Bundesgericht Tribunal fédéral Tribunale federale Tribunal federal
7B_1411/2024
Arrêt du 16 juin 2025
IIe Cour de droit pénal
Composition MM. et Mme les Juges fédéraux Abrecht, Président, van de Graaf et Kölz. Greffière : Mme Kropf.
Participants à la procédure
contre
Ministère public de l'arrondissement de Lausanne, p.a. Ministère public central du canton de Vaud, avenue de Longemalle 1, 1020 Renens.
Objet Levée de scellés,
recours contre l'ordonnance du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud du 12 novembre 2024 (PC24.022754-ENE).
Faits :
A.
A.a. Le 15 mai 2023, B., professeur à l'École polytechnique fédérale de Lausanne (ci-après : l'EPFL), a déposé plainte pénale contre C. pour calomnie, subsidiairement diffamation. Le 20 juin 2023, il a complété sa plainte contre inconnu en se prévalant d'un courrier du 21 mars 2023 [...], lequel avait été adressé à la vice-présidence associée pour l'éducation ainsi qu'à la présidence associée pour les affaires estudiantines de l'EPFL et l' "outreach" et dont il avait reçu une copie partiellement caviardée.
A.b. Après avoir rendu une ordonnance pénale s'agissant de C.________, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne (ci-après : le Ministère public) a, par ordonnance du 1er mai 2024, suspendu l'instruction de la cause pour une durée indéterminée, au motif que l'enquête n'avait pas permis d'identifier les auteurs du courrier du 21 mars 2023.
Par arrêt du 4 juillet 2024, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a annulé cette ordonnance et a renvoyé le dossier de la cause au Ministère public pour qu'il poursuive l'instruction, notamment en administrant toutes les preuves utiles à l'établissement des faits.
A.c. Le 27 août 2024, le Ministère public a requis auprès de A.________, vice-président associé pour l'éducation, qu'il produise le courrier du 21 mars 2023 litigieux dans sa version originale.
Par courrier du 10 septembre 2024, A.________ a refusé de donner suite à cette requête, relevant qu' "après une pesée attentive des intérêts en présence, l'EPFL estim[ait] qu'il [était] de sa responsabilité d'institution formatrice [...] de préserver la carrière estudiantine et professionnelle des signataires : la très grande majorité de ceux-ci [étaient] en effet encore amenés à passer des examens ou à réaliser des travaux pratiques soumis à évaluation au sein de [la] Haute École". Le 18 septembre 2024, le Ministère public a réitéré sa requête, assortie cette fois de la menace des peines prévues à l'art. 292 CP; il a également rappelé que l'entrave à l'action pénale était réprimée à l'art. 305 CP. Par pli du 3 octobre 2024, A.________ et l'EPFL, représentés par le même mandataire, ont produit le courrier litigieux enregistré sur une clé USB et ont requis sa mise sous scellés au motif qu'il était couvert par le secret de fonction.
B.
B.a. Par requête du 22 octobre 2024, le Ministère public a sollicité du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud (ci-après : le TMC) la levée des scellés apposés sur cette clé UBS.
Invoquant le secret de fonction, A.________ et l'EPFL ont conclu au maintien des scellés le 4 novembre 2024.
B.b. Par ordonnance du 12 novembre 2024, le TMC a levé les scellés apposés sur la clé USB produite le 3 octobre 2024 par A.________ et l'EPFL, laquelle contenait une copie de la version originale du courrier du 21 mars 2023 [...] ch. I du dispositif). Il a imparti aux précités un délai au 22 novembre 2024 pour l'informer, le cas échéant, de leur intention de saisir le Tribunal fédéral, respectivement de requérir l'effet suspensif, en précisant que l'objet visé au chiffre I ne serait remis au Ministère public qu'une fois ce délai échu et à défaut d'une annonce de recours de leur part dans ce délai (ch. II du dispositif). Il a mis les frais de son ordonnance, par 375 fr., à la charge de A.________ et de l'EPFL, à parts égales et solidairement entre eux (ch. III).
C.
