VAT estimated assessment after burglary and missing accountsKI-generiert

{T 0/2}
2C_426/2007 /svc

Arrêt du 22 novembre 2007
IIe Cour de droit public

Composition
MM. et Mme les Juges Merkli, Président,
Wurzburger, Müller, Yersin et Karlen.
Greffier: M. Vianin.

Parties
A.________ SA,
B.________ AG,
C.________ SA,
recourantes,
toutes trois représentées par Me Pierre Weber, avocat,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA), Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,

Tribunal administratif fédéral, Cour I,
case postale, 3000 Berne 14.

Objet
TVA (1er trimestre 1995 - 4ème trimestre 2000);
taxation par estimation,

recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 19 juin 2007.

Faits :
A.
Les sociétés A.________ SA, B.________ AG et C.________ SA (ci-après: les Sociétés), toutes sises à X.________, sont des entreprises familiales actives dans le domaine de la construction. Elles sont immatriculées dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995. Les Sociétés font partie de consortiums qui sont eux-mêmes inscrits dans ce registre. Il n'existe pas d'assujettissement de groupe pour l'ensemble des Sociétés et des consortiums auxquels elles participent.
Un contrôle externe de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale), reporté à plusieurs reprises, a été fixé au 29 octobre 2001.
Durant la nuit du 16 au 17 septembre 2001, les Sociétés ont été victimes d'un cambriolage lors duquel le coffre-fort contenant les supports informatiques de leurs archives comptables relatives aux années 1992 à 2000 a été dérobé. Le coffre-fort, fracturé, a été retrouvé par la police. Endommagés, les supports informatiques se sont révélés inutilisables. Les auteurs du cambriolage ont été identifiés et condamnés par jugement du Tribunal d'arrondissement de Bienne-Nidau du 24 octobre 2006.
Ayant été informée de ce que les documents comptables ne pouvaient plus lui être présentés, l'Administration fédérale a annulé le contrôle sur place.
En novembre et décembre 2001, l'Administration fédérale a effectué un contrôle des consortiums dont les Sociétés faisaient partie et dont les comptes étaient tenus par l'une d'entre elles.
Par courriers du 12 février 2002, l'Administration fédérale a informé les Sociétés de ce que l'autorisation de décompter selon les prestations reçues, qui leur avait été donnée le 10 septembre 1996, était révoquée avec effet au 1er janvier 1995, du fait que, depuis leur immatriculation au registre des contribuables TVA, elles avaient toujours tenu des comptes créanciers (fournisseurs) et débiteurs (clients). Le 12 février 2002 également, l'Administration fédérale a émis, pour chacune des Sociétés, deux décomptes complémentaires portant sur les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000, dont l'un concernait la rectification du chiffre d'affaires imposable et l'autre celle de la déduction de l'impôt préalable (le 5 avril 2002, elle a établi un autre décompte complémentaire [no 261'517] relatif à la déduction de l'impôt préalable de la société B.________ AG):
A.________ SA
DC 261'509
chiffre d'affaires
Fr.
818'967.--
A.________ SA
DC 261'510
impôt préalable
Fr.
2'786'330.--
B.________ AG
DC 261'511
chiffre d'affaires
Fr.
199'889.--
B.________ AG
DC 261'512
impôt préalable
Fr.
419'859.--
B.________ AG
DC 261'517
impôt préalable
Fr.
80'428.--
C.________ SA
DC 261'513
chiffre d'affaires
Fr.
96'827.--
C.________ SA
DC 261'514
impôt préalable
Fr.
218'680.--
Total
Fr.
