 2 BV). Zum einen erachtet sie den Gehörsanspruch als dadurch verletzt, dass der Aktenführungspflicht nicht genügt worden sei, was zu einem unvollständigen Dossier geführt habe (hinten E. 3.3). Zum anderen macht die Steuerpflichtige die angebliche Gehörsverletzung an der Buchprüfung fest (hinten E. 3.4).
3.2.2. Als Teilaspekt eines fairen Verfahrens verankert Art. 29 Abs. 2 BV den Anspruch auf rechtliches Gehör. Dieses umfasst als Mitwirkungsrecht alle Befugnisse, die einer verfahrensbeteiligten Person einzuräumen sind, damit sie im Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann. Das rechtliche Gehör dient auf der einen Seite der Sachaufklärung, auf der anderen Seite stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht dar (BGE 150 I 174 E. 4.1; 149 I 91 E. 3.2; 149 I 153 E. 2.2; 148 II 73 E. 7.3.1). Zum Gehörsanspruch zählt insbesondere das Recht der rechtsunterworfenen Person, sich vor Erlass eines Entscheids, der in ihre Rechtsstellung eingreift, zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen und Einsicht in die Akten zu nehmen (BGE 151 III 227 E. 3.3; 150 I 174 E. 4.1; 150 III 238 E. 4.1). Dieser Teilgehalt von Art. 29 Abs. 2 BV erstreckt sich in erster Linie auf die Erhebung des Sachverhalts (BGE 150 I 174 E. 4.1; 148 II 73 E. 7.3.1; 145 I 167 E. 4.1; 143 IV 380 E. 1.1). In Bezug auf die Auslegung und/oder Anwendung von Rechtsnormen anerkennt die Rechtsprechung lediglich dann einen Anspruch auf vorgängige Stellungnahme, wenn eine Behörde ihren Entscheid auf eine Begründung zu stützen gedenkt, die im bisherigen Verfahren nicht Thema war und mit der vernünftigerweise nicht gerechnet werden musste ("Überraschungsverbot"; BGE 150 I 174 E. 4.1; 148 II 73 E. 7.3.1; 145 I 167 E. 4.1).
3.2.3. Aus dem Gehörsanspruch ergibt sich - neben mannigfachen weiteren Aspekten - die Pflicht der Behörden, alle verfahrensrelevanten Vorgänge schriftlich festzuhalten und die Akten vollständig und korrekt anzulegen und zu führen ("Aktenführungspflicht"; BGE 151 IV 18 E. 4.4.4). Demzufolge hat die Behörde lückenlos im Dossier festzuhalten, was zur Sache gehört und entscheidwesentlich sein kann (BGE 138 V 218 E. 8.1.2; 124 V 372 E. 3b; 124 V 389 E. 3a). Die Aktenführungspflicht bildet eine Grundvoraussetzung für die wirksame Ausübung des Akteneinsichtsrechts (Martin Zweifel/Silvia Hunziker, in: Komm. DBG, N. 14 zu Art. 114 DBG; dies., in: Komm. StHG, N. 3g zu Art. 41; Lydia Masmejean-Fey/Antoine Berthoud, in: Komm. LIFD, N. 17a zu Art. 114 LIFD) und für die Entscheidfindung. Der Aktenführungspflicht zulasten der Behörde steht mithin das Akteneinsichtsrecht zugunsten der rechtsunterworfenen Person gegenüber (BGE 142 I 86 E. 2.2; 138 V 218 E. 8.1.2; 130 II 473 E. 4.1; 124 V 372 E. 3b; 124 V 389 E. 3a; zum Ganzen: Urteil 9C_750/2023 vom 18. Dezember 2023 E. 2.2.3).