Par acte du 13 décembre 2024, A.________ et l'EPFL interjettent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cette ordonnance, en concluant à sa réforme en ce sens que la requête de levée des scellés du Ministère public du 22 octobre 2024 soit rejetée, que les scellés apposés sur la clé USB produite le 3 octobre 2024 soient maintenus et qu'aucuns frais de procédure ne soient mis à leur charge. À titre subsidiaire, les recourants sollicitent l'annulation de l'ordonnance attaquée et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Préalablement, ils demandent l'octroi de l'effet suspensif. Le TMC a renoncé à se déterminer sur la requête d'effet suspensif et s'est référé pour le surplus à son ordonnance. Quant au Ministère public, il a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif ainsi que du recours. Le 10 janvier 2025, les recourants ont persisté dans leurs conclusions relatives à l'octroi de l'effet suspensif. Les 4 et 5 février 2025, le TMC et le Ministère public ont renoncé à déposer d'autres déterminations. Ces écritures ont été communiquées aux parties le 13 février 2025. Par ordonnance du 16 janvier 2025, le Président de la IIe Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif.
Considérant en droit :
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 150 IV 103 consid. 1).
1.1. L'ordonnance attaquée a été rendue le 12 novembre 2024, si bien que les modifications du Code de procédure pénale entrées en vigueur le 1er janvier 2024 (RO 2023 468) sont applicables (cf. art. 448 CPP; arrêts 7B_691/2024 du 7 février 2025 consid. 2.1; 7B_950/2024 du 15 novembre 2024 consid. 2.1 destiné à la publication).
1.2. Le recours en matière pénale au sens des art. 78 ss LTF est en principe ouvert contre une ordonnance en matière de levée de scellés rendue par le tribunal des mesures de contrainte, lequel statue définitivement (cf. art. 80 al. 2 in fine LTF en lien avec les art. 248a al. 4 et 5 3e phrase, 380 et 393 al. 1 let. c CPP; arrêt 7B_950/2024 du 15 novembre 2024 consid. 2.2 destiné à la publication).
1.3. L'ordonnance attaquée ne met pas un terme à la procédure pénale, laquelle ne vise cependant pas l'un ou l'autre des recourants (cf. consid. 1.3 p. 3 de l'ordonnance entreprise). Elle revêt donc à leur égard, en tant que tiers touchés par un acte de procédure (cf. art. 105 al. 1 let. f CPP), le caractère d'une décision partielle (cf. art. 91 let. b LTF; ATF 143 IV 462 consid. 1; arrêt 7B_662/2024 du 9 octobre 2024 consid. 2.5.2 et l'arrêt cité). La recevabilité du recours en ce qui les concerne ne dépend dès lors pas de l'existence d'un préjudice irréparable (cf. art. 93 al. 1 let. a LTF; sur cette disposition en matière de scellés, arrêt 7B_145/2025 du 25 mars 2025 consid. 2.1 et 2.2 destinés à la publication).
1.4. La qualité de détenteur ou d'ayant droit de la clé USB litigieuse, respectivement du courrier qu'elle contient, des deux recourants n'est pas contestée. Partant, ils ont un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de l'ordonnance entreprise, laquelle lève les scellés apposés sur l'élément susmentionné dont ils allèguent qu'il est protégé par le secret de fonction (cf. art. 81 al. 1 let. a et b LTF).
1.5. Les recourants invoquent une décision qui aurait été rendue le 3 octobre 2024 par le Président de l'EPFL et par sa Directrice des affaires juridiques et qui refuserait de lever le secret de fonction du recourant A.________ (cf. acte 4 pièce 5 et let. C/ii p. 9 du recours).
Cet élément ne ressort cependant pas de l'ordonnance attaquée et les recourants ne développent aucune argumentation visant à démontrer qu'ils auraient invoqué cette décision devant le TMC, notamment en la produisant en annexe à leurs déterminations du 4 novembre 2024. Ils n'expliquent pas non plus pourquoi ils n'auraient pas été en mesure de le faire, par exemple au motif qu'elle ne leur aurait pas encore été communiquée. Partant, il n'y a pas lieu d'en tenir compte (art. 99 al. 1 LTF; sur cette disposition, ATF 144 V 35 consid. 5.2.4; 143 V 19 consid. 1.2; arrêts 6B_974/2024 du 19 mars 2025 consid. 1.1; 7B_968/2024 du 17 mars 2025 consid. 1.2.1).
