2C_187/2009

{T 1/2}
2C_187/2009

Urteil vom 1. Dezember 2009
II. öffentlich-rechtliche Abteilung

Besetzung
Bundesrichter Müller, Präsident,
Bundesrichter Merkli, Karlen, Zünd,
Bundesrichterin Aubry Girardin,
Gerichtsschreiber Küng.

Verfahrensbeteiligte
Gemeinde Herrliberg,
Beschwerdeführerin,
vertreten durch Rechtsanwalt Lorenzo Marazzotta,

gegen

Bezirksrat Meilen,
Beschwerdegegner,

Regierungsrat des Kantons Zürich.

Gegenstand
Gemeindeautonomie (Rückweisung Jahresrechnung 2006; Verzinsung Spezialfinanzierungen und Sonderrechnungen),

Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009.

Sachverhalt:

A.
Am 27. Dezember 2007 nahm der Bezirksrat Meilen Vormerk von der Jahresrechnung 2006 der Gemeinde Herrliberg/ZH und wies sie an, die interne Verzinsung im Bereich der Spezialfinanzierungen und Sonderrechnungen zum rechtmässigen Satz von 3,75 % (anstelle von generell 2 % [effektiver Durchschnittssatz der eigenen Schulden]) im Jahr 2007 nachzubuchen. Die von der Gemeinde gegen die Nachbuchungsanweisung gerichteten Rechtsmittel wurden vom Regierungsrat und vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich abgewiesen.

B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Gemeinde Herrliberg dem Bundesgericht, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009 aufzuheben und festzustellen, dass die Jahresrechnung 2006 formell und materiell korrekt sei und sie auch bei den Jahresrechnungen nach 2006 die interne Verzinsung mit dem effektiven Durchschnittszinssatz der eigenen Schulden vornehmen könne.

Das Verwaltungsgericht und der Regierungsrat des Kantons Zürich, dieser mit dem Antrag auf Abweisung der Beschwerde, sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:

1.
1.1 Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens war einzig die Frage des auf die Spezialfinanzierungen (bzw. Konten Wasserwerke, Abwasserbeseitigung, Abfallbeseitigung und Elektrizitätsversorgung, d.h. einschliesslich deren Verwaltungsvermögen) und Sonderrechnungen des Jahres 2006 anwendbaren Zinssatzes (angefochtenes Urteil E. 3.1 und E. 5.4.1 und 5.4.2). Soweit die Beschwerdeführerin die Feststellung verlangt, die Jahresrechnung 2006 sei formell und materiell korrekt, ist darauf nicht einzutreten. Dasselbe gilt für den in den (nach 2006) folgenden Jahresrechnungen anwendbaren internen Zinssatz (vgl. angefochtenes Urteil E. 1.2, 3.1).

1.2 Nach Darstellung der Beschwerdeführerin würde die ihr auferlegte höhere interne Verzinsung für die Jahre 2006 bis 2008 zu einer Nachbuchung zulasten der Gemeindewerke in Höhe von Fr. 604'478.--(2006: Fr. 214'608.--: Beschwerdebeilage 10) führen; dies hätte zur Folge, dass die Gemeindewerke ihre Gebühren nach oben anpassen müssten; diese sachlich nicht gerechtfertigte Gebührenerhöhung bei den Werken müsste von den Konsumenten getragen werden.

Nach der Darstellung der Vorinstanz beträgt die Zinsdifferenz bei den Spezialfinanzierungen für das Jahr 2006 hingegen Fr. 181'094.-- (angefochtenes Urteil E. 5.4.2). Diese Zahlen ergeben sich aus dem Bericht des kantonalen Gemeindeamtes vom 4. Oktober 2007, auf welchen im Regierungsratsbeschluss vom 27. August 2008 verwiesen wird. Die Beschwerdeführerin scheint ebenfalls von diesem Betrag auszugehen (Beschwerde Ziff. 34); jedenfalls legt sie nicht dar, dass diese Feststellungen offensichtlich falsch wären.
2. Die beschwerdeführende Gemeinde rügt u.a. eine Verletzung ihrer Autonomie. Dazu ist sie - da sie der Entscheid über ihre Jahresrechnung in ihren hoheitlichen Belangen berührt - gemäss Art. 89 Abs. 2 lit. c BGG berechtigt. Dabei ist sie ebenfalls legitimiert, eine in engem Zusammenhang mit der Autonomieverletzung stehende Verletzung des Willkürverbotes (Art. 9 BV) geltend zu machen (BGE 134 I 204 E. 2.2).