3.2.4. Im Bereich der harmonisierten Steuern von Bund, Kantonen und Gemeinden ist das verfassungsmässige Akteneinsichtsrecht konkretisiert worden in Art. 114 DBG und Art. 41 StHG. Danach sind die steuerpflichtigen Personen berechtigt, in die von ihnen eingereichten oder von ihnen unterzeichneten Akten "Einsicht zu nehmen" (Art. 114 Abs. 1 DBG bzw. Art. 41 Abs. 1 StHG, je Satz 1; so auch § 124 Abs. 1 StG/ZH). Die übrigen Akten stehen ihnen "zur Einsicht offen", sofern die Ermittlung des Sachverhaltes abgeschlossen ist und soweit nicht öffentliche oder private Interessen entgegenstehen (Art. 114 Abs. 2 DBG bzw. Art. 41 Abs. 1 Satz 2 StHG). Das harmonisierungsrechtliche Akteneinsichtsrecht geht über den Gehalt von Art. 29 Abs. 2 BV nicht hinaus. Anders als das Akteneinsichtsrecht hat die Aktenführungspflicht im harmonisierten Steuerrecht von Bund, Kantonen und Gemeinden keine ausdrückliche Regelung erfahren. Es bleibt in diesem Bereich bei Art. 29 Abs. 2 BV (zum Ganzen: Urteil 9C_545/2023 vom 19. Dezember 2023 E. 2.3.3 mit zahlreichen Hinweisen).
3.3.
3.3.1. Die Steuerpflichtige legt unter Anrufung einer in grosser Zahl vorgebrachter Argumente dar, dass und weshalb die Veranlagungsbehörde der ihr obliegenden Aktenführungspflicht nicht bzw. nicht hinreichend nachgekommen sei. Ihre mannigfachen Rügen - auf die nach dem Gesagten nicht in jeder Einzelheit einzugehen ist (vorne E. 1.6) - zielen im Wesentlichen darauf ab, dass der "Sachverhalt im Nachsteuerverfahren zu den Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009 aufgrund von Verfehlungen [seitens des Verwaltungsgerichts] nicht umfassend gewürdigt worden" sei. Konkret sei die Vernehmlassung vom 31. März 2021 (nebst 19 Beilagen mit insgesamt 86 Seiten), die sie angeblich verspätet eingereicht habe, gänzlich unberücksichtigt geblieben. Daraus versucht sie abzuleiten, dass das kantonale Dossier unvollständig sei.
Insofern sei, so die Steuerpflichtige, dem Verwaltungsgericht ein "gravierender Fehler unterlaufen", was das Verwaltungsgericht im nunmehrigen Verfahren nutze, "um sich nicht näher mit den am 31. März 2021 eingereichten Beweismitteln auseinandersetzen zu müssen". Im Sinne einer Schutzbehauptung führe das Verwaltungsgericht aus, dass es sich "im vorliegenden Fall um die gleiche Konstellation wie im Nachsteuerverfahren der Vorjahre gehandelt habe". Dies sei nicht zu halten, nachdem der "Sachverhalt nach ständiger Rechtsprechung grundsätzlich für jede Steuerperiode separat festzustellen" sei. Ohnehin habe das Bundesgericht im Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022 den Sachverhalt nur einer eingeschränkten Prüfung unterziehen können.
Dem Verwaltungsgericht sei ganz grundsätzlich zu entgegnen, dass das Urteil zu einer Vorperiode nur insofern präjudizielle Wirkung zu entfalten vermöge, als die tatsächlichen Gegebenheiten unverändert seien. Die Finanzbuchhaltungen zu den Geschäftsjahren 2009/2010, 2010/2011 und 2011/2012 seien nach dem Modell "Kommission" aufgebaut, dennoch habe das Verwaltungsgericht seinen Überlegungen das Modell "Marge" zugrundegelegt, was mit Blick auf den Sachverhalt nicht zu halten sei.
3.3.2. Das Bundesgericht hat sich in seinem Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022 bereits näher mit der Vernehmlassung vom 31. März 2021 auseinandergesetzt, auf welche die Steuerpflichtige nun zurückzukommen wünscht. Das Bundesgericht führte damals aus (dortige E. 3.4, hier gekürzte Wiedergabe) :
"Ob die Vorinstanz die Stellungnahme vom 31. März 2021 und die beiliegenden Beweismittel aus dem Recht weisen durfte, kann hier letztlich offenbleiben. Denn zumindest subeventualiter hat sie sich zur Stellungnahme geäussert und sie antizipierend gewürdigt. (...) Es ist nicht willkürlich, dass die Vorinstanz davon ausging, die angebotenen Beweismittel würden nichts an ihrer Überzeugung ändern. (...) Die antizipierte Beweiswürdigung hält mithin also in beiden Fällen der bundesgerichtlichen Überprüfung stand (...).