4'620'980.--
S'agissant du chiffre d'affaires, l'Administration fédérale s'est fondée sur les bouclements établis pour les impôts directs (cf. rapport de révision du 3 septembre 2004, pièce no 23 du dossier de l'intimée). Les reprises d'impôt ont été calculées sur la différence entre les montants ressortant de ces documents et ceux figurant sur les décomptes de TVA trimestriels. Selon les Sociétés, ces différences s'expliqueraient pour l'essentiel comme suit (cf. les tableaux récapitulatifs pour les années 1995 à 2000 des "réconciliations des chiffres d'affaires" [Umsatzabstimmungen], pièces nos 124, 135 et 136 des recourantes):

• pour les trois Sociétés, les montants ressortant du compte de résultats comprendraient des chiffres d'affaires provenant d'opérations internes au groupe A.________ (mise à disposition de personnel et de machines), que les Sociétés considéraient comme non soumis à la TVA et qu'elles n'ont ainsi pas fait figurer dans les décomptes de TVA trimestriels;
  
• pour A.________ SA, le compte de résultats engloberait la part lui revenant des chiffres d'affaires de consortiums auxquels elle participait, montants qui ne figurent pas non plus dans les décomptes de TVA trimestriels de cette société, mais bien dans ceux des consortiums concernés (qui constituent eux-mêmes des contribuables TVA).
  Au demeurant, il était indiqué sur les décomptes complémentaires relatifs au chiffre d'affaires que les montants repris incluaient les sommes dues par les débiteurs au 31 décembre 2000. Sur ceux qui se rapportaient à l'impôt préalable, il était mentionné que les reprises correspondaient à l'intégralité des montants d'impôt préalable figurant dans les décomptes de TVA trimestriels, dont la déduction était ainsi refusée. L'Administration fédérale se disait toutefois disposée à établir des avis de crédit, si les Sociétés parvenaient à établir les montants d'impôt préalable déductible.
  Par courrier du 26 mars 2002, les Sociétés ont contesté les décomptes précités (à l'exception du décompte no 261'517, postérieur à cette date).
  B.
  Par décisions du 4 juillet 2002, l'Administration fédérale a confirmé les décomptes complémentaires mentionnés plus haut.
  Les Sociétés ont formé une réclamation à l'encontre de ces décisions, en concluant, principalement, à leur annulation et, subsidiairement, à l'établissement de nouveaux décomptes complémentaires, "après contrôle des documents et des pièces justificatives encore existants ou obtenus sous forme de duplicatas ou de copies et d'une reconstitution aussi complète que possible des comptes pour une période et selon des modalités à convenir".
  En juin/juillet 2003, les Sociétés ont fait parvenir à l'Administration fédérale des pièces justificatives (il s'agissait apparemment de bilans détaillés énumérant tous les comptes du grand-livre, de l'état des débiteurs et créanciers ainsi que d'un inventaire des immobilisations en fin d'année, tout cela pour les années 1995 à 2000 [cf. courriers des Sociétés à l'Administration fédérale du 5 mai 2003]).
  Par courrier du 6 août 2003, l'Administration fédérale a informé les Sociétés qu'elle avait effectué un "contrôle de plausibilité" concernant l'impôt préalable déductible et que, s'agissant de la reconstitution des chiffres d'affaires, elle envisageait de se fonder sur les périodes fiscales du 4ème trimestre 2001 et d'un trimestre 2002.
  Le 11 août 2003, les Sociétés ont répondu qu'il était inutile de reconstituer les chiffres d'affaires du 4ème trimestre 2001 ainsi que d'un trimestre 2002, car elles disposaient de l'intégralité de leurs archives comptables à partir de l'année 2001. Elles ont demandé que la reconstitution porte sur un seul trimestre, compris dans les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000.
  En avril 2004, les Sociétés ont adressé à l'Administration fédérale des documents présentant la "réconciliation des chiffres d'affaires" (Umsatzabstimmung) pour chacun des exercices 1995 à 2002 et pour le premier semestre 2003 ainsi que des tableaux des opérations comptables internes au groupe A.________ durant la période allant de 1995 au premier semestre 2003.
  Le 9 juillet 2004, l'Administration fédérale a informé les Sociétés qu'au vu des pièces remises, elle avait émis des avis de crédit annulant les décomptes complémentaires du 12 février 2002 relatifs aux chiffres d'affaires et les avaient remplacés par les nouveaux décomptes complémentaires nos 261'664, 261'666 et 261'669. Les décomptes complémentaires du 12 février 2002 se rapportant à l'impôt préalable déductible avaient été partiellement annulés par des avis de crédit. Les montants restant dus étaient les suivants:
  A.________ SA
  DC 261'669
  chiffre d'affaires
  Fr.