Ob der Beschwerdeführerin die beanspruchte Autonomie im fraglichen Bereich tatsächlich zukommt, ist - sofern es, was hier nicht zutrifft, nicht von vornherein offensichtlich an einem kommunalen Autonomiebereich fehlt - nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung (BGE 135 I 43 E. 1.2).

Angesichts des Verfahrensausgangs kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin auch gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Erhebung des Rechtsmittels befugt wäre.

3.
3.1 Eine Gemeinde ist in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (BGE 129 I 410 E. 2.1 S. 413, mit Hinweisen).

3.2 Gemäss Art. 48 der Verfassung des eidgenössischen Standes Zürich vom 18. April 1869 waren die Gemeinden befugt, ihre Angelegenheiten innerhalb der Schranken der Verfassung und der Gesetze selbständig zu ordnen. Nach Art. 85 Abs. 1 der am 1. Januar 2006 in Kraft getretenen Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 ordnen die Gemeinden ihre Angelegenheiten selbständig; das kantonale Recht gewährt ihnen möglichst weiten Handlungsspielraum. Mit dieser Neufassung sollte am Grundsatz, dass sich der Autonomiebereich der Zürcher Gemeinden aus den konkreten Regelungen von Verfassung und Gesetzen ergibt, nichts geändert werden (TOBIAS JAAG, in: Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung, Hrsg. Isabelle Häner und andere, 2007, N. 6, 10 und 13 zu Art. 85 KV/ZH).

Soweit § 14 des kantonalen Gesetzes über das Gemeindewesen vom 6. Juni 1926 (GG/ZH) bestimmt, dass die Gemeinden ihre Angelegenheiten im Rahmen des übergeordneten Rechts selbständig ordnen, ist somit davon auszugehen, dass sich dieser Rahmen aus Verfassung und Gesetzen ergibt.

Auch nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts wird der Umfang der Gemeindeautonomie für den entsprechenden Bereich durch das anwendbare kantonale Verfassungs- und Gesetzesrecht bestimmt (BGE 133 I 128 E. 3.1, mit Hinweisen).

3.3 Die massgebenden kantonalen Vorschriften über den Gemeindehaushalt erlauben es den Gemeinden im Kanton Zürich, eine eigene Finanzpolitik zu führen, indem sie selbständig das kommunale Budget und den Gemeindesteuerfuss festsetzen sowie über die Rechnungsabnahme befinden (§§ 118 ff. GG/ZH). Auch bezüglich der Bewertung des Finanz- und Verwaltungsvermögens sowie der Vornahme von Abschreibungen verfügen die Gemeinden über einen erheblichen Entscheidungsspielraum (§ 136 f. GG/ZH). Dem Bezirksrat steht lediglich die aufsichtsrechtliche Kontrolle der Gemeinderechnungen zu (§ 145 GG/ZH). Der Beschwerdeführerin kommt daher im vorliegend in Frage stehenden Sachbereich der Jahresrechnung - entgegen der Auffassung der Vorinstanz, die hierzu zu Unrecht auf die Vollziehungsverordnung abstellt - grundsätzlich Autonomie zu (vgl. Urteil 2P.37/2004 vom 24. Februar 2004 E. 4.2, und insb. Urteil 1P.437/1991 vom 24. August 1993 E. 2b).

3.4 Diese Autonomie wird zum Teil dadurch eingeschränkt, dass für die Haushaltführung im hier massgeblichen Zeitraum gemäss den §§ 119 Abs. 2 GG/ZH (in der Fassung vom 23. September 1984) und 139 GG/ZH (in der Fassung vom 20. August 2001) noch verschiedene Bestimmungen des inzwischen aufgehobenen Gesetzes vom 2. September 1979 über den Finanzhaushalt des Kantons (Finanzhaushaltsgesetz, FHG/ZH) direkt oder sinngemäss anwendbar waren.