Auch in Bezug auf die in der Stellungnahme vom 31. März 2021 vorgebrachten Argumente lässt sich der Vorinstanz keine Gehörsverletzung vorwerfen. Insoweit ist Art. 29 Abs. 2 BV nämlich bereits Genüge getan, wenn die Vorinstanz die Vorbringen der Beschwerdeführerin hört, prüft und in ihrer Entscheidfindung berücksichtigt, auch wenn sie in ihrer Begründung nur diejenigen Überlegungen nennt, von denen sie sich leiten liess und auf die sie ihren Entscheid stützt. Art. 29 Abs. 2 BV verschaffte der [Steuerpflichtigen] keinen Anspruch darauf, dass sich die Vorinstanz mit jedem ihrer Vorbringen einlässlich auseinandersetzen würde."
Wenn die kantonalen Behörden damit in Bezug auf die hier interessierenden drei Steuerperioden gleichsam auf die im Nachsteuerverfahren gewonnenen Erkenntnisse abstellten, so durften sie - entgegen der Ansicht der Steuerpflichtigen - durchaus davon ausgehen, dass die zuvor gewürdigte Stellungnahme vom 31. März 2021 auch in Bezug auf die Steuerperioden 2009/2010 bis 2011/2012 von keiner Bedeutung sei. Denn anders als die Steuerpflichtige dies annimmt, vermag sie nicht aufzuzeigen, dass bei verfassungsrechtlich haltbarer Beweiswürdigung keine faktische Verwandtschaft zwischen dem ersten zeitlichen Abschnitt (also den Steuerperioden im Nachsteuerverfahren; 2000/2001 bis 2008/2009) und dem zweiten Abschnitt (2009/2010 bis 2011/2012) bestehe. Die Steuerpflichtige bringt zwar vor, die Finanzbuchhaltung sei nach dem Modell "Kommission" aufgebaut (vorne E. 3.3.1). Es ist ihr aber entgegenzuhalten, dass die kantonalen Behörden davon ausgegangen sind, dass die Steuerpflichtige der ihr obliegenden Mitwirkungspflicht bis zuletzt nicht vollumfänglich genügt und insbesondere keinen schriftlichen Treuhand- oder Kommissionsvertrag beigebracht habe (dazu hinten E. 4.1). Auch diesen grundlegenden Einwänden begegnet die Steuerpflichtige im vorliegenden Verfahren mit rein appellatorischer Kritik, was unzureichend ist, um der hier erforderlichen qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit zu genügen (vorne E. 1.5). Der Vorwurf, das kantonale Dossier sei unvollständig geblieben, zielt damit ins Leere.
3.3.3. Dies ergibt sich auch aus einer weiteren Überlegung: Zu den "Nachsteuerperioden" hatte das Bundesgericht im seinerzeitigen Parallelurteil 9C_750/2023 vom 18. Dezember 2023 E. 2.3.2 (betreffend den Alleinaktionär) festgehalten:
"Die Erbinnen [des Alleinaktionärs] scheinen davon auszugehen, dass die Erkenntnisse des Urteils 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022 im vorliegenden Verfahren mehr oder minder zur vollständigen Disposition stünden und der Fall damit insgesamt 'neu aufgerollt' werden könne. Dem ist nicht so: Ausgangspunkt bildet, dass das Bundesgericht im damaligen Urteil erwogen hat, dass die nicht deklarierten Bankkonti auf den Namen der Gesellschaft lauteten, dass kein schriftlicher Vertrag über das angebliche Treuhandverhältnis bestanden habe, dass das Kommissionsmodell zwar 'nicht unplausibel' erscheine, die Gesellschaft aber nichts vorbringe, das die Feststellungen des Verwaltungsgerichts als offensichtlich unrichtig erscheinen lasse, dass die Buchhaltung für diesen Fall selbst in den Augen der Gesellschaft als ordnungswidrig und unvollständig erscheine, dass die Veranlagungsbehörde die Nachsteuerfaktoren auf Ebene der Gesellschaft mithin teilweise nach pflichtgemässem Ermessen habe festsetzen dürfen und dass die Gesellschaft daher auf den Unrichtigkeitsnachweis verwiesen gewesen sei, diesen aber nicht erbracht habe."