  713'137.05
  A.________ SA
  DC 261'510
  impôt préalable
  Fr.
  17'169.20
  B.________ AG
  DC 261'666
  chiffre d'affaires
  Fr.
  173'837.--
  B.________ AG
  DC 261'512 +
  DC 261'517
  impôt préalable
  Fr.
  3'000.--
  B.________ AG
  C.________ SA
  DC 261'664
  chiffre d'affaires
  Fr.
  85'322.--
  C.________ SA
  DC 261'514
  impôt préalable
  Fr.
  3'000.--
  Total
  Fr.
  995'465.25
  S'agissant de l'impôt préalable, le solde de 17'169 fr. 20 avait été obtenu de la manière suivante: l'Administration fédérale avait procédé à un contrôle des comptes de A.________ SA pour les périodes fiscales du 4ème trimestre 2001 et du 1er trimestre 2002; le contrôle avait révélé un montant d'impôt préalable déduit en trop correspondant à 1,7934% des sommes mentionnées dans les décomptes trimestriels; le même pourcentage appliqué aux montants figurant dans les décomptes des années 1995 à 2000 donnait la somme de 17'169 fr. 20. Les soldes de 3'000 fr. s'obtenaient en procédant, pour chacune des années 1995 à 2000, à une reprise d'un montant forfaitaire de 500 fr. pour des factures non conformes.
  De nouvelles pièces ayant été produites, l'Administration fédérale a ramené la reprise sur le chiffre d'affaires de A.________ SA à 678'352 fr. 15 (courrier du 23 septembre 2004).
  Par décision du 27 juin 2005, l'Administration fédérale a partiellement admis les réclamations, en ramenant les montants des reprises à ceux figurant dans le dernier tableau ci-dessus (à l'exception de la reprise sur les chiffres d'affaires de A.________ SA, qui a été fixée à 678'352 fr., comme il vient d'être dit). L'Administration fédérale a relevé que, si la remise de documents par les Sociétés avait permis de mieux appréhender la situation et avait le plus souvent conduit à annuler une partie supplémentaire des reprises, il subsistait des "zones d'ombre", notamment en relation avec les chiffres d'affaires liés à la participation à des consortiums. Ainsi, les Sociétés avaient établi un tableau des participations de A.________ SA dans les consortiums (en se basant, apparemment, sur la comptabilité de ces derniers). Elles avaient également produit des extraits du compte no 7550 de A.________ SA, où les revenus provenant de ces participations avaient été comptabilisés. Or, les montants retenus dans le tableau ne correspondaient pas à ceux ressortant du compte no 7550. Par exemple, selon le tableau en question, la participation au consortium "D.________" avait rapporté 99'169 fr., alors que le compte no 7550 indiquait une somme de 248'695 fr. L'Administration fédérale en concluait que les montants versés à A.________ SA par les consortiums ne constituaient pas seulement des parts de bénéfice, mais se rapportaient aussi à des livraisons ou des prestations de services (location de personnel) imposables (décision sur réclamation, p. 12).
  Par acte du 29 août 2005, les Sociétés ont déféré cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
  En tant que successeur de la Commission fédérale de recours en matière de contributions, le Tribunal administratif fédéral, par arrêt du 19 juin 2007, a rejeté le recours dans la mesure où il était recevable. Après avoir relevé que le litige se limitait à la question du bien-fondé de la taxation par estimation du chiffre d'affaires des Sociétés, il a considéré que les conditions d'une telle taxation étaient réunies, du moment que les Sociétés n'étaient plus en mesure de présenter des documents comptables complets, à la suite du vol dont elles avaient été victimes - et quand bien même elles n'étaient en rien responsables de cet événement. S'agissant de la méthode utilisée, le Tribunal administratif fédéral a estimé que l'Administration fédérale n'avait pas mésusé de son pouvoir d'appréciation, les Sociétés n'ayant de leur côté pas démontré que le résultat de l'estimation était manifestement erroné.
  C.
  Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les Sociétés demandent au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt du 19 juin 2007 et, subsidiairement, de l'annuler et de renvoyer la cause à l'Administration fédérale pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants, le tout sous suite de frais et dépens. A titre préalable, elles demandent que leur recours soit doté de l'effet suspensif. Les recourantes se plaignent d'appréciation arbitraire des faits, de violation de leur droit d'être entendues et d'excès négatif du pouvoir d'appréciation. Elles soutiennent également que la taxation effectuée serait contraire au droit tant dans son principe que dans ses modalités.
  Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
  Par ordonnance du 14 septembre 2007, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la demande d'effet suspensif.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.
1.1 Interjeté par des parties directement touchées par la décision attaquée et qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a LTF) par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 lettre a LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi et ne tombant sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF, il est en principe recevable.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
1.3 Lors de l'examen d'une taxation par estimation, le contribuable peut uniquement faire valoir devant le Tribunal fédéral que les conditions d'une telle taxation n'étaient pas remplies ou qu'il y aurait abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral n'annule pareille taxation que si des fautes ou des erreurs manifestes ont échappé à l'autorité inférieure et qu'elle a procédé à une estimation manifestement erronée. Est manifestement erronée toute appréciation qui n'a pas pris en considération des points de vue essentiels ou les a interprétés de manière inexacte. Le Tribunal fédéral est donc lié par la taxation d'office lorsqu'elle repose sur une constatation des faits correcte et complète et sur une prise en considération objective de l'ensemble des circonstances déterminantes pour la taxation. A cet égard, les autorités compétentes disposent d'une certaine marge dans l'évaluation chiffrée du résultat de leur instruction (2A.253/2005, RF 61/2006 p. 556, consid. 1).
2.
L'ordonnance fédérale du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures), entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20), entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige qui porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 4ème trimestre 2000.
3.
3.1 En vertu de l'art. 37 OTVA, l'assujetti est tenu de déclarer spontanément l'impôt et l'impôt préalable, en la forme prescrite, à l'Administration fédérale. A cet effet, il doit renseigner celle-ci sur tous les faits qui peuvent avoir de l'importance pour la constatation de l'assujettissement ou pour le calcul de l'impôt (art. 46 OTVA). Il doit également tenir ses livres comptables de manière à ce que les faits importants pour la détermination de l'assujettissement, le calcul de l'impôt et celui de l'impôt préalable déductible puissent être constatés aisément et de manière sûre. L'Administration fédérale peut édicter des dispositions particulières à ce sujet (art. 47 al. 1 OTVA). L'assujetti doit conserver ses livres comptables, pièces justificatives, papiers d'affaires et autres documents pendant six ans, sous réserve d'autres prescriptions de l'Administration fédérale ou des dispositions du code des obligations (art. 47 al. 2 OTVA).
3.2 Selon l'art. 48 OTVA, si les documents comptables font défaut ou sont incomplets, ou si les résultats présentés par l'assujetti ne correspondent manifestement pas à la réalité, l'Administration fédérale procède, dans les limites de son pouvoir d'appréciation, à une estimation.
Lorsqu'elle procède à une estimation du chiffre d'affaires, l'autorité de taxation doit tenir compte des conditions particulières prévalant dans l'entreprise en cause; elle doit s'appuyer sur des données plausibles et aboutir à un résultat s'approchant le plus possible de la réalité, ce que prescrit l'art. 48 OTVA en exigeant que l'Administration fédérale procède "dans les limites de son pouvoir d'appréciation" (2A.253/2005, précité, consid. 4.1 et la jurisprudence citée; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, Archives 69 p. 511 ss, 546 ss et les nombreuses références à la jurisprudence en matière d'IChA).
4.
4.1 Les recourantes se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendues: l'autorité intimée n'aurait pas examiné certains griefs soulevés dans le recours du 29 août 2005 (recours, p. 13, pts 2 à 4). Toujours en relation avec une prétendue violation du droit d'être entendu, elles émettent des critiques sur la façon dont la taxation a été effectuée (recours, p. 12 s., pts 5 à 7), critiques qu'il convient de traiter dans ce contexte (cf. ci-après consid. 6). Au demeurant, elles reprochent à l'autorité intimée d'avoir "réduit sa cognition de manière excessive" (recours, art. 5) et de n'avoir pas examiné la décision sur réclamation sous l'angle de l'opportunité (recours, art. 9).