So sind gemäss der für die Rechnungsführung direkt anwendbaren Bestimmung von § 22 Abs. 2 FHG/ZH interne Verrechnungen, d.h. Gutschriften und Belastungen zwischen Amtsstellen vorzunehmen, wenn sie für die genauere Rechnungsstellung gegenüber Dritten und Spezialfonds, für die Sicherstellung der wirtschaftlicheren Aufgabenerfüllung oder für die Vergleichbarkeit von Rechnungen erforderlich sind.

Indem das Gemeindegesetz damit zwar die interne Verrechnung vorschreibt, hingegen deren Höhe bzw. den für interne Verzinsungen - eine Form der internen Verrechnung (H.R. THALMANN, Kommentar zum Zürcher Gemeindegesetz, 3. Aufl., 2000, § 131 Ziff. 3.1.4) - anwendbaren Zinssatz nicht selber festsetzt, ist dies den Gemeinden überlassen, die dabei einen erheblichen Gestaltungsspielraum haben (vgl. Urteil 2P.121/2006 vom 23. Oktober 2006 E. 2.2).

3.5 Dass gestützt auf diese gesetzliche Regelung die hier in Frage stehenden Guthaben und Schulden der Gemeinde gegenüber Spezialfinanzierungen und Sonderrechnungen mit Blick auf die innerkantonale Vergleichbarkeit der Gemeinderechnungen grundsätzlich zu verzinsen waren, wird von der Beschwerdeführerin in keiner Weise bestritten; sie hat denn eine solche interne Verzinsung bisher stets vorgenommen.
Streitig ist allein die Höhe des für solche internen Verzinsungen anwendbaren Zinssatzes.

3.6 Nach § 161 GG/ZH trifft der Regierungsrat die für den Vollzug des Gesetzes nötigen Anordnungen. Von dieser allgemeinen Kompetenz hat der Regierungsrat mit dem Erlass der Verordnung vom 26. September 1984 über den Gemeindehaushalt (VGH/ZH) Gebrauch gemacht. Danach sind (Marginale "Interne Zinsen") Guthaben und Schulden der Gemeinde gegenüber Sonderrechnungen (vgl. § 128 GG/ZH) und Spezialfinanzierungen (vgl. § 127 GG/ZH) - wie sie vorliegend in Frage stehen (Sonderrechnung Nachlass Thoma sowie Spezialfinanzierungen Wasserwerke, Abwasser- und Abfallbeseitigung, Elektrizitätsversorgung) - zu verzinsen (vgl. § 24 Abs. 1 und § 25 VGH/ZH).
Nach dem bis zum 1. Mai 2005 noch anwendbaren § 24 VGH/ZH hatten die Gemeinden die Wahl, ihre internen Zinsen entweder mit 5 % oder zum effektiven Durchschnittssatz der eigenen Schulden zu berechnen.

Auf Grund der am 1. Mai 2005 in Kraft getretenen Änderung von § 24 und § 25 VGH/ZH entspricht der anwendbare Zinssatz nunmehr dem für die Kantonsverwaltung jeweils geltenden internen Zinssatz, wie er sich aus § 25 der kantonalen Verordnung vom 10. März 1982 über die Finanzverwaltung (VFV/ZH) ergibt (§ 25 VGH/ZH); die frühere Wahlmöglichkeit wurde aufgehoben. Für das Rechnungsjahr 2006 gilt danach ein fester Zinssatz von 3,75 %.

4.
4.1 Mit Autonomiebeschwerde kann eine Gemeinde insbesondere geltend machen, eine kantonale Behörde habe ihre eigenen Kompetenzen überschritten oder die den betreffenden Sachbereich ordnenden kommunalen, kantonalen oder bundesrechtlichen Normen falsch angewendet. Wendet sich die Gemeinde gegen eine kantonale Verordnungsbestimmung, so kann sie geltend machen, der Regierungsrat habe zu Unrecht die Kompetenz beansprucht, eine Frage zu regeln, in welcher die Gemeinde auf Grund der Gesetzgebung autonom ist; dabei kann sie auch vorbringen, der Eingriff in ihre Autonomie sei materiell widerrechtlich (BGE 117 Ia 352 E. 4b). Soweit es dabei um die Handhabung von eidgenössischem oder kantonalem Verfassungsrecht geht, prüft das Bundesgericht das Vorgehen der kantonalen Behörden mit freier Kognition, sonst nur auf Willkür hin (BGE 128 I 3 E. 2b; vgl. BGE 134 I 140 E. 5.3).