Die damaligen Erwägungen des Bundesgerichts betrafen, wie gesagt, den Alleinaktionär. In Bezug auf diesen erachtete das Bundesgericht die im Nachsteuerverfahren angestellten höchstrichterlichen Überlegungen als gleichermassen verbindlich. Umso mehr ist im vorliegenden Fall von grundsätzlicher Verbindlichkeit auszugehen, handelt es sich doch - damals wie heute - um dasselbe Steuersubjekt und liegen keine tatsächlichen Umstände vor, welche auf eine grundsätzlich andere faktische Ausgangslage schliessen liessen. Auch die Steuerpflichtige bringt nicht vor, dass sie in den beiden zeitlichen Blöcken unterschiedliche Geschäftsmodelle verfolgt habe. Gegenteils ist sie auch weiterhin dezidiert der Auffassung, dass sie durchwegs, also von der Steuerperiode 2000/2001 bis und mit der Steuerperiode 2011/2012, das Modell "Kommission" verfolgt habe. Nachdem hierfür aber, wie dargelegt und worauf zurückzukommen ist, keine stichhaltigen Argumente vorliegen, hat es bei der seinerzeitigen Beurteilung zu bleiben. Daran ändert nichts, dass einer Veranlagungsverfügung im Bereich der periodischen Steuern nur für die betreffende Steuerperiode Rechtskraft zukommt, weshalb die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse in einer späteren Veranlagungsperiode durchaus anders gewürdigt werden können (BGE 151 II 581 E. 9.3; 140 I 114 E. 2.4.3).
3.3.4. Wenn die kantonalen Behörden folglich davon ausgehen, dass die höchstrichterlich als verfassungsrechtlich haltbar erkannten tatsächlichen Verhältnisse (auch) in den Steuerperioden 2009/2010 bis 2011/2012 weiterbestünden, so ist dies nicht zu beanstanden. Es wird dadurch im vorliegenden Verfahren weder der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt noch begründet dies eine verfassungsrechtlich unhaltbare antizipierte Beweiswürdigung (auch dazu vorne E. 1.5). Aus den Eingaben der Steuerpflichtigen vom 9. November 2016 (Sachverhalt Bst. A.d) und vom 31. März 2021 (vorne E. 3.3.1), welche die Steuerpflichtige in den Vordergrund stellt, geht nichts anderes hervor. Die Steuerpflichtige beanstandet, dass die kantonalen Behörden die beiden Dokumente gar nicht bzw. ungenügend gewürdigt hätten. Es ist der Steuerpflichtigen aber entgegenzuhalten, dass die beiden Schriftstücke auch dem Bundesgericht bereits im Verfahren bekannt waren, das zum Urteil 2C_688/2021 vom 27. Januar 2022 geführt hat. Insofern greift es zu kurz, wenn die Steuerpflichtige - ohnehin in rein appellatorischer Kritik - vorträgt, die beiden Dokumente (bzw. vor allem jenes vom 31. März 2021) wären von den kantonalen Behörden ausdrücklich in das Verfahren zu den Steuerperioden 2009/2010 bis 2011/2012 aufzunehmen gewesen. Hierzu bestand - bei höchstrichterlicher Überprüfung der vorinstanzlichen Beweiswürdigung (zur Kognition: vorne E. 1.5) - kein Anlass. Die kantonalen Akten erweisen sich - jedenfalls mit Bezug auf die Schriftstücke vom 9. November 2016 bzw. vom 31. März 2021 unter Anwendung der einschlägigen Kognition - als vollständig, nachdem die beiden Dokumente von keiner rechtserheblichen Bedeutung waren. In die amtlichen Akten aufzunehmen ist bloss, was verfahrensrelevant ist (vorne E. 3.2.3). Es ist weder ein Verstoss gegen Art. 29 Abs. 2 BV (vorne E. 3.2.3) noch gegen die - nicht darüber hinausgehenden - Bestimmungen des Harmonisierungsrechts (vorne E. 3.2.4) dargetan. Die kantonalen Behörden haben der sie treffenden Aktenführungspflicht genügt; das von ihnen angelegte Dossier enthielt sämtliche Aktenstücke, die entscheiderheblich waren.