1.6. Pour le surplus, les conditions de recevabilité n'appellent aucune autre considération, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière dans la mesure précitée.
2.1. Les recourants reprochent à l'autorité précédente d'avoir considéré qu'en tant que tiers au sens de l'art. 105 al. 1 let. f CPP, ils ne pouvaient pas se prévaloir d'un motif au sens de l'art. 264 al. 1 let. c CPP en lien avec l'art. 170 CPP pour obtenir le maintien des scellés sur la clé USB litigieuse. Ils lui font également grief d'avoir considéré que le recourant A.________ aurait dû solliciter la levée de son secret de fonction. Invoquant le principe de la proportionnalité, les recourants soutiennent encore, en se référant au contenu du courrier du 21 mars 2023, qu'il n'existerait pas de soupçons suffisants de la commission d'une infraction; dans le présent cas, le maintien du secret de fonction primerait aussi la recherche de la vérité, sauf à remettre en cause le mécanisme mis en place par la recourante EPFL pour permettre aux étudiants de bonne foi de faire remonter les éventuels dysfonctionnements rencontrés dans le cadre de leurs études, en particulier en matière de comportements inadéquats.
2.2.
À teneur de l'art. 248 al. 1 1re phrase CPP, si le détenteur s'oppose au séquestre de certains documents, enregistrements ou autres objets en vertu de l'art. 264 CPP, l'autorité pénale les met sous scellés. L'art. 264 al. 1 CPP prévoit que, quels que soient l'endroit où ils se trouvent et le moment où ils ont été conçus, ne peuvent pas être séquestrés : les documents concernant des contacts entre le prévenu et son défenseur (let. a); les documents personnels et la correspondance du prévenu, si l'intérêt à la protection de la personnalité prime l'intérêt à la poursuite pénale (let. b); les objets et les documents concernant des contacts entre le prévenu et une personne qui a le droit de refuser de témoigner en vertu des art. 170 à 173 CPP, si cette personne n'a pas le statut de prévenu dans la même affaire (let. c); les objets et les documents concernant des contacts entre une autre personne et son avocat, si celui-ci est autorisé à pratiquer la représentation en justice en vertu de la loi fédérale du 23 juin 2000 sur la libre-circulation des avocats (LLCA; RS 935.61) et n'a pas le statut de prévenu dans la même affaire (let. d).
2.3.
2.3.1. L'art. 320 ch. 1 CP ("Violation du secret de fonction", "Violazione del segreto d'ufficio", "Verletzung des Amtsgeheimnisses") prévoit que quiconque révèle un secret à lui confié en sa qualité de membre d'une autorité ou de fonctionnaire, ou dont il a eu connaissance à raison de sa charge ou de son emploi ou en tant qu'auxiliaire d'une autorité ou d'un fonctionnaire, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire; la révélation demeure punissable alors même que la charge ou l'emploi ou l'activité auxiliaire a pris fin. La révélation n'est pas punissable si elle est faite avec le consentement écrit de l'autorité supérieure ("autorità superiore", "vorgesetzte Behörde"; art. 320 ch. 2 CP).
À teneur de l'art. 170 CPP ("Droit de refuser de témoigner fondé sur le secret de fonction", "Per segreto d'ufficio", "Zeugnisverweigerungsrecht aufgrund eines Amtsgeheimnisses"), les fonctionnaires au sens de l'art. 110 al. 3 CP ainsi que leurs auxiliaires et les membres des autorités ainsi que leurs auxiliaires peuvent refuser de témoigner sur les secrets qui leur ont été confiés en leur qualité officielle ou dont ils ont eu connaissance dans l'exercice de leur fonction, de leur charge ou de leur activité auxiliaire (al. 1); ils doivent témoigner lorsqu'ils sont soumis à l'obligation de dénoncer (al. 2 let. a) ou lorsque l'autorité à laquelle ils sont soumis ("ihrer vorgesetzten Behörde", "la loro autorità superiore") les y a habilités par écrit (al. 2 let. b); l'autorité ("die vorgesetzte Behörde", "l'autorità superiore") ordonne à la personne concernée de témoigner si l'intérêt à la manifestation de la vérité l'emporte sur l'intérêt au maintien du secret (al. 3).