4.2 Die Parteien gehen darin einig, dass die im vorliegenden Fall direkt anwendbare Bestimmung von § 22 FHG/ZH interne Verrechnungen vorschreibt, soweit sie für die Vergleichbarkeit der Gemeinderechnungen erforderlich sind. Die Bestimmung findet ihrerseits ihre verfassungsrechtliche Grundlage in Art. 122 Abs. 3 KV/ZH, gemäss welchem sich Budget und Rechnung von Kanton und Gemeinden nach den Grundsätzen der Transparenz, Vergleichbarkeit und Öffentlichkeit richten.
Das Finanzhaushaltsgesetz selber bestimmt sodann, dass sich die Haushaltführung nach den Grundsätzen u.a. der Gesetzmässigkeit, der Sparsamkeit, der Wirtschaftlichkeit und der Verursacherfinanzierung richtet (§ 2 FHG/ZH). Insbesondere ist für jedes Vorhaben jene Variante zu wählen, welche bei gegebener Zielsetzung die wirtschaftlich günstigste Lösung gewährleistet (§ 7 FHG/ZH). Bei Übertragungen vom Finanz- ins Verwaltungsvermögen ist eine angemessene Verzinsung zu belasten (§ 15 Abs. 2 FHG/ZH). Auf Darlehen und Beteiligungen sind Abschreibungen nach kaufmännischen Grundsätzen vorzunehmen (§ 19 Abs. 2 FHG/ZH).
Schon die im Finanzhaushaltsgesetz festgehaltene vollständige Verursacherfinanzierung erfordert die zwingende Verzinsung von Guthaben und Verpflichtungen der Gemeinde gegenüber den Spezialfinanzierungen, andernfalls eine Feststellung des tatsächlichen wirtschaftlichen Ergebnisses des entsprechenden Bereiches und insbesondere eine Überprüfung der Einhaltung des Kostendeckungsprinzips nicht möglich ist (vgl. DANIEL ARN, in: Kommentar zum Gemeindegesetz des Kantons Bern, Hrsg. Daniel Arn und andere, 1999, N. 23 Vorbem. zu Art. 70-79 GG/BE).

4.3 Während sich der Regierungsrat zur Rechtsgrundlage von § 22 Abs. 2 FHG/ZH überhaupt nicht geäussert hat, erachtet die Vorinstanz diese Norm aufgrund der vorgeschriebenen innerkantonalen Vergleichbarkeit der (Gemeinde)rechnungen als genügende gesetzliche Grundlage, die es dem Regierungsrat erlaubt, den Gemeinden für die in Frage stehenden internen Verzinsungen zusätzlich einen festen Zinssatz vorzuschreiben.

4.4 Die Verordnung über den Gemeindehaushalt stützt sich auf die allgemeine Ermächtigung, die zum Vollzug des Gemeindegesetzes nötigen Anordnungen zu treffen (§ 161 GG/ZH). Sie stellt somit eine Vollziehungsverordnung dar, die keine materiellen Bestimmungen enthalten darf, die nicht schon im Gesetz vorgegeben sind (TOBIAS JAAG, Staats- und Verwaltungsrecht des Kantons Zürich, 3. Aufl., 2005, N. 419, vgl. BGE 130 I 140 E. 5.1).

Das Gemeindegesetz setzt im Zusammenhang mit den Normen über den Gemeindehaushalt für das Verwaltungsvermögen Abschreibungssätze fest (§ 137 Abs. 2 GG/ZH), während Darlehen und Beteiligungen des Verwaltungsvermögens nach kaufmännischen Grundsätzen bewertet und abgeschrieben werden (§ 137 Abs. 3 GG/ZH).

Aufgrund dieser Regelung ist davon auszugehen, dass weder Gemeindegesetz noch Finanzhaushaltsgesetz eine ausdrückliche gesetzliche Grundlage bilden, um den Gemeinden einen festen Zinssatz für die internen Verzinsungen vorzuschreiben.

Die Vorinstanz weist zwar zu Recht darauf hin, dass der Verordnungsgeber gestützt auf § 161 GG/ZH und § 22 Abs. 2 FHG/ZH Bestimmungen über die Höhe des internen Zinssatzes aufstellen kann. Es fragt sich jedoch, ob der Regierungsrat befugt war, den internen Zinssatz für alle Gemeinden einheitlich auf 3,75 % festzusetzen.

4.5 Die ursprüngliche Regelung von § 24 VGH/ZH, wonach die internen Zinsen grundsätzlich mit 5 % oder zum effektiven Durchschnittssatz der eigenen Schulden zu berechnen waren, galt seit Inkrafttreten dieser Verordnung und des geänderten Gemeindegesetzes am 1. Januar 1986, welches bereits § 22 FHG/ZH als für die Gemeinden anwendbar erklärte.

Die Vorinstanz legt zwar zu Recht dar, dass Art. 122 Abs. 2 KV/ZH und § 22 Abs. 2 FHG/ZH auch den innerkantonalen Vergleich der kommunalen Rechnungslegung ermöglichen wollen (vgl. ULRICH HUBLER/MICHAEL BEUSCH, Kommentar zur Zürcher Kantonsverfassung, N. 21 zu Art. 122). Sie begründet jedoch mit keinem Wort, inwiefern diese frühere Regelung der internen Verzinsung - die den Gemeinden den ihnen gemäss der heutigen Kantonsverfassung zustehenden möglichst weiten Handlungsspielraum (Art. 85 KV/ZH) beliess - eine Vergleichbarkeit der Gemeinderechnungen in den Jahren von 1986 bis 2005 nicht erlaubt hätte.

Der Regierungsrat fasste § 24 und 25 VGH/ZH neu, ohne dass deren Rechtsgrundlage (§ 22 Abs. 2 FHG/ZH) geändert wurde. Die Gründe dafür ergeben sich weder aus dem Beschluss des Regierungsrates noch aus dem Urteil der Vorinstanz. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber geltend, dass aufgrund der bestehenden unterschiedlichen Bonitäten nicht jede Zürcher Gemeinde zu den gleichen Konditionen Fremdmittel aufnehmen kann. Würde die Beschwerdeführerin daher gezwungen, ihren Werken einen künstlich hohen Schuldzins zu verrechnen, stünde dies im Widerspruch zur gesetzlichen Vorgabe, wonach die Rechnungsführung eine klare, vollständige und wahrheitsgetreue Übersicht über den Haushalt, das Vermögen und die Schulden vermittelt (§ 9 Abs. 1 FHG/ZH).

4.6 Nach Art. 122 Abs. 2 KV/ZH haben die Gemeinden ihren Finanzhaushalt nach den Grundsätzen der Sparsamkeit und Wirtschaftlichkeit zu führen. Bei der Gebührenerhebung sind sie ausserdem an das verfassungsrechtliche Kostendeckungsprinzip gebunden. Gemäss § 2 FHG/ZH muss die Haushaltführung zudem verursachergerecht sein.

Die Vorinstanz räumt ein, dass ein Zinssatz von 3,75 % die Gemeindewerke zwingt, von den Leistungsbezügern höhere Gebühren zu verlangen als bei einem marktgerechten Zinssatz. Sie sieht darin jedoch eine Reservebildung, die nach dem Kostendeckungsprinzip und den anderen erwähnten Grundsätzen zulässig sei. Diese Argumentation übersieht, dass die Verwendung des umstrittenen höheren Zinssatzes gerade nicht bei den Spezialfinanzierungen, sondern in der allgemeinen Gemeinderechnung zu zusätzlichen Mitteln führt. Diese stehen damit für die Spezialfinanzierungen nicht mehr zur Verfügung und bilden daher keine Reserve für den künftigen Finanzbedarf im Bereich der fraglichen Spezialaufgaben.