3.3.5. Die Steuerpflichtige stellt sich ferner auf den Standpunkt, dass das Bundesgericht die beiden Dokumente (bzw. vor allem jenes vom 31. März 2021) mit eingeschränkter Kognition gewürdigt habe. Dazu ist festzuhalten, dass das Bundesgericht die Eingabe vom 31. März 2021 seinerzeit sowohl unter dem Gesichtspunkt der antizipierten Beweiswürdigung (damalige E. 3.4, erster Absatz) als auch unter jenem der Gehörsverletzung (damalige E. 3.4, zweiter Absatz) betrachtet hat. Es trifft zwar zu, dass das Bundesgericht, wenn eine konkrete vorinstanzliche Beweiswürdigung gerügt wird, lediglich mit eingeschränkter, im Wesentlichen auf Willkür beschränkter Kognition nachgehen kann (dazu wiederum Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; vorne E. 1.5). Anders verhält es sich im Bereich der angeblichen Gehörsverletzung: Ist eine hinreichende Begründung gegeben, prüft das Bundesgericht die angebliche Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte mit freier, nicht auf Willkür beschränkter Kognition (vorne E. 1.4).
3.4.
3.4.1. Im Weiteren macht die Steuerpflichtige die angebliche Gehörsverletzung an der Buchprüfung fest. Die Beanstandungen gehen dahin, dass die Revision hinsichtlich der (Nach-) Steuerperioden 2000/2001 bis 2008/2009 ergangen sei, also nicht zu den hier interessierenden Steuerperioden 2009/2010 bis 2011/2012. Sodann seien ihr die "Ergebnisse dieser Bücherrevision nicht zeitnah zur Stellungnahme übermittelt worden". Obwohl im vorinstanzlichen Verfahren gerügt, sei das Verwaltungsgericht diesem Einwand nicht nachgegangen. Die "angebliche Bücherrevision für die Geschäftsjahre 2009/2010 bis 2011/2012" habe sich in Wahrheit darin erschöpft, ausgehend "von einem nicht nachvollziehbar ermittelten Reingewinn einen Margenzuschlag vorzunehmen und diesen als geldwerte Leistung aufzurechnen", ohne die "von der Steuerpflichtigen im Jahr 2016 neu ins Verfahren eingebrachten Unterlagen" zu berücksichtigen. Vor diesem Hintergrund sei die Beschwerde "unabhängig davon gutzuheissen, dass die [Steuerpflichtige] bereits früher in die amtlichen Akten hätte Einsicht nehmen können".
3.4.2. Es kann offenbleiben, ob es sich bei dieser Kritik tatsächlich um eine angebliche Gehörsverletzung oder vielmehr um eine materiell-rechtliche Rüge handelt (zu letzterer hinten E. 4). So oder anders ist die Steuerpflichtige lediglich darauf hinzuweisen, dass der Revisionsbericht vom 7. August 2014 einen einschlägigen Titel trägt ("Bericht zu den Staatssteuereinschätzungen 2010, 2011 und 2012, Veranlagungen dBSt 2010, 2011 und 2012"; Sachverhalt Bst. A.e) und keine anderen als die titelgemässen Steuerperioden zum Inhalt hat. Die Steuerpflichtige hatte im Rahmen eines langwierigen Verfahrens, das sich über rund ein Jahrzehnt erstreckte, verschiedentlich Gelegenheit, sich inhaltlich zur Sache zu äussern, so namentlich an der Besprechung vom 13. Februar 2014, die zur definitiven Fassung des Berichts führte (auch dazu Sachverhalt Bst. A.e), und wohl letztmals am 29. September 2023 (Sachverhalt Bst. A.e). Es war ihr unbenommen, proaktiv tätig zu werden und weitere Schriftstücke ins Recht zu legen. Der Steuerpflichtigen musste insbesondere bekannt sein, dass der Bericht sich einzig um die Steuerperioden 2009/2010 bis 2011/2012 drehte. Ob die Möglichkeit, sich inhaltlich zu äussern, "zeitnah" angeboten wurde oder mit einigem zeitlichem Abstand, wie die Steuerpflichtige kritisiert, spielt grundsätzlich keine Rolle. Insbesondere zeigt die Steuerpflichtige auch gar nicht auf, dass verfahrensrelevantes Wissen verloren gegangen wäre oder es ihr erschwert worden sei, sich vertiefend mit der Sache auseinanderzusetzen und Stellung zu nehmen. Den Akten zufolge wusste die Steuerpflichtige von Anbeginn jene Berater an ihrer Seite, die bis heute ihre Interessen wahrnehmen. Eine sachgerechte Wahrnehmung ihrer Anliegen war damit gewährleistet.