4.2 Pour autant que la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32) n'en dispose pas autrement, la procédure devant cette autorité est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) (art. 37 LTAF et 2 al. 4 PA). Les art. 35 al. 1 et 61 al. 2 PA exigent que les décisions contiennent une motivation, mais ne règlent pas l'ampleur de celle-ci, de sorte qu'à cet égard la jurisprudence relative aux art. 4 aCst. et 29 al. 2 Cst. est déterminante (Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, n. 355 et 696). Selon cette jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540, 473 consid. 4.1 p. 477).
En l'occurrence, les recourantes ne démontrent pas que les griefs que l'autorité intimée n'aurait pas examinés porteraient sur des questions décisives pour l'issue du litige. Le grief de violation du droit d'être entendu n'est donc pas suffisamment motivé. Il serait de toute manière voué à l'échec, car la motivation de la décision attaquée satisfait aux exigences rappelées ci-dessus.
4.3 Saisi d'un recours contre une décision sur réclamation de l'intimée, le Tribunal administratif fédéral exerce un examen complet, en fait et en droit, qui s'étend aussi à l'opportunité (art. 49 PA en relation avec les art. 37 LTAF et 2 al. 4 PA). Toutefois, comme l'ancienne Commission fédérale de recours en matière de contributions (cf. arrêt attaqué, p. 8 pt 7.3), lorsqu'il revoit une taxation par estimation, il observe une certaine retenue (Mollard, op. cit., p. 557 et les références) et ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'Administration fédérale. Une telle retenue est admissible et ne constitue en particulier pas une violation du droit d'être entendu ni un déni de justice formel (André Moser, in Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Bâle 1998, n. 2.61 et 2.62).
En l'occurrence, l'autorité intimée a limité son examen en faisant preuve de la retenue en question, ce qui est admissible, comme il vient d'être dit. Partant, les griefs que les recourantes formulent à cet égard, notamment en relation avec l'examen de l'opportunité, sont mal fondés.
5.
5.1 Les recourantes critiquent le fait qu'une taxation par estimation a été effectuée, alors qu'elles ont été victimes d'un cambriolage. De leur point de vue, la taxation par estimation se justifie dans les cas où les lacunes de la comptabilité d'un assujetti sont imputables à sa négligence ou à son dol, mais non lorsqu'elles ont été causées exclusivement par un événement extraordinaire et "entièrement extérieur à sa sphère d'influence" et il serait "insoutenable et arbitraire" d'assimiler les deux situations. Selon les recourantes, il convient ainsi d'examiner si "de tels événements extraordinaires, dûment prouvés, doivent avoir une influence sur le principe même de l'application de la taxation par voie d'estimation à une telle situation ou s'il y a lieu d'en tenir compte dans la manière" de procéder à la taxation.
5.2 Selon l'art. 48 OTVA, une taxation par estimation est effectuée notamment "si les documents comptables font défaut ou sont incomplets". Cette disposition n'établit pas de distinctions selon la cause des lacunes comptables. En particulier, elle ne suppose pas une faute de la part du contribuable (cf. 2A.552/2006 consid. 4.2; Mollard, op. cit., p. 545 et la jurisprudence citée). Quoi qu'en disent les recourantes, il se justifie de l'appliquer aussi lorsque les lacunes dans la comptabilité sont dues à des circonstances extraordinaires, qui échappent à la "sphère d'influence" de l'assujetti: dans ces cas-là aussi, ne pouvant s'appuyer sur la comptabilité, il faut bien que l'administration fiscale détermine les éléments imposables d'une autre manière. Cela n'empêche pas qu'en effectuant la taxation par estimation, l'administration tienne compte de la cause des lacunes comptables: si celles-ci sont dues à un événement indépendant de la volonté de l'assujetti et imprévisible, l'administration sera amenée à accorder aux documents produits par l'assujetti une valeur probante plus grande que si les lacunes de la comptabilité donnent à penser que l'assujetti a voulu celer une partie de son chiffre d'affaires.