2.3.2. L'art. 170 CPP consacre une interdiction de témoigner relative (S TÉPHANE WERLY, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2e éd. 2019, n o 16 ad art. 170 CPP). Celle-ci repose notamment sur l'idée de protéger un rapport de confiance (BOMMER/GOLDSCHMID, in Basler Kommentar, Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 3e éd. 2023, n° 13 ad art. 264 CPP; DAMIAN K. GRAF, Praxishandbuch zur Siegelung, 2022, n° 599 p. 212), à titre de sorte de contre-prestation de l'État pour les citoyens qui lui fournissent les informations lui permettant d'accomplir ses tâches (BOMMER/GOLDSCHMID, op. cit., n° 14 ad art. 264 CPP; voir également KARIN BLÖCHLINGER, Amtsgeheimnis und Behördenkooperation, 2015, ch. 2 p. 13 s., qui relève l'intérêt de l'État au bon fonctionnement de l'administration).
2.3.3. En vertu de l'art. 170 al. 2 let. b CPP, dès qu'une autorisation écrite émanant de l'autorité hiérarchique supérieure compétente est délivrée, le fonctionnaire doit témoigner, comme n'importe quel témoin (DUBEY/ZUFFEREY, Droit administratif général, 2e éd. 2025, n o 2070 p. 903 s.; HANS VEST, in Basler Kommentar, Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 3e éd. 2023, n° 5 ad art. 170 CPP; BOMMER/GOLDSCHMID, op. cit., n° 13 ad art. 264 CPP; G RAF, op. cit., n° 601 p. 212; ANDREAS DONATSCH, in DONATSCH/LIEBER/SUMMERS/WOHLERS [édit.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 3e éd. 2020, n° 9 ad art. 170 CPP; WERLY, op. cit., n o 16 ad art. 170 CPP; JEAN-MARC VERNIORY, in Commentaire romand, Code pénal II, 2017, n° 41 ad art. 320 CP).
Savoir qui est l' "autorité supérieure" compétente s'examine en principe au regard du droit de procédure fédérale, cantonale ou communale applicable au cas d'espèce (NIKLAUS OBERHOLZER, in Basler Kommentar, Strafrecht, 4e éd. 2019, n° 15 ad art. 320 CP; VERNIORY, op. cit., n° 38 ad art. 320 CP; voir DUBEY/ZUFFEREY, op. cit., n os 2068 et 2070 p. 903, qui parlent d' "autorité supérieure d'engagement"; BLÖCHLINGER, op. cit., let. D p. 24, mentionnant à titre d'exemples les directions ou départements de l'autorité exécutive, les chefs de service, le commandant d'un corps de police ou la commission administrative d'une autorité judiciaire); les autorités judiciaires ne sont généralement pas compétentes pour ce faire (TRECHSEL/VEST, Praxiskommentar, Schweizerisches Strafgesetzbuch, 4e éd. 2021, n° 11 ad art. 320 CP citant l'ATF 102 IV 217).