3.5. Die formellen und Gehörsrügen erweisen sich als unbegründet. Die Beschwerdeschrift lässt keine Verstösse gegen Art. 29 Abs. 2 oder gegen Art. 9 BV erkennen, die im kantonalen Verfahren eingetreten sind.
4.1. In materiell-rechtlicher Hinsicht hat die Vorinstanz festgehalten, dass die Steuerpflichtige:
4.2.
4.2.1. Die Steuerpflichtige versucht, ihre tatsächlichen Einwände (vorne E. 3.3) auf die Auslegung und/oder Anwendung des massgebenden Bundesrechts zu erstrecken. Darauf ist hier nur noch kurz einzugehen, nachdem das Bundesgericht die Rechtslage bereits im Nachsteuerverfahren geprüft und eingehend dargelegt hat. Die Steuerpflichtige beschreibt ihr Vorgehen dahingehend, dass sie dem Modell "Kommission" gefolgt sei, dass mithin ein Fremdgeschäft (Handeln in eigenem Namen aber Interesse und für Rechnung einer Drittperson) vorliege. Im Nachsteuerverfahren hat das Bundesgericht demgegenüber auf ein Eigengeschäft geschlossen (Handeln in eigenem Namen, in eigenem Interesse und für eigene Rechnung). Ausschlaggebend hierfür war unter anderem auch, dass der Treuhandvertrag, zivilrechtlich ein Rechtshandlungsauftrag, im steuerrechtlichen Umfeld nach erhöhten formellen Anforderungen ruft. Das Bundesgericht stützt sich in seiner ständigen Praxis auf das Merkblatt "Treuhandverhältnisse" der ESTV, dieses in der immer noch gültigen Fassung vom Oktober 1967 (dazu etwa schon Urteile A.15/1975 vom 16. Mai 1975 E. 3b; 2A.144/1990 vom 8. März 1991 E. 3c; 2P.226/1994 vom 20. August 1996 E. 2; aus der frühen Literatur: Roger Dagon, Besteuerung im Falle von Treuhandverhältnissen und verwandten Tatbeständen, in: SJZ 61/1965 S. 104, 107, 108; W. Robert Pfund, Verrechnungssteuer, I. Teil, 1971, Rz. 3.62 ff. zu Art. 4 VStG). Dabei hebt das Bundesgericht gemeinhin die sechs kumulativ erforderlichen Kriterien, wozu auch zählt, dass grundsätzlich "schriftliche Abmachungen zwischen Treugeber und Treuhänder aus der Zeit der Begründung der Treuhand" vorzulegen sind. Weiter betont das Bundesgericht regelmässig, dass gerade in internationalen Verhältnissen strenge Anforderungen an den Nachweis des Treuhandverhältnisses zu stellen sind (dazu etwa Urteile 2C_705/2022 vom 15. Dezember 2022 E. 5.3; 2C_987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 4.1; siehe auch BGE 138 II 239 E. 4.4). So hat das Bundesgericht schon bald erkannt:
"Nach feststehender Praxis sind die Steuerbehörden berechtigt, Rechtsverhältnisse und Rechtsgeschäfte - unter Vorbehalt des Gegenbeweises - demjenigen zuzuschreiben, auf dessen Namen sie lauten. Die Behauptung, ein im eigenen Namen abgeschlossenes Rechtsgeschäft sei treuhänderisch für einen Dritten eingegangen worden, darf unberücksichtigt gelassen werden, wenn das Treuhandverhältnis nicht einwandfrei nachgewiesen wird. Das gilt insbesondere dann, wenn der Treugeber im Ausland domiziliert ist" (Urteil A.395/1978 vom 10. Oktober 1979 E. 1a, unter Bezugnahme auf die früheren Urteile A.161/1944 vom 11. März 1944, publ. in: BGE 70 I 43; A.32/1956 E. 2 vom 29. Juni 1956; A.72/1965 E. 1 vom 1. April 1966).
Denn nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge wird ein in eigenem Namen abgeschlossenes Rechtsgeschäft auch auf eigene Rechnung getätigt. Es gilt im Abgaberecht ganz allgemein die (widerlegbare) natürliche Vermutung, dass keine Vollmacht erteilt worden sei, die auf eine indirekte Stellvertretung schliessen lassen könnte (Urteile 2A.451/1996 / 2P.321/1996 vom 21. Mai 1997 E. 2a; 2A.567/1996 vom 15. März 1999 E. 2b; 9C_417/2010 vom 21. Oktober 2010 E. 4.1; 2C_499/2011 vom 9. Juli 2012 E. 4.2; 2C_872/2018 vom 18. Dezember 2018 E. 2.2.3). Es steht der abgabepflichtigen Person frei, den Gegenbeweis zu erbringen, indem sie die Vermutungsbasis oder die Vermutungsfolge entkräftet (BGE 148 II 285 E. 3.1.2; 147 III 73 E. 3.2; 141 III 241 E. 3.2.3; insbesondere zum Abgaberecht: Urteil 9C_154/2023 vom 3. Januar 2024 E. 3.5.5).
4.2.2. Die subjektive Zurechnung von Einkommen und Vermögen natürlicher Personen bildet im harmonisierten Steuerrecht von Bund, Kantonen und Gemeinden ein ungeschriebenes Element des Steuertatbestandes (anders aber beispielsweise Art. 20 Abs. 1 MWSTG ["Eine Leistung gilt als von derjenigen Person erbracht, die nach aussen als Leistungserbringerin auftritt"; SR 641.20]; dazu BGE 151 II 569 E. 5.1-5.3; 145 II 270 E. 4.4.3). Sie leitet sich grundsätzlich aus dem Zivilrecht her (näher dazu: Urteil 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 2.1). Dasselbe trifft auf die subjektive Zurechnung von Ertrag und Kapital einer juristischen Person zu (Urteile 2C_680/2021 vom 31. Mai 2022 E. 3.4.3; 2C_770/2016 vom 26. September 2016 E. 2.2). Wird geltend gemacht, es bestehe ein Vertretungs- bzw. Treuhandverhältnis, so obliegt dessen Nachweis als steuermindernde Tatsache nach den allgemeinen Beweisregeln der steuerpflichtigen Person. Auch im öffentlichen Recht gilt der Grundsatz, dass diejenige Person die (objektive) Beweislast trägt, die aus dem Vorhandensein der behaupteten Tatsache Rechte für sich ableitet (Art. 8 ZGB analog). Im Abgaberecht hat die Praxis dies dahingehend konkretisiert, dass abgabebegründende und abgabeerhöhende Tatsachen von der Steuerbehörde, abgabemindernde und abgabeausschliessende Tatsachen von der abgabepflichtigen Person nachzuweisen sind (Normentheorie; BGE 151 II 11 E. 2.2.2; 151 II 466 E. 4.2; 151 II 581 E. 5.4). Diese trägt die Folgen der Beweislosigkeit. Die Behauptung, ein im eigenen Namen getroffenes Rechtsgeschäft sei treuhänderisch für eine Drittperson abgeschlossen worden, darf unberücksichtigt bleiben, wenn das angebliche Treuhandverhältnis nicht einwandfrei nachgewiesen ist (siehe etwa Urteile 2C_680/2021 vom 31. Mai 2022 E. 3.4.5; 2C_416/2013 vom 5. November 2013 E. 10.3.2, nicht publ. in: BGE 140 I 68; 2C_95/2013 / 2C_96/2013 vom 21. August 2013 E. 2.6; 2A.204/1997 vom 26. Mai 1999 E. 3a; A.395/1978 vom 10. Oktober 1979 E. 1a).