Dans le cas particulier, on peut d'ailleurs s'étonner, avec l'intimée, que les recourantes n'aient pas disposé de copies de sauvegarde de leur comptabilité, sur supports électroniques ou sur papier, déposées en des lieux différents.
6.
6.1 Les recourantes critiquent la manière dont la taxation a été effectuée. Elles estiment que l'intimée aurait dû se fonder sur les décomptes de TVA trimestriels - en renonçant, pour ainsi dire, à effectuer une taxation par estimation -, plutôt que sur les bouclements établis pour les impôts directs. Elles font valoir à cet égard qu'elles ont toujours rempli leurs obligations fiscales - tant en matière de TVA que d'impôts directs - de manière ponctuelle, que le contrôle des comptes des consortiums auxquels elles participaient a donné lieu à une reprise représentant seulement 0,01% du chiffre d'affaires total, qu'à la suite du contrôle de leurs comptes relatifs au quatrième trimestre 2001 et au premier trimestre 2002, l'intimée n'a procédé à aucune reprise concernant le chiffre d'affaires et à des reprises minimes s'agissant de l'impôt préalable déductible et que depuis le cambriolage dont elles ont été victimes, elles ont collaboré de manière exemplaire avec l'intimée, en se procurant des doubles de pièces justificatives auprès de leurs clients et fournisseurs. De l'avis des recourantes, au vu de ces éléments de fait - que l'autorité intimée aurait omis de prendre en considération -, les décomptes de TVA trimestriels, en particulier, auraient dû être "tenus pour crédibles". En se fondant plutôt sur les documents comptables produits pour les impôts directs, l'intimée aurait violé le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 et art. 9 Cst.), les règles sur le fardeau de la preuve ainsi que le principe de la proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.).
S'agissant en particulier des opérations entre les sociétés du groupe A.________, les recourantes admettent qu'elles n'ont pas été soumises à la TVA, en raison d'"une méconnaissance de leur part du système de perception de la TVA, dans la période qui a suivi son entrée en vigueur". Les destinataires de ces opérations n'auraient de leur côté effectué aucune déduction au titre de l'impôt préalable. Dans ces conditions, l'attitude de l'intimée consistant, d'une part, à reprendre la TVA sur ces opérations internes et, d'autre part, à refuser la déduction de l'impôt préalable pour le motif que des factures en bonne et due forme n'ont pas été établies, serait formaliste à l'excès, abusive et contraire aux principes de l'imposition du consommateur final et du transfert de l'impôt. A cet égard, les recourantes se prévalent aussi de la communication concernant la pratique de l'intimée du 27 octobre 2006, intitulée "Traitement des vices de forme". Elles invoquent plus précisément le ch. 2.7 de la première partie intitulée "Traitement des vices de forme en général (art. 45a OLTVA)", où il est prévu que si, par erreur, les prestations de services fournies entre des entreprises appartenant au même groupe n'ont pas été facturées, il est possible de renoncer pour le passé à la facturation, à la comptabilisation et à l'imposition, pour autant que le destinataire de la prestation ait entièrement droit à la déduction de l'impôt préalable.