2.3.4. Lorsque, dans le cadre d'une pesée des intérêts, il apparaît que l'intérêt à la découverte de la vérité dans la procédure en cause prime l'intérêt de l'autorité ou ceux d'éventuels particuliers concernés au maintien du secret, l'art. 170 al. 3 CPP oblige l'autorité au sens de l'art. 170 al. 2 let. b CPP, soit l'autorité supérieure (cf. la teneur de l'art. 170 al. 3 CPP dans les versions allemande et italienne; voir également l'art. 320 ch. 2 CP dans les trois langues), à octroyer l'autorisation de témoigner (VEST, op. cit., n° 10 ad art. 170 CPP; JOSITSCH/SCHMID, Praxiskommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 4e éd. 2023, n° 5 ad art. 170 CPP; GRAF, op. cit., n° 601 p. 212; WERLY, op. cit., n o 22 ad art. 170 CPP; voir aussi en lien avec l'art. 320 ch. 2 CP : TRECHSEL/VEST, op. cit., n° 11 ad art. 320 CP; OBERHOLZER, op. cit., n° 15 ad art. 320 CP; VERNIORY, op. cit., n° 39 ad art. 320 CP). L'autorité supérieure doit donc délier ses fonctionnaires du secret et ne peut pas refuser de le faire, sauf si des intérêts prépondérants de l'État (par exemple des intérêts généraux, de sécurité intérieure ou de défense) ou privés l'exigent; à cet égard, une révélation qui compliquerait légèrement la tâche de l'administration ne justifie pas un refus de lever le secret (WERLY, op. cit., n o 23 ad art. 170 CPP; TRECHSEL/VEST, op. cit., n° 11 ad art. 320 CP); en revanche, tel sera le cas de la divulgation d'une information confidentielle qui entraverait de manière importante l'administration dans l'accomplissement de ses activités (ATF 102 IV 217 consid. 3 in fine; WERLY, op. cit., n o 23 ad art. 170 CPP).
2.4.
2.4.1. L'art. 17 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les Écoles polytechniques fédérales (Loi sur les EPF; RS 414.110) prévoit que les rapports de travail du personnel et des professeurs sont régis par la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération (LPers; RS 172.220.1), à moins que la loi sur les EPF n'en dispose autrement; à l'égard du domaine des EPF, le Conseil des EPF est réputé employeur au sens de l'art. 3 al. 2 LPers.
2.4.2. À teneur de l'art. 22 LPers ("Secret professionnel, secret d'affaires et secret de fonction", "Segreto professionale, di affari e d'ufficio", "Berufs-, Geschäfts- und Amtsgeheimnis"), le personnel est soumis au secret professionnel, au secret d'affaires et au secret de fonction (al. 1); les dispositions d'exécution réglementent l'obligation de garder le secret, en complément de la législation spéciale (al. 2).
Les employés sont tenus de dénoncer aux autorités de poursuite pénale, à leurs supérieurs ou au Contrôle fédéral des finances tous les crimes et délits poursuivis d'office dont ils ont eu connaissance ou qui leur ont été signalés dans l'exercice de leur fonction (art. 22a al. 1 LPers). Les obligations de dénoncer prévues par d'autres lois fédérales sont réservées (art. 22a al. 2 LPers). Les personnes qui ont le droit de refuser de déposer ou de témoigner selon les art. 113 al. 1, 168 et 169 CPP ne sont pas soumises à l'obligation de dénoncer (art. 22a al. 3 LPers). Les employés ont le droit de signaler au Contrôle fédéral des finances les autres irrégularités dont ils ont eu connaissance ou qui leur ont été signalées dans l'exercice de leur fonction; le Contrôle fédéral des finances établit les faits et prend les mesures nécessaires (art. 22a al. 4 LPers). Nul ne doit subir un désavantage sur le plan professionnel pour avoir, de bonne foi, dénoncé une infraction ou annoncé une irrégularité ou pour avoir déposé comme témoin (art. 22a al. 5 LPers). Selon l'art. 94 de l'ordonnance du 3 juillet 2001 sur le personnel de la Confédération (OPers; RS 172.220.111.3), le personnel est tenu de garder le secret sur les affaires du service qui doivent rester confidentielles de par leur nature ou en vertu de prescriptions légales ou d'instructions (al. 1); l'obligation de garder le secret de fonction et le secret professionnel subsiste après la fin des rapports de travail (al. 2); l'employé ne peut déposer en justice ni comme partie, ni comme témoin, ni comme personne appelée à donner des renseignements ou expert, sur des constatations en rapport avec ses tâches, faites en raison de ces dernières ou dans l'exercice de ses fonctions, qu'avec l'autorisation écrite de l'autorité compétente en vertu de l'art. 2 OPers; aucune autorisation n'est nécessaire si les dépositions concernent des faits qui justifient une obligation de dénoncer ou de signaler de la part de l'employé en vertu de l'art. 302 CPP ou de l'art. 22a al. 1 et 2 LPers (al. 3); l'art. 156 de la loi fédérale du 13 décembre 2002 sur l'Assemblée fédérale (LParl; RS 171.10) est réservé (al. 4).
2.4.3. En référence notamment à l'art. 22a LPers, le Conseil des EPF a adopté les Directives du 23 mai 2012 du Conseil des EPF sur le traitement des signalements faits par des employés du Domaine des EPF et concernant des comportements juridiquement ou éthiquement incorrects (LEX 1.8.0.1), ainsi que la Directive sur le processus de lancement d'alerte à l'EPFL du 14 août 2017 (LEX 1.8.1; toutes deux à disposition sur https://www.epfl.ch/about/overview/fr/reglements-et-directives/polylex/polylex-recherche/, consulté le 6 mai 2025, 11h53).
En particulier, l'art. 7 LEX 1.8.1 prévoit que la confidentialité de la démarche et des informations de la personne qui effectue le signalement est autant que possible sauvegardée. Néanmoins, la confidentialité est exclue dans les cas où la divulgation de l'information est obligatoire en vertu de dispositions juridiques ou de régulation, de procédures judiciaires ou encore lorsqu'il s'agit de préserver les intérêts prépondérants de l'EPFL ou du public (notamment en cas d'infraction pénale ou de dommage causé à l'EPFL ou à des tiers). L'identité de la personne qui effectue le signalement est également dévoilée aux personnes en charge de la procédure.
3.1. En l'occurrence, on ne se trouve pas dans un cas de dénonciation au sens de l'art. 22a al. 1 LPers (voir également l'art. 3a LEX 1.8.0.1), vu les infractions poursuivies sur plainte en cause (cf. art. 173 ou 174 CP). Il n'est ensuite pas contesté que le recourant A.________ puisse, le cas échéant, se prévaloir du secret de fonction (cf. sur la notion de "fonctionnaires" ["funzionari", "Beamte"] notamment en lien avec l'art. 110 al. 3 CP, ATF 149 IV 57 consid. 1.4.1; 141 IV 329 consid. 1.3; arrêts 6B_182/2024 du 7 mai 2024 consid. 3.1; 6B_1163/2022 du 14 août 2023 consid. 3.1.2; WERLY, op. cit., n os 8 ss ad art. 170 CPP). Dès lors qu'il agit en commun avec la recourante EPFL, peu importe de savoir si celle-ci est également légitimée à invoquer le secret de fonction, notamment au nom du recourant A.________. Enfin, il est incontesté que le courrier litigieux lui a été adressé dans le cadre de l'exercice des tâches lui incombant notamment en tant que vice-président associé pour l'éducation (VEST, op. cit., n° 3 ad art. 170 CPP; WERLY, op. cit., n o 15 ad art. 170 CPP).
Il importe peu de savoir en l'espèce ce qu'il en aurait été si le document litigieux avait été échangé entre une personne pouvant invoquer l'art. 170 CPP et un tiers quelconque dont on ignorerait tout de sa possible implication dans les infractions dénoncées. En effet, dans la configuration particulière du cas d'espèce, le seul fait que l'identité des rédacteurs du courrier litigieux ne soit pas encore connue et qu'ils n'aient pas formellement le statut de prévenus ne suffit en tout cas pas pour exclure un cas d'application de l'art. 264 al. 1 let. c CPP. Il est ainsi incontesté que l'obtention du courrier litigieux suffirait à lui seul à identifier ses rédacteurs (cf. également let. C/i p. 8 du recours), soit les personnes qui pourraient être les auteurs des infractions dénoncées. Ce document constitue donc dans le présent cas un échange entre une personne pouvant se prévaloir de l'art. 170 CPP et d'éventuels prévenus (cf. art. 111 CPP en lien avec l'art. 264 al. 1 let. c CPP). Le recourant A.________ a dès lors invoqué à juste titre son secret de fonction pour obtenir l'apposition des scellés.
3.2.
3.2.1. Dans une motivation a priori subsidiaire, le TMC a considéré que l'art. 170 al. 3 CPP contraignait l'autorité à lever le secret de fonction lorsque l'intérêt à la manifestation de la vérité l'emportait sur le maintien du secret. Selon le TMC, aucun motif supérieur à celui de l'enquête n'aurait pu être invoqué par "l'autorité compétente" pour refuser de délier le recourant A.________ de son secret; n'auraient sans aucun doute pu être invoqués ni l'intérêt des étudiants à ne pas être exposés à une poursuite pénale ou à "poursuivre paisiblement leur cursus universitaire", ni l'intérêt au respect de la confidentialité inhérente aux procédures de signalement. Le TMC a encore relevé que l'art. 7 LEX 1.8.1 excluait la confidentialité dans le cas où la divulgation de l'information était obligatoire en vertu d'une procédure judiciaire (cf. consid. 1.3 p. 4 de l'ordonnance attaquée).
3.2.2. Il n'y a pas lieu d'examiner dans quelle mesure la pesée des intérêts telle qu'effectuée par le TMC est correcte ou pas (cf. en particulier les griefs développés en lien avec le principe de la proportionnalité, let. C/ii p. 11 s. du recours).
En effet, comme le TMC le relève lui-même, c'est à "l'autorité compétente" en matière de levée du secret de fonction qu'il appartient d'y procéder. Indépendamment de savoir de qui il s'agirait (Conseil de l'EPF selon les recourants ou Commission de recours interne des EPF à suivre le TMC), il est en tout état de cause incontesté que le TMC, en tant que juge de la levée des scellés, n'est pas compétent pour délier le recourant A.________ de son secret de fonction. Sauf à contourner les règles de procédure et de compétence prévalant en matière de levée de secret (cf., pour un exemple s'agissant du secret médical, ATF 147 IV 27), il ne pouvait donc pas procéder à la pesée des intérêts prévue par l'art. 170 al. 3 CPP - certainement à effectuer en tenant compte des directives de l'EPF -, respectivement anticiper celle de l'autorité compétente, y compris en se prévalant des principes d'économie de la procédure ou de la célérité. En l'absence d'une décision de l'autorité compétente déliant le recourant A.________ de son secret de fonction, le TMC ne pouvait donc pas lever les scellés apposés sur la clé USB contenant le courrier litigieux et le recours doit être admis sur ce point.
Il s'ensuit que le recours doit être admis dans la mesure où il est recevable et l'ordonnance attaquée annulée en tant qu'elle lève les scellés apposés sur la clé USB contenant une copie originale du courrier du 21 mars 2023, ce qui signifie qu'en l'état les scellés sont maintenus. La cause sera renvoyée au TMC pour qu'il examine si l'autorité compétente en matière de levée du secret de fonction du recourant A.________ a été saisie, si elle a rendu une décision et dans quelle mesure celle-ci serait entrée en force; il garantira, le cas échéant, aux parties leur droit d'être entendues, puis rendra une nouvelle décision, y compris sur les frais et dépens. Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un mandataire, ont droit à une indemnité de dépens, à la charge du canton de Vaud (cf. art. 68 al. 1 LTF); vu en particulier le mémoire de recours ne comportant que 14 pages, il n'y a pas lieu de donner suite à la conclusion chiffrée prise par les recourants sur ce point (4'035 fr. 70 [ch. 5 des conclusions principales]) et le montant de l'indemnité sera dès lors fixé de manière forfaitaire.
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'ordonnance du 12 novembre 2024 du Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud est annulée en tant qu'elle lève les scellés apposés sur la clé USB contenant une copie de la version originale du courrier du 21 mars 2023, [...]. La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle procède au sens des considérants.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'500 fr., est allouée aux recourants à la charge du canton de Vaud.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Ministère public de l'arrondissement de Lausanne et au Tribunal des mesures de contrainte du canton de Vaud.
Lausanne, le 16 juin 2025
Au nom de la IIe Cour de droit pénal du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Abrecht
La Greffière : Kropf