4.2.3. Der Steuerpflichtigen misslingt es auch in der Sache selbst, in Wahrnehmung der sie treffenden qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit den Nachweis dafür zu erbringen, dass sie in den drei streitbetroffenen Steuerperioden nach dem Modell "Kommission" vorgegangen sei. Dringt sie mit ihrer Behauptung nicht durch, so hat es damit beim Eigengeschäft (Modell "Marge") zu bleiben, wie die kantonalen Behörden dies in ihrer Beweiswürdigung verfassungsrechtlich haltbar erkannt haben. Die Auslegung und/oder Anwendung des Bundesgesetzesrechts gibt vor diesem Hintergrund zu keinen Beanstandungen Anlass. Die zu einem gegenteiligen Schluss führenden Argumente, die die Steuerpflichtige im vorliegenden Verfahren (wieder) aufgreift, sind bereits einlässlich widerlegt worden. Weiteres erübrigt sich grundsätzlich. Es kann mit der Sichtweise der Vorinstanz ihr Bewenden haben, wonach der Alleinaktionär seine 100-prozentige Berechtigung kaum auf eine (ausländische) Kapitalgesellschaft übertragen hätte, an welcher er nur zu rund 40 Prozent beteiligt war.
4.3. Die Beschwerde erweist sich damit, was die Steuerperioden 2010/2011 und 2011/2012 betrifft, als unbegründet. Sie ist insofern abzuweisen.
5.1. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind anhand des Unterliegerprinzips zu verlegen (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Die Steuerpflichtige obsiegt in Bezug auf die Steuerperiode 2009/2010, umfassend zwölf Monate, vollständig. Im Übrigen unterliegt sie betreffend die Steuerperioden 2010/2011 (zwölf Monate) und 2011/2012 (achtzehn Monate). Nach Massgabe der zeitlichen Verhältnisse entspricht dies einem Obsiegen zu 12 /42, was rund 29 Prozent gleichkommt. In Anwendung des Unterliegerprinzips sind die Gerichtskosten folglich zu 70 Prozent auf die Steuerpflichtige und zu 30 Prozent auf die durch die ESTV auftretende Eidgenossenschaft zu verlegen. Die Eidgenossenschaft wird in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätig und nimmt Vermögensinteressen wahr, weshalb ihr Kosten auferlegt werden können (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG).
5.2. Da die Verjährung der Steuerperiode 2009/2010 erst im Verlauf des bundesgerichtlichen Verfahrens eingetreten ist, erübrigt es sich, die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens neu zu verlegen (Art. 67 BGG; dazu Urteile 9C_555/2024 vom 11. Oktober 2025 E. 4.2; 9C_710/2024 vom 27. März 2025 E. 5; 9C_691/2022 vom 7. September 2023 E. 4).
5.3. Das Bundesgericht bestimmt im Urteil, ob und gegebenenfalls in welchem Mass die Kosten der obsiegenden Partei von der unterliegenden Partei zu ersetzen sind (Art. 68 Abs. 1 BGG). Praxisgemäss gilt dabei, dass eine Parteientschädigung lediglich bei überwiegendem Obsiegen auszusprechen ist. Im vorliegenden Fall obsiegt die Steuerpflichtige lediglich insoweit, als eine Steuerperiode verjährt ist. Dies begründet kein überwiegendes Obsiegen (Urteile 9C_555/2024 vom 11. Oktober 2025 E. 4.3; 9C_710/2024 vom 27. März 2025 E. 4.4.3; 9C_691/2022 vom 7. September 2023 E. 4). Die Steuerpflichtige, wenngleich durch ein Beratungsunternehmen vertreten, kann daher keine Parteientschädigung beanspruchen.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Mai 2025 wird bezüglich der Steuerperiode 2009/2010, laufend vom 1. Juli 2009 bis zum 30. Juni 2010, aufgehoben. In Bezug auf die Steuerperioden 2010/2011 und 2011/2012 wird die Beschwerde abgewiesen.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 12'000.- werden im Umfang von Fr. 8'400.- der Steuerpflichtigen und im Umfang von Fr. 3'600.- dem Steueramt des Kantons Zürich auferlegt.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2025
Im Namen der III. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Moser-Szeless
Der Gerichtsschreiber: Kocher