6.2 Quoi qu'en disent les recourantes, l'intimée était fondée à se baser sur les chiffres d'affaires ressortant des comptes annuels plutôt que sur les montants mentionnés dans les décomptes de TVA trimestriels. En effet, dans le courant de la procédure de taxation, il est apparu que les recourantes n'avaient pas imposé les opérations internes au groupe A.________ - non assujetti en tant que tel -, dont les chiffres d'affaires ne figuraient par conséquent pas dans les décomptes de TVA trimestriels. Il ressort de documents remis par les recourantes elles-mêmes (tableaux récapitulatifs des "réconciliations des chiffres d'affaires") que ces chiffres d'affaires représentent l'essentiel des montants litigieux dans le cas des recourantes B.________ AG et C.________ SA et plus de la moitié des sommes en litige s'agissant de A.________ SA, le reste correspondant à la part revenant à cette dernière de montants réalisés par des consortiums auxquels elle participait. Concernant cette autre partie, l'intimée est d'ailleurs parvenue à la conclusion, en prenant l'exemple du consortium "D.________", que les montants en question ne représentaient pas seulement des parts de bénéfice (non imposables auprès de A.________ SA), mais se rapportaient aussi à des livraisons et à des prestations de services (location de personnel) entre A.________ SA et le consortium concerné. Ainsi, il apparaît que, dans le cas de A.________ SA aussi, la plus grande partie des montants litigieux se rapporte à des opérations internes au groupe A.________. Or, il n'est pas contesté que de telles opérations sont imposables, du moment qu'il n'existe pas d'assujettissement de groupe. Dès lors, c'est à bon droit que l'intimée s'est fondée sur les montants figurant dans les bouclements annuels, qui englobaient les produits de ces opérations, plutôt que sur les décomptes de TVA trimestriels, qui ne comprenaient pas ces chiffres d'affaires. Peu importe dans ces conditions que les recourantes aient toujours rempli leurs obligations fiscales de manière ponctuelle et que le contrôle des comptes des consortiums ainsi que de ceux des recourantes relatifs au quatrième trimestre 2001 et au premier trimestre 2002 ait donné lieu à des reprises minimes ou inexistantes.
Au vu de ce qui précède, on ne saurait dire que l'estimation à laquelle a procédé l'intimée soit manifestement erronée. On ne voit pas non plus en quoi elle serait contraire aux principes de la bonne foi et de la proportionnalité - sans compter que ces griefs ne satisfont guère aux exigences de motivation rappelées ci-dessus (consid. 1.2) - ni aux règles sur le fardeau de la preuve. S'agissant de ce dernier point, l'intimée a au contraire rapporté la preuve lui incombant que les bouclements établis pour les impôts directs renseignent de manière plus exacte que les décomptes de TVA trimestriels sur l'ensemble des chiffres d'affaires imposables.
Quant à la déduction de l'impôt préalable - pour laquelle l'assujetti supporte le fardeau de la preuve -, elle est régie par les art. 29 ss OTVA et suppose, notamment, que celui-ci dispose de factures ou de documents équivalents comportant les indications mentionnées à l'art. 28 al. 1 OTVA. En l'occurrence, pour ce qui est de leurs opérations entre elles, les recourantes n'ont pas établi de tels documents (il en va vraisemblablement différemment des opérations entre la recourante A.________ SA et les consortiums dont elle faisait partie). Elles ne peuvent par conséquent obtenir la déduction de l'impôt préalable, et ce pour un motif indépendant du cambriolage dont elles ont été victimes. Les griefs de formalisme excessif, d'abus de droit et de violation des principes de l'imposition du consommateur final et du transfert de l'impôt sont donc également mal fondés.
Quant à la pratique ressortant de la communication de l'intimée du 27 octobre 2006, elle n'est d'aucune aide aux recourantes. En effet, dans le cas où des prestations de services fournies à des entreprises du même groupe n'ont, par erreur, pas été facturées, cette pratique permet de renoncer - pour le passé - à la facturation, à la comptabilisation et à l'imposition, "pour autant que l'acquéreur de la prestation ait entièrement droit à la déduction de l'impôt préalable". Pour déterminer si cette condition est réalisée, il est nécessaire de connaître la nature et la valeur de chaque prestation, de manière à pouvoir établir, notamment, si la prestation en question a été utilisée pour l'un des buts mentionnés à l'art. 29 al. 2 OTVA, ce qui constitue l'une des conditions du droit à la déduction de l'impôt préalable. Or, cela n'est pas possible dans le cadre d'une taxation par estimation.
Compte tenu de ce qui précède, l'autorité intimée n'a pas violé le droit fédéral en confirmant, tant dans son principe que dans ses modalités, la taxation par estimation effectuée par l'intimée.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, les recourantes doivent supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours en matière de droit public est rejeté.
2.
Un émolument judiciaire de 10'000 fr. est mis à la charge des recourantes.
3.
Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire des recourantes, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 22 novembre 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: