Art. 346 ff. StGB; Art. 268 BStP. Die Gerichtsstandsregeln der Art. 346 ff. StGB gelten im Bereich des Bundesstrafrechts auch innerkantonal (E. 2a). Gegen Entscheide in innerkantonalen Gerichtsstandsstreitigkeiten ist die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde nicht zulässig (E. 2b).
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Aus den Erwägungen:
a) Die Gerichtsstandsregeln der Art. 346 ff. StGB gelten nach herrschender Auffassung nicht nur im interkantonalen Verhältnis, sondern auch innerkantonal (so ausdrücklich B. FRANK, Die Gerichtsstandsordnung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und das Gerichtsstandsfestsetzungsverfahren, Berner Diss. 1956, S. 8). Soweit also die Kantone für die Beurteilung der in ihre Gerichtsbarkeit fallenden bundesrechtlichen Delikte eine räumliche Aufteilung der Kompetenz (Bezirksgerichte, Kreisgerichte) vornehmen, gelten für die innerkantonale Zuständigkeit die Art. 346 ff.; nur im Bereich des kantonalen Strafrechts (Art. 335 StGB) ist an sich eine andere Regelung der örtlichen Zuständigkeit bundesrechtlich zulässig (vgl. PANCHAUD, SJK 899, S. 2, HAUSER, Kurzlehrbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, S. 62 ff., insbesondere S. 67 oben), aber aus praktischen Gründen kaum empfehlenswert.
b) Trotz dieser Geltung der bundesrechtlichen Gerichtsstandsvorschriften auch für Fragen der innerkantonalen örtlichen Zuständigkeit können gemäss Art. 351 StGB nur interkantonale Gerichtsstandsstreitigkeiten dem Bundesgericht unterbreitet werden. Innerkantonale Kompetenzkonflikte sind von der nach kantonalem Recht zuständigen Instanz zu entscheiden; ein ordentliches eidgenössisches Rechtsmittel fehlt (BGE 91 IV 52 mit Literaturangaben).
Dass die Anklagekammer, welche Gerichtsstandsstreitigkeiten zwischen den Behörden verschiedener Kantone entscheidet, für die Regelung innerkantonaler Kompetenzkonflikte nicht zuständig ist, ergibt sich schon aus dem Wortlaut von Art. 264 BStP. Der Gesetzgeber hat aber auch die Nichtigkeitsbeschwerde an den Kassationshof bewusst ausgeschlossen (vgl. die Ausführungen über die Entstehungsgeschichte von Art. 351 StGB in BGE 91 IV 52); Art. 351 StGB ist als umfassende Regelung der bundesgerichtlichen Zuständigkeit auf dem Gebiet der Gerichtsstandsstreitigkeiten zu verstehen. Es wäre übrigens sehr unzweckmässig, dem Kassationshof die Kontrolle der innerkantonalen Anwendung von Art. 346 ff. StGB zu übertragen, während die Auslegung derselben Vorschriften im bedeutsameren interkantonalen Verhältnis Aufgabe der Anklagekammer ist. Auch die Umschreibung des Anfechtungsobjektes der Nichtigkeitsbeschwerde in Art. 268 BStP zeigt, dass der Kassationshof sich nicht mit Zuständigkeitsfragen befassen soll, die ja richtigerweise im Anschluss an einen Vor- oder - Zwischenentscheid definitiv gelöst werden müssen, nicht erst im Anschluss an mit Nichtigkeitsbeschwerde anfechtbare Endurteile oder Einstellungsbeschlüsse.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
Auf die Nichtigkeitsbeschwerde wird nicht eingetreten.