Zinsen stellen unter kaufmännischen Gesichtspunkten grundsätzlich die marktgerechte Leistung für eine Kapitalhingabe dar. Die gesetzliche Vorgabe der Wirtschaftlichkeit sowie die verschiedentliche Erwähnung kaufmännischer Grundsätze lassen es deshalb als naheliegend erscheinen, dass der bei den internen Zinsen anwendbare Zinssatz durch die Gemeinden marktgerecht, d.h. im Rahmen der jeweils gültigen Gemeindedarlehenszinssätze der Banken selber festgesetzt wird (vgl. DANIEL ARN, a.a.O., N. 23 und 31 Vorbem. zu Art. 70-79 GG/BE, die die Berner Gemeinden ebenfalls verpflichten, ein aussagekräftiges und vergleichbares Rechnungswesen zu führen; in Bezug auf interne Verrechnungen schreibt Art. 94 Abs. 2 der bernischen Gemeindeverordnung vom 16. Dezember 1998 sogar ausdrücklich vor, dass solche, insbesondere von Zinsen und Abschreibungen, auf der Basis der wahren Aufwendungen und Erträge vorzunehmen sind, wenn eine Spezialfinanzierung betroffen ist).

Dieses Vorgehen entspricht auch der sich aus dem Gemeindegesetz ergebenden Absicht des Gesetzgebers, die tatsächliche wirtschaftliche Lage der Gemeinde zu zeigen (vgl. H.R. THALMANN, a.a.O., § 166 Ziff. 3.1).

Schliesslich wird der Anreiz für die Gemeinden aufrechterhalten, durch die Ausrichtung der gesamten Verwaltungstätigkeit auf Sparsamkeit und Wirtschaftlichkeit eine möglichst hohe Bonität zu erlangen, welche für die ihr in diesem Zusammenhang gewährten Konditionen massgebend ist.

4.7 Auch die Vorinstanz erkennt, dass ein interner Zinssatz, der deutlich über dem Marktüblichen liegt, den Haushaltsgrundsätzen der Transparenz, Klarheit und Wirtschaftlichkeit zuwiderläuft. Sie hält eine Abweichung von diesen Prinzipien jedoch im Interesse der innerkantonalen Vergleichbarkeit der Rechnungen und aus Praktikabilitätsgründen für gerechtfertigt. Diese Auffassung überzeugt nicht. Wie bereits erwähnt, zeigen die kantonalen Instanzen nicht auf und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die frühere Regelung, die den Gemeinden eine interne Verrechnung zu 5 % oder zum effektiven Durchschnittszinssatz für eigene Schulden zuliess, die Vergleichbarkeit der Rechnungen einschränken oder zu praktischen Problemen führen könnte.
Die Festlegung eines festen Zinssatzes von 3,75 % für die internen Zinsen der Beschwerdeführerin, die im fraglichen Zeitraum unbestrittenermassen am Kapitalmarkt Fremdkapital zu einem durchschnittlichen Zinssatz von 2,04 % beschaffen konnte, erscheint unter den dargelegten Umständen nicht mehr als blosse Vollzugsvorschrift, die sich in dem vom Gesetz gezogenen Rahmen bewegt, sondern als eigenständige Norm, welche die in Verfassung und Gesetz verankerten Haushaltführungsgrundsätze einschränkt, ohne dass dafür eine sachliche Notwendigkeit bestünde. Der angefochtene Entscheid, der die Beschwerdeführerin zur Verwendung eines internen Zinssatzes von 3,75 % zwingt, verletzt daher ihre Autonomie.

5.
Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Dem unterliegenden Kanton Zürich sind keine Kosten aufzuerlegen (Art. 66 BGG). Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:

1.
Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009 aufgehoben. Die Beschwerdeführerin ist nicht verpflichtet, bei der Jahresrechnung 2006 einen internen Zinssatz von 3,75 % zu verwenden.
Die Sache wird zur neuen Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückgewiesen.

2.
Es werden keine Kosten erhoben.

3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.

4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.

Lausanne, 1. Dezember 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:

Müller